PDB-5u1p: Crystal structure of NADP-dependent carbonyl reductase from Burkh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u1p

タイトル

Crystal structure of NADP-dependent carbonyl reductase from Burkholderia multivorans in complex with NADP

要素

NADPH-dependent carbonyl reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / SDR / short-chain dehydrogenase reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of NADP-dependent carbonyl reductase from Burkholderia multivorans in complex with NADP
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u1p.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u1p.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u1p_validation.pdf.gz	762.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u1p_full_validation.pdf.gz	762.5 KB	表示
XML形式データ	5u1p_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5u1p_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5idw-d 5tqv-d 4ozy-d 4dyv-2 5c1s-2 3bx1-1 5vwz-d 2pyh-1 3iib-d 1s8e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BumuA.00010.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH-dependent carbonyl reductase

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH-dependent carbonyl reductase

ヘテロ分子

A: NADPH-dependent carbonyl reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.340, 90.310, 50.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-422- HOH
2	1	A-429- HOH
3	1	A-495- HOH

#1: タンパク質	NADPH-dependent carbonyl reductase 分子量: 25108.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: cbr, BMULJ_02877 / プラスミド: BumuA.00010.e.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KHT8, carbonyl reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / Mosaicity: 0.193 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MORPHEUS A10: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v EG, 30mM MgCl2, 20mM, CaCl2, 100mM bicene/Trizma base pH 8.5, 4mM NADP; protein conc. 23.4mg/mL, direct cryo, puck/pin gdy5-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 19862 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.01

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95	0.539	3.52	8920	0.884	1	100
1.95-2	0.392	4.76		0.933	1	100
2-2.06	0.322	6.02		0.951	1	100
2.06-2.12	0.259	7.16		0.965	1	99.9
2.12-2.19	0.185	9.72		0.983	1	100
2.19-2.27	0.158	11.39		0.986	1	100
2.27-2.36	0.129	13.84		0.99	1	99.9
2.36-2.45	0.096	17.7		0.995	1	100
2.45-2.56	0.084	19.39		0.995	1	100
2.56-2.69	0.07	22.45		0.997	1	100
2.69-2.83	0.059	26.6		0.997	1	100
2.83-3	0.048	32.38		0.998	1	99.5
3-3.21	0.039	38.36		0.999	1	99.5
3.21-3.47	0.034	44.97		0.999	1	98.6
3.47-3.8	0.03	50.37		0.999	1	98.3
3.8-4.25	0.027	54.55		0.999	1	97.4
4.25-4.91	0.023	59		0.999	1	96.6
4.91-6.01	0.025	56.03		0.999	1	96.1
6.01-8.5	0.024	57.35		0.999	1	94
8.5-50	0.023	58.12		0.999	1	86

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5idq

5idq

解像度: 1.9→28.539 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	2058	10.37 %
R_work	0.149	-	-
obs	0.1531	19853	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.74 Å² / B_iso mean: 31.0236 Å² / B_iso min: 14.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→28.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1671	0	52	180	1903
B_iso mean	-	-	25.96	41.49	-
残基数	-	-	-	-	225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1789
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	2452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.093	1079

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8999-1.9441	0.2777	124	0.2202	1194	1318	100
1.9441-1.9927	0.2454	123	0.1894	1163	1286	100
1.9927-2.0465	0.2373	148	0.1754	1177	1325	100
2.0465-2.1067	0.2249	144	0.1706	1160	1304	100
2.1067-2.1747	0.2263	146	0.1702	1147	1293	100
2.1747-2.2524	0.2076	134	0.1575	1201	1335	100
2.2524-2.3425	0.1979	111	0.1549	1199	1310	100
2.3425-2.4491	0.2489	138	0.1421	1194	1332	100
2.4491-2.5781	0.2081	154	0.155	1164	1318	100
2.5781-2.7396	0.183	159	0.151	1171	1330	100
2.7396-2.9509	0.214	130	0.161	1211	1341	100
2.9509-3.2475	0.2147	134	0.1524	1193	1327	99
3.2475-3.7165	0.1659	122	0.1433	1209	1331	99
3.7165-4.6791	0.1297	119	0.1204	1225	1344	97
4.6791-28.5427	0.1626	172	0.1432	1187	1359	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.514	-0.2066	-1.014	1.5172	-0.3572	1.763	0.0681	0.2194	0.6433	0.1015	0.0659	0.152	-0.1979	-0.1807	-0.1187	0.1562	-0.0017	-0.0091	0.1585	0.0252	0.2709	-11.6448	22.2248	-20.8473
2	2.3393	-0.3058	-0.1925	3.9931	0.7782	1.7418	0.0452	-0.0537	0.1606	0.006	-0.0649	0.0501	-0.0265	0.038	-0.0062	0.1417	0.0165	-0.0241	0.1863	0.0021	0.1035	-4.2302	9.5118	-18.6477
3	1.6063	-0.7428	-0.3686	2.8909	0.048	1.506	-0.1054	-0.4141	0.0319	0.549	0.0906	0.1306	-0.0169	-0.024	0.0195	0.2948	0.0378	0.0179	0.2903	-0.0278	0.175	-8.0411	9.7307	-6.4204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 66 )	A	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 121 )	A	67 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 225 )	A	122 - 225

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