PDB-5u19: Crystal structure of a methyltransferase involved in the biosynth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u19

タイトル

Crystal structure of a methyltransferase involved in the biosynthesis of gentamicin in complex with (1R,2S,3S,4R,6R)-4,6-diamino-3-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside

要素

Putative gentamicin methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / gentamicin methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Bury, P. / Huang, F. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of the Selectivity of GenN, an Aminoglycoside N-Methyltransferase Involved in Gentamicin Biosynthesis.
著者: Bury, P.D.S. / Huang, F. / Li, S. / Sun, Y. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2016年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u19.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u19.ent.gz	57.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u19_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u19_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5u19_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5u19_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tyqC 5u0nC 5u0tC 5u18C 5u1eC 5u1iC 5u4tSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gc2-d 3t87-d 6n4w-d 3t74-d 1i1d-2 2ofj-1 5dpe-d 3p7p-d 1tmn-d 5u0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative gentamicin methyltransferase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.725, 67.383, 69.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative gentamicin methyltransferase 分子量: 37395.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: genN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MG72
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-827 / (1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / ゲンタマイシンX₂ 分子量: 482.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₈N₄O₁₀
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride, hepes pH 8, peg 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.902→47.05 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U4T

5u4t

解像度: 1.902→47.05 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	1129	4.53 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.1856	24922	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.07 Å² / B_iso mean: 34.448 Å² / B_iso min: 15.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.902→47.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2397	0	60	123	2580
B_iso mean	-	-	28.38	37.54	-
残基数	-	-	-	-	311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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