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- PDB-5u1s: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae separase-securi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1s
タイトルCrystal structure of the Saccharomyces cerevisiae separase-securin complex at 3.0 angstrom resolution
要素
  • Securin
  • Separin
キーワードHYDROLASE / separase-securin complex / ESP1 / PDS1 / chromosome segregation / cohesion / helical region / inhibition / chaperon
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / separase / negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic chromosome separation / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle pole body ...positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / separase / negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic chromosome separation / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle pole body / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / meiosis I / recombinational repair / mitotic sister chromatid segregation / molecular function activator activity / mitotic spindle / spindle / protein localization / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / DNA damage response / apoptotic process / enzyme binding / mitochondrion / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Securin sister-chromatid separation inhibitor / Securin sister-chromatid separation inhibitor / Peptidase family C50 / Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / SEPARIN core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Luo, S. / Tong, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD012018 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism for the regulation of yeast separase by securin.
著者: Luo, S. / Tong, L.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Separin
B: Securin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,4112
ポリマ－197,4112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area65080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.300, 126.300, 273.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Separin / Separase


分子量: 184044.469 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 51-1630, helical domain and catalytic domain
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ESP1, YGR098C / プラスミド: pFL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five Cell / 参照: UniProt: Q03018, separase
#2: タンパク質 Securin


分子量: 13366.599 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 258-373, separase interaction segment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PDS1, YDR113C, YD9727.08C / プラスミド: pFL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five Cell / 参照: UniProt: P40316

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % / Mosaicity: 0.573 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.25 M Na/K-phosphate (pH 6.0) and 14% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月24日 / 詳細: LR-Design detector positioner
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 51156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 86.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 533070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.117.649910.480.7230.94799.6
3.11-3.238.750900.6620.5090.97899.9
3.23-3.389.250150.8340.3330.99199.90.992
3.38-3.569.550530.9190.2171.0431000.650.687
3.56-3.789.950790.9620.1331.0391000.4030.425
3.78-4.0710.651370.9830.081.0241000.2510.263
4.07-4.4811.550930.9890.0541.0961000.1790.187
4.48-5.1312.351110.9930.041.031000.1430.149
5.13-6.4612.551960.9930.0421.05899.80.1520.158
6.46-5012.353910.9990.0171.05699.20.0580.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
autoSHARP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.002→48.975 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 2633 5.15 %
Rwork0.1897 48481 -
obs0.1928 51114 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 246.55 Å2 / Biso mean: 96.4093 Å2 / Biso min: 40.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.002→48.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12609 0 0 0 12609
残基数----1552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6517349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0262004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1664814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0019-3.05650.37171210.32172319244092
3.0565-3.11520.34641160.306225122628100
3.1152-3.17880.3371450.282225302675100
3.1788-3.24790.3461500.267725462696100
3.2479-3.32350.30931460.245825232669100
3.3235-3.40660.2991420.22825192661100
3.4066-3.49860.26191290.224625062635100
3.4986-3.60160.30341180.219425822700100
3.6016-3.71780.27411710.21225192690100
3.7178-3.85060.28391200.203625652685100
3.8506-4.00470.22011620.183124992661100
4.0047-4.18690.25981110.172826012712100
4.1869-4.40750.21431620.160325252687100
4.4075-4.68340.21761380.158725772715100
4.6834-5.04470.22181480.155725742722100
5.0447-5.55170.20931110.171626092720100
5.5517-6.35360.26471690.209525672736100
6.3536-7.99920.24831300.201126572787100
7.9992-48.98160.22671440.15542751289599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -80.5655 Å / Origin y: 18.0194 Å / Origin z: 24.4849 Å
111213212223313233
T0.6954 Å20.2044 Å2-0.0059 Å2-0.6612 Å2-0.0487 Å2--0.3681 Å2
L0.8845 °2-0.7786 °20.0373 °2-2.1329 °20.2519 °2--0.195 °2
S-0.2005 Å °-0.1658 Å °0.1825 Å °0.4428 Å °0.1329 Å °-0.0746 Å °-0.033 Å °-0.0955 Å °0.0636 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA53 - 1628
2X-RAY DIFFRACTION1allB257 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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