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万見
- PDB-5ty5: Neutron structure from microgravity-grown crystals of Inorganic P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ty5
タイトルNeutron structure from microgravity-grown crystals of Inorganic Pyrophosphatase from Thermococcus theoreducens
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Neutron / thermophile / microgravity
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus thioreducens (古細菌)
手法中性子回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Inoguchi, N. / Coates, L. / Morris, M.L. / Singhal, A. / Monaco, D.A. / Garcia-Ruiz, J.M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Center for the Advancement of Science in Space (CASIS)GA-2013-100 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2017
タイトル: Structure-function analysis of the neutron crystallographic structure of inorganic pyrophosphatase determined from microgravity-grown crystals
著者: Inoguchi, N. / Coates, L. / Meilleur, F. / Morris, M.L. / Singhal, A. / Barcena, J. / Garcia-Ruiz, J.M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,2856
ポリマ－125,2856
非ポリマー00
水6,936385
1
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6433
ポリマ－62,6433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
2
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6433
ポリマ－62,6433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.930, 95.030, 113.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase


分子量: 20880.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌)
遺伝子: ppa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0USY5, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.478 %
結晶化温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4.7
詳細: sodium acetate, PEG 8000, calcium chloride, sodium chloride, pyrophosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source / ビームライン: MANDI / 波長: 2-4
検出器タイプ: ORNL ANGER CAMERA / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
241
反射解像度: 2.3→14.78 Å / Num. obs: 36592 / % possible obs: 74.19 % / 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.88 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2955 / Rpim(I) all: 0.171 / % possible all: 60.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
LAUENORMデータスケーリング
精密化開始モデル: 3I98

3i98


解像度: 2.3→14.78 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3.39 / 位相誤差: 23.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1829 5 %
Rwork0.239 --
obs0.239 36580 74.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0119055
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.61933790
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6545233
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461239
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.36210.30481140.31112157NEUTRON DIFFRACTION60
2.3621-2.43130.31941140.30522184NEUTRON DIFFRACTION61
2.4313-2.50940.31181180.29792247NEUTRON DIFFRACTION62
2.5094-2.59860.29031190.29032237NEUTRON DIFFRACTION63
2.5986-2.70210.29141240.29692363NEUTRON DIFFRACTION66
2.7021-2.82420.29031300.28682471NEUTRON DIFFRACTION68
2.8242-2.9720.31031360.27052601NEUTRON DIFFRACTION72
2.972-3.15650.24981450.26122738NEUTRON DIFFRACTION77
3.1565-3.39750.24931520.26152898NEUTRON DIFFRACTION80
3.3975-3.73440.22381650.22793133NEUTRON DIFFRACTION87
3.7344-4.26330.18421710.20223252NEUTRON DIFFRACTION90
4.2633-5.32910.24071760.20533337NEUTRON DIFFRACTION92
5.3291-14.77480.24621650.20343133NEUTRON DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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