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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5u0c | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Zika virus NS5 RNA polymerase domain | ||||||
Components | NS5 RNA polymerase domain | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / RNA polymerase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / protein-macromolecule adaptor activity ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / protein-macromolecule adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / methyltransferase cap1 activity / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Zika virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Zhao, B. / Du, F. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017Title: Structure and function of the Zika virus full-length NS5 protein. Authors: Zhao, B. / Yi, G. / Du, F. / Chuang, Y.C. / Vaughan, R.C. / Sankaran, B. / Kao, C.C. / Li, P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5u0c.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5u0c.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5u0c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5u0c_validation.pdf.gz | 499.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5u0c_full_validation.pdf.gz | 548.9 KB | Display | |
| Data in XML | 5u0c_validation.xml.gz | 156.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5u0c_validation.cif.gz | 211.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0c | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5u0bC ![]() 4k6mS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 73863.078 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: residues 2781-3419 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Zika virus (strain Mr 766) / Strain: Mr 766 / Production host: ![]() References: UniProt: Q32ZE1, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase #2: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 7.5 Details: 0.1 M Tris pH 7.5, 0.2 M sodium citrate, and 17% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 120 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3→89.14 Å / Num. obs: 169594 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 2.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 6 |
| Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / CC1/2: 0.665 / % possible all: 97.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4k6m Resolution: 3→89.137 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.42 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→89.137 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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