PDB-5twi: Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5twi

タイトル

Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

要素

Cyclic tetrapeptide ALA-ARG-ALA-UN1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / alpha turn / helix cap

生物種

Cheirogaleus major (オオコビトキツネザル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hoang, H.N. / Fairlie, D.P.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide
著者: Hoang, H.N. / Fairlie, D.P.

履歴

登録	2016年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: entity / pdbx_database_related ...entity / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5twi.cif.gz	10.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5twi.ent.gz	6.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5twi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5twi_validation.pdf.gz	356.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5twi_full_validation.pdf.gz	374.1 KB	表示
XML形式データ	5twi_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	5twi_validation.cif.gz	3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5twwC C: 同じ文献を引用 (文献)
その他のデータベース	BMRB: 30202Alpha Helix Nucleation by a Simple Cyclic Tetrapeptide

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic tetrapeptide ALA-ARG-ALA-UN1

459 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic tetrapeptide ALA-ARG-ALA-UN1 分子量: 458.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Cheirogaleus major (オオコビトキツネザル)

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	Sample state: anisotropic / タイプ: 2D 1H-1H ROESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solid / 内容: 1 mM n helix cap, 93% H2O/7% D2O / Label: ARAhE / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: helix cap / Isotopic labeling: n
試料状態	イオン強度: 100 mM / Label: helix / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Xplor	Xplor-NIH	精密化
TopSpin	Bruker Biospin	chemical shift assignment
TopSpin	Bruker Biospin	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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