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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tv8 | ||||||
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タイトル | A. aeolicus BioW with AMP-CPP and pimelate | ||||||
要素 | 6-carboxyhexanoate--CoA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / Pimeloyl-CoA Ligase / adenylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-carboxyhexanoate-CoA ligase / 6-carboxyhexanoate-CoA ligase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.-H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: The pimeloyl-CoA synthetase BioW defines a new fold for adenylate-forming enzymes. 著者: Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tv8.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tv8.ent.gz | 87.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tv8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tv8_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5tv8_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tv8_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27445.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: bioW, aq_1659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67575, 6-carboxyhexanoate-CoA ligase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-30% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月29日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→48 Å / Num. obs: 27824 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.56 Å / Num. unique all: 1936 / Rsym value: 0.938 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.975 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.266 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→25 Å
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拘束条件 |
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