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万見
- PDB-5u1j: Structure of pNOB8 ParA bound to nonspecific DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1j
タイトルStructure of pNOB8 ParA bound to nonspecific DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ParA / nonspecific DNA binding / nucleoid / segregation / ParB / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / AAA domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: Structures of partition protein ParA with nonspecific DNA and ParB effector reveal molecular insights into principles governing Walker-box DNA segregation.
著者: Zhang, H. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年9月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uncharacterized protein
A: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
U: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')
W: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,98510
ポリマ－160,9606
非ポリマー2,0254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.300, 103.700, 104.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 37011.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
プラスミド: pNOB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93708
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6449.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6464.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M Citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→103.66 Å / Biso Wilson estimate: 73.76 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.073
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4260 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.416 / % possible all: 96.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K5Z

5k5z


解像度: 2.95→53.098 Å / FOM work R set: 0.7889 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1997 6.9 %
Rwork0.2204 26945 -
obs0.2223 28942 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.01 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 314.16 Å2 / Biso mean: 98.83 Å2 / Biso min: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.0585 Å20 Å26.4554 Å2
2--25.9665 Å2-0 Å2
3----0.9079 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→53.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9375 857 35 0 10267
Biso mean--168.17 --
残基数----1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94414600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4271640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0774206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9499-3.05540.37722010.33832691289297
3.0554-3.17770.37291970.30372684288197
3.1777-3.32230.312010.27852707290897
3.3223-3.49740.34162000.26632710291097
3.4974-3.71650.27442010.25662697289897
3.7165-4.00330.25822010.222718291997
4.0033-4.4060.23041990.19062672287196
4.406-5.04320.19312010.17112712291396
5.0432-6.35220.22161990.21472684288395
6.3522-53.10620.21771970.20022670286793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1227-0.2638-0.5739-0.0854-0.27511.1866-0.17440.1913-0.3675-0.02890.05150.00230.0931-0.03910.16190.3868-0.05930.04190.2229-0.02670.25950.543112.725934.9535
21.3707-0.1654-0.69261.17160.12270.83710.1019-0.07360.17790.21870.17850.13710.0337-0.0151-0.20730.2728-0.02420.03030.1802-0.01650.1737-7.962226.499246.0951
30.70920.77450.2911.3767-0.38680.660.1535-0.2667-0.5465-0.0003-0.1434-0.17840.4504-0.1416-0.04760.68160.00550.07280.45860.13460.5841-2.15747.841549.9306
42.0691-0.665-0.31511.05850.14050.01010.1815-0.1453-0.02640.0866-0.35140.10530.0931-0.13290.09360.266-0.1410.00410.3229-0.15410.1907-12.1094-1.3034-5.2488
50.83560.3056-0.74490.62810.12670.71110.05220.12940.6226-0.0858-0.13841.0224-0.2038-0.0241-0.15830.330.0920.02250.363-0.06750.978-15.180219.7993-11.7671
60.59180.406-0.32170.77080.10620.41530.5354-0.41060.15210.1326-0.59290.3818-0.1098-0.16880.18780.3001-0.14710.07180.7748-0.46380.562-11.371211.62416.1707
71.2093-0.5426-0.09820.52820.68641.46950.08471.52620.12850.75630.5688-0.32720.37210.2859-0.1168-0.0175-0.48990.2132-1.24340.48590.215812.096710.0679-19.7431
81.8834-0.09890.58981.55571.05060.8120.2290.244-0.09640.07840.061-0.23150.1750.1089-0.18230.31970.0002-0.00050.31940.01870.238413.5922-5.396-16.4724
91.60951.1481-0.01281.09220.03751.33310.3133-0.32240.5460.0924-0.022-0.1076-0.15130.5893-0.23510.168-0.092-0.00970.3603-0.11350.274820.52185.3755-2.8565
103.0014-0.4949-0.53660.3298-0.23290.29380.12650.19820.5176-0.0728-0.2034-0.2568-0.06660.1390.1120.4002-0.0588-0.03460.50390.1170.562321.44532.072540.095
110.62480.48980.10281.1305-0.02540.98720.15070.0199-0.5333-0.0951-0.9212-0.62410.36590.57480.65330.47380.11810.06180.58690.1430.899528.82211.986337.4528
120.70410.3829-0.11521.1473-0.45571.08620.0829-0.8486-0.06080.2659-0.2171-0.6827-0.15890.05670.24060.5697-0.1033-0.17910.83380.24710.732128.355923.307252.4882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:113)A2 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 118:254)A116 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 255:315)A255 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 2:206)B2 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 207:262)B207 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 263:315)B263 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 2:103)C2 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 104:206)C104 - 206
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 207:315)C207 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 2:206)D2 - 206
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 207:262)D207 - 262
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 263:315)D263 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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