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- PDB-5twx: Crystal Structure of BRD9 bromodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5twx
タイトルCrystal Structure of BRD9 bromodomain
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / inhibitor / chemical degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7P7 / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Degradation of the BAF Complex Factor BRD9 by Heterobifunctional Ligands.
著者: Remillard, D. / Buckley, D.L. / Paulk, J. / Brien, G.L. / Sonnett, M. / Seo, H.S. / Dastjerdi, S. / Wuhr, M. / Dhe-Paganon, S. / Armstrong, S.A. / Bradner, J.E.
履歴
登録2016年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9
C: Bromodomain-containing protein 9
D: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7328
ポリマ－55,2324
非ポリマー3,5004
水70339
1
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6832
ポリマ－13,8081
非ポリマー8751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6832
ポリマ－13,8081
非ポリマー8751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6832
ポリマ－13,8081
非ポリマー8751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6832
ポリマ－13,8081
非ポリマー8751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.260, 75.260, 344.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...
21(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...
31(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...
41(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEU(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA137 - 1448 - 15
12LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA145 - 14616 - 17
13GLUGLU7P77P7(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA - E137 - 40008
14GLUGLU7P77P7(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA - E137 - 40008
15GLUGLU7P77P7(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA - E137 - 40008
16GLUGLU7P77P7(chain A and (resid 137 through 144 or (resid 145...AA - E137 - 40008
21GLUGLULEULEU(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB137 - 1448 - 15
22LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB145 - 14616 - 17
23GLUGLU7P77P7(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB - F137 - 40008
24GLUGLU7P77P7(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB - F137 - 40008
25GLUGLU7P77P7(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB - F137 - 40008
26GLUGLU7P77P7(chain B and (resid 137 through 144 or (resid 145...BB - F137 - 40008
31GLUGLULEULEU(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC137 - 1448 - 15
32LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC145 - 14616 - 17
33GLUGLU7P77P7(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC - G137 - 40008
34GLUGLU7P77P7(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC - G137 - 40008
35GLUGLU7P77P7(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC - G137 - 40008
36GLUGLU7P77P7(chain C and (resid 137 through 144 or (resid 145...CC - G137 - 40008
41GLUGLULEULEU(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD137 - 1498 - 20
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD151 - 15322 - 24
43LYSLYSALAALA(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD155 - 16226 - 33
44PROPROALAALA(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD164 - 16835 - 39
45ALAALALYSLYS(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD170 - 22741 - 98
46ILEILELEULEU(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD229 - 230100 - 101
47ALAALAPHEPHE(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD232 - 234103 - 105
48METMETLEULEU(chain D and (resid 137 through 149 or resid 151...DD236 - 244107 - 115

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 13807.977 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 134-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物
ChemComp-7P7 / N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide


分子量: 874.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H46N6O11S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→64.04 Å / Num. obs: 19982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 260441
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.55-2.5914.31.6141009890.5262.03100
6.92-64.0611.647.11349611650.0110.03899.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YYD

