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- PDB-5u1l: Crystal structure of the ATP-gated P2X7 ion channel in the closed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1l
タイトルCrystal structure of the ATP-gated P2X7 ion channel in the closed, apo state
要素P2X purinoceptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP-gated ion channel / no ligand / closed state
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD transport / phagolysosome assembly / phospholipid transfer to membrane / gamma-aminobutyric acid secretion / pore complex assembly / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / plasma membrane organization / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion ...NAD transport / phagolysosome assembly / phospholipid transfer to membrane / gamma-aminobutyric acid secretion / pore complex assembly / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / plasma membrane organization / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / negative regulation of cell volume / collagen metabolic process / positive regulation of prostaglandin secretion / T cell apoptotic process / bleb assembly / response to fluid shear stress / vesicle budding from membrane / mitochondrial depolarization / ceramide biosynthetic process / positive regulation of T cell apoptotic process / prostaglandin secretion / cellular response to dsRNA / glutamate secretion / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of bone resorption / positive regulation of macrophage cytokine production / skeletal system morphogenesis / phospholipid translocation / response to zinc ion / response to ATP / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / T cell homeostasis / membrane protein ectodomain proteolysis / synaptic vesicle exocytosis / protein secretion / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / positive regulation of bone mineralization / T cell proliferation / negative regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / release of sequestered calcium ion into cytosol / sensory perception of pain / homeostasis of number of cells within a tissue / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein secretion / mitochondrion organization / lipopolysaccharide binding / neuromuscular junction / protein catabolic process / response to calcium ion / T cell mediated cytotoxicity / protein processing / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / cell morphogenesis / cell-cell junction / MAPK cascade / presynapse / response to lipopolysaccharide / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / neuronal cell body / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor ...atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Karasawa, A. / Kawate, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114379 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS072869 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for subtype-specific inhibition of the P2X7 receptor.
著者: Karasawa, A. / Kawate, T.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1593
ポリマ－38,7161
非ポリマー4422
水00
1
A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4769
ポリマ－116,1493
非ポリマー1,3276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area9950 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.058, 169.058, 169.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor


分子量: 38716.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Electron density at the N- and C-termini is not well-defined
由来: (組換発現) Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
遺伝子: P2RX7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1M6C4
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0), 100 mM NaCl, 4% ethylene glycol, 15% glycerol, 29% PEG-400, 0.1 mg/mL lipid mixture (60% POPE, 20% POPG, and 20% cholesterol).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.1051 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.8 Å / Num. obs: 11207 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 130.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 110336
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.67101.3922274122800.7420.4621.4691.799.8
9-48.88.90.032574064410.0110.03359.399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A740003 bound P2X7

解像度: 3.4→45.183 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1182 10.56 %
Rwork0.2406 --
obs0.2431 11194 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 228.36 Å2 / Biso mean: 125.3547 Å2 / Biso min: 54.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→45.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 56 0 2332
Biso mean--186.88 --
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4843232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1151385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4003-3.55490.3641400.31831226136699
3.5549-3.74230.37091160.297412731389100
3.7423-3.97660.30781560.280412181374100
3.9766-4.28340.34881400.256712531393100
4.2834-4.71410.23961490.190412351384100
4.7141-5.39530.21241590.198612591418100
5.3953-6.79380.2451460.231312611407100
6.7938-45.18660.25251760.254212871463100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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