PDB-5tww: Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tww

タイトル

Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

要素

Cyclic peptide ALA-ALA-ALA-UN1-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Helix cap

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hoang, H.N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide
著者: Hoang, H.N.

履歴

登録	2016年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tww.cif.gz	21.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tww.ent.gz	14.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tww_validation.pdf.gz	364.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tww_full_validation.pdf.gz	386.4 KB	表示
XML形式データ	5tww_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	5tww_validation.cif.gz	4.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5tww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5tww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5twiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dn8-d 6f3v-d 3m1b-9 2mq5-d 1kmr-d 6h7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 30203Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic peptide ALA-ALA-ALA-UN1-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA

1.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic peptide ALA-ALA-ALA-UN1-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA-ALA-ARG-ALA 分子量: 1270.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	Sample state: anisotropic / タイプ: 2d NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solid / 内容: 1 mM peptide, 93% H2O/7% D2O / Label: homoE helix cap peptide / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 100 mM / Label: pure / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: CryoProbe

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
TopSpin	Bruker Biospin	chemical shift assignment
TopSpin	Bruker Biospin	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)