[日本語] English
万見
- PDB-5tz6: Crystal Structure of CurJ Dehydratase H978F Inactive Mutant In Co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tz6
タイトルCrystal Structure of CurJ Dehydratase H978F Inactive Mutant In Complex with Compound 21
要素CurJ
キーワードlyase/lyase inhibitor / dehydratase / curacin / polyketide synthase / lyase-lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #120 / Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : ...Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #120 / Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E,5R)-5-hydroxy-2-methylhept-2-enoic acid / CurJ
類似検索 - 構成要素
生物種Moorea producens 3L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dodge, G.J. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Vinylogous Dehydration by a Polyketide Dehydratase Domain in Curacin Biosynthesis.
著者: Fiers, W.D. / Dodge, G.J. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CurJ
B: CurJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3263
ポリマ－69,1682
非ポリマー1581
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.550, 70.584, 176.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...
21(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEU(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 10516 - 114
12SERSERGLUGLU(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA1066 - 1082129 - 145
13PROPROASPASP(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA1087 - 1168150 - 231
14ASNASNPROPRO(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA1172 - 1179235 - 242
15PHEPHEPHEPHE(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA1180243
16THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
17THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
18THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
19THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
110THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
111THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
112THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
113THRTHRMETMET(chain A and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...AA943 - 12446 - 307
21THRTHRLEULEU(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 10516 - 114
22SERSERGLUGLU(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB1066 - 1082129 - 145
23PROPROASPASP(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB1087 - 1168150 - 231
24ASNASNPROPRO(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB1172 - 1179235 - 242
25PHEPHEPHEPHE(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB1180243
26THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
27THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
28THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
29THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
210THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
211THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
212THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307
213THRTHRMETMET(chain B and (resseq 943:1051 or resseq 1066:1082 or resseq...BB943 - 12446 - 307

-
要素

#1: タンパク質 CurJ / Polyketide synthase module


分子量: 34583.988 Da / 分子数: 2 / 変異: H978F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア)
遺伝子: LYNGBM3L_74460 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRARE AI / 参照: UniProt: F4Y426
#2: 化合物 ChemComp-7OD / (2E,5R)-5-hydroxy-2-methylhept-2-enoic acid


分子量: 158.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% peg 3350, 5% 1,4 butanediol, 250mm nacl, 100mm bis-tris propane ph 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.905 Å / Num. obs: 23985 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kg8

3kg8


解像度: 2.4→45.905 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1989 8.31 %
Rwork0.1985 --
obs0.2021 23944 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 287.31 Å2 / Biso mean: 114.9129 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4554 0 24 33 4611
Biso mean--112.14 88.42 -
残基数----571
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2724X-RAY DIFFRACTION6.176TORSIONAL
12B2724X-RAY DIFFRACTION6.176TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3086-1.71134.15854.1031-4.34276.0787-0.0699-0.36331.0940.902-0.0866-0.3771-0.28080.51810.16420.5333-0.0635-0.12690.6674-0.27690.7446-2.35920.017918.581
25.0748-0.43610.29544.28020.40212.9369-0.1294-0.21650.39160.28230.1-0.1282-0.1408-0.0382-0.00690.25890.027-0.0460.4664-0.07070.5649-10.3253-3.70299.825
37.08653.08981.65787.2049-1.64937.13610.6571-0.7354-0.06461.33-0.17770.64070.1852-0.5763-0.54680.5830.00930.06350.5357-0.07630.7893-5.7535-10.910514.3964
47.6112-4.77836.16995.0933-3.8195.297-0.64611.24913.4899-0.8225-0.4058-0.2303-0.8441.01811.04450.9860.03690.03991.0370.25881.1644-16.911111.0579-13.7248
56.48840.9951-0.0463.7298-0.94854.3395-0.0250.0770.5708-0.2227-0.03510.9478-0.1846-0.49620.180.36310.0767-0.10450.4838-0.04430.7703-27.58361.436-3.8601
66.55410.34721.12562.8716-0.1823.415-0.0307-0.09510.3019-0.1685-0.18070.3617-0.2916-0.46280.19190.28420.04360.05160.38860.02180.6395-20.6657-0.8609-0.56
78.60621.73551.14528.406-0.90846.3260.13110.05271.41620.1761-0.34620.2159-0.37630.02140.23350.3495-0.06530.01490.44170.10180.7515-13.64647.3754-5.1225
89.3891.53180.66478.6652-0.55187.5821-0.35281.1764-0.4247-1.0790.2512-1.07680.59690.3880.12250.370.03980.07750.5624-0.00960.5363-14.5767-5.8283-12.3122
98.62721.80690.10082.75870.00664.67640.05640.03070.5028-0.3578-0.04880.4353-0.030.06370.22290.21090.0403-0.04850.4639-0.03540.4426-15.7381-2.7321-3.1732
107.14272.13623.69985.68362.12258.6386-0.1459-0.45120.60681.7841-0.2694-0.74850.02180.08380.22890.94220.0377-0.43080.7474-0.11930.88028.5666-1.645334.5409
113.145-1.73821.7262.0347-3.34494.7215-0.3906-0.67070.5511.57190.2927-0.2886-1.70220.56420.081.9115-0.1891-0.47781.2306-0.15841.296715.6381-0.42353.6309
121.3768-2.4362-0.06664.01480.48993.2238-0.033-1.61540.37222.59010.163-1.49050.43230.4388-0.01182.39240.0253-0.78181.5571-0.08261.186416.1703-3.801150.9263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 943 through 967 )A943 - 967
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 968 through 1047 )A968 - 1047
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1048 through 1078 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1079 through 1100 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1101 through 1137 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1138 through 1182 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1183 through 1204 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1205 through 1219 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1220 through 1244 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 943 through 1048 )B943 - 1048
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1049 through 1137 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1138 through 1244 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る