4yyd


解像度: 2.55→64.04 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 950 4.76 %
Rwork0.2327 18988 -
obs0.235 19938 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.83 Å2 / Biso mean: 74.0504 Å2 / Biso min: 34.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→64.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 221 39 3626
Biso mean--68.7 52.16 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4785085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2412199
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1615X-RAY DIFFRACTION15.769TORSIONAL
12B1615X-RAY DIFFRACTION15.769TORSIONAL
13C1615X-RAY DIFFRACTION15.769TORSIONAL
14D1615X-RAY DIFFRACTION15.769TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.68450.38381340.332626422776100
2.6845-2.85260.33211260.29726172743100
2.8526-3.07290.3541230.286426512774100
3.0729-3.38210.34451370.265626752812100
3.3821-3.87150.27331260.22527082834100
3.8715-4.87740.24681400.198427422882100
4.8774-64.06010.24841640.21182953311799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1825-0.6565-1.22317.19460.96172.3108-0.4085-0.74650.06930.71620.1736-1.4390.2971-0.1895-0.02030.342-0.02950.05520.6482-0.0610.5577-34.7398-12.2464-13.4036
25.0305-1.01954.7326.6204-5.08127.0608-0.5613-0.57023.32441.7776-0.47920.1176-1.2388-0.2761-0.29930.64020.03450.22160.81970.06120.9542-46.6807-1.8963-4.8207
33.69820.59690.41653.98071.60312.0775-0.4107-0.6477-1.01231.0831-0.230.47851.0531-0.43830.25340.43880.03770.07450.72450.0020.7628-55.3671-10.0984-5.1239
44.4551-1.0166-0.00074.18821.49642.1009-0.6504-0.5011-0.443-0.19140.30320.85870.17740.0670.28270.46020.02530.01570.9128-0.04390.7826-59.2843-13.0572-12.5796
54.0866-1.18820.72313.32170.77181.3136-0.9507-0.0702-0.47040.08161.07610.86170.12250.07790.05710.34460.01530.10210.6534-0.05590.7257-42.9146-16.8361-10.6438
61.8260.35672.17512.9366-0.62712.954-0.4967-0.1707-1.67350.7852-0.4148-0.40752.68171.34170.23221.0329-0.0220.12140.64-0.17650.6103-40.4284-21.8477-17.5283
74.17890.36620.06114.3663-1.1894.355-0.2610.881-0.085-0.24090.32610.2813-0.3567-0.2487-0.14590.36350.0749-0.02770.8059-0.12960.4725-49.565-9.6928-18.5495
85.72030.7806-5.02722.107-0.62052.60460.10690.57991.033-0.0660.42130.3739-0.429-0.2639-0.37870.41730.0864-0.0110.7396-0.01490.5745-45.287-0.8949-18.3406
91.34231.46010.59611.8981-0.01793.4535-0.7505-0.330.4327-0.7291-0.61181.0732-1.53350.48230.10770.6184-0.05020.03980.9277-0.11180.7076-23.3695-2.0151-31.1853
105.6949-2.12624.74522.9629-1.62183.3141-0.2061-1.44070.01830.27290.4537-0.1042-0.1208-1.0732-0.1890.34050.01680.06650.7921-0.12260.5241-20.3649-8.9177-11.258
115.7713-0.26932.05892.00990.46034.7522-0.2482-0.49960.28090.0540.0999-0.81950.01410.47750.12750.4063-0.04220.05050.741-0.15980.5961-8.2853-7.723-13.8832
125.2584-1.89031.15614.62780.00184.4050.0512-0.129-0.5375-0.1607-0.0063-0.20520.26210.0110.09960.4426-0.00650.1060.4327-0.05490.4748-18.4173-18.1436-18.3278
134.00382.3865.06245.39633.85798.39160.1728-0.3492-1.17720.13251.0591-1.41920.20572.8862-0.47290.4134-0.03510.11371.52510.25680.9141-32.7632-17.829714.269
147.2682-0.0049-1.95236.0647-1.22275.74420.61430.4940.5926-0.7378-1.0146-1.0274-0.0503-0.02050.29580.6084-0.0405-0.01131.03170.0970.5449-46.7473-14.35614.643
153.583-1.56740.12462.1217-0.18942.9701-0.4094-0.7899-0.32670.1005-0.040.34790.0010.30560.2530.57920.00760.06571.02290.14120.6365-48.9-13.539915.4176
166.8403-4.78461.29965.0293-1.93212.31750.3113-0.131-2.383-0.7157-0.25350.81050.60990.79640.19370.683-0.06830.08290.95480.17340.924-49.6587-22.97612.771
173.9625-2.4384.67443.1704-1.52374.6940.3986-1.1554-1.6403-0.37970.0123-0.67910.24990.0754-0.42990.64250.01820.03581.05930.40331.3252-41.2923-28.09469.3122
182.1087-2.4768-1.84265.419-0.58314.6675-0.6128-2.3387-0.5911-0.73450.24140.6985-0.0311-0.0261-0.27460.43670.0853-0.01351.57860.08820.9706-16.5717-18.83299.5276
193.93961.85691.94551.6532-0.80345.67051.3556-1.30530.44520.5215-1.2390.75110.61270.3801-0.67550.7254-0.26860.00172.25790.09920.97754.9184-16.98088.4059
200.63890.7613-0.4271.8019-0.9460.3553-0.63510.1079-0.1031-0.4933-0.2446-0.68690.99840.78420.64160.55070.09710.06961.96950.22261.2945-9.9467-24.04687.4137
210.5637-1.10050.37662.8226-1.52151.0385-1.1804-1.4779-2.17660.12481.2820.92661.91982.6496-0.56960.4910.2378-0.11952.27290.40021.3266-9.8388-25.162214.6376
224.5085-3.02811.33745.4483-2.07147.4292-1.2398-1.5635-0.46920.39041.123-1.36930.13410.8160.67010.68290.0441-0.05372.3117-0.48531.2399-4.3568-12.403820.1191
239.4774-0.94191.48651.58061.45431.91130.5308-0.0975-0.44630.66120.3970.2567-0.0631.3929-0.58910.8780.10380.13742.06280.44530.826-22.9152-22.969623.1094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 137 through 155 )A137 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 156 through 160 )A156 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 170 )A161 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 182 )A171 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 191 )A183 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 197 )A192 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 198 through 215 )A198 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 216 through 244 )A216 - 244
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 245 through 250 )A245 - 250
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 137 through 165 )B137 - 165
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 166 through 220 )B166 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 221 through 247 )B221 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 137 through 155 )C137 - 155
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 156 through 165 )C156 - 165
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 166 through 197 )C166 - 197
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 198 through 220 )C198 - 220
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 221 through 244 )C221 - 244
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 137 through 167 )D137 - 167
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 168 through 176 )D168 - 176
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 177 through 191 )D177 - 191
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 192 through 215 )D192 - 215
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 216 through 231 )D216 - 231
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 232 through 245 )D232 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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