ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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xia2 | | データ削減 | Aimless | 0.5.15データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (1.10_2155)精密化 | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.976 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.79
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2534 | 1140 | 5.32 % |
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Rwork | 0.2137 | - | - |
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obs | 0.2157 | 21411 | 97.08 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 104.75 Å2 / Biso mean: 50.9461 Å2 / Biso min: 15.93 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→44.976 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2738 | 0 | 0 | 163 | 2901 |
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Biso mean | - | - | - | 46.1 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 337 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 2792 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.687 | 3775 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.049 | 418 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 491 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.353 | 1701 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.3-2.4047 | 0.3007 | 147 | 0.2274 | 2525 | 2672 | 98 | 2.4047-2.5315 | 0.28 | 143 | 0.2351 | 2555 | 2698 | 98 | 2.5315-2.6901 | 0.3344 | 127 | 0.2896 | 2386 | 2513 | 92 | 2.6901-2.8977 | 0.2572 | 161 | 0.2368 | 2546 | 2707 | 99 | 2.8977-3.1893 | 0.2805 | 150 | 0.2325 | 2561 | 2711 | 99 | 3.1893-3.6506 | 0.2621 | 136 | 0.2262 | 2501 | 2637 | 96 | 3.6506-4.5987 | 0.2156 | 124 | 0.1865 | 2529 | 2653 | 96 | 4.5987-44.9849 | 0.2266 | 152 | 0.1862 | 2668 | 2820 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.7235 | 0.1456 | -0.2461 | 1.2408 | 0.1832 | 1.428 | 0.1488 | 1.1547 | -0.2941 | -0.0695 | -0.0205 | -0.0549 | 0.1636 | 0.4164 | -0.0396 | 0.3474 | 0.088 | -0.0133 | 0.8759 | -0.2029 | 0.2941 | 27.0107 | 112.8641 | 101.7989 | 2 | 1.4299 | 0.024 | 0.1771 | 0.8963 | -0.4761 | 0.9922 | 0.0161 | 0.0401 | -0.0184 | 0.0159 | -0.0334 | -0.0367 | -0.0501 | 0.0182 | 0.0187 | 0.226 | -0.0101 | -0.0112 | 0.1009 | -0.056 | 0.2695 | 7.4634 | 117.5987 | 127.0695 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'C' and (resid 1 through 218 )C1 - 218 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'C' and (resid 219 through 348 )C219 - 348 | | | | |
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