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- PDB-5tv6: A. aeolicus BioW with pimelate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tv6
タイトルA. aeolicus BioW with pimelate
要素6-carboxyhexanoate--CoA ligase
キーワードLIGASE / Pimeloyl-CoA Ligase / adenylation
機能・相同性6-carboxyhexanoate-CoA ligase / 6-carboxyhexanoate-CoA ligase activity / 6-carboxyhexanoate--CoA ligase / 6-carboxyhexanoate--CoA ligase / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / PIMELIC ACID / 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.456 Å
データ登録者Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.-H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: The pimeloyl-CoA synthetase BioW defines a new fold for adenylate-forming enzymes.
著者: Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
B: 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6814
ポリマ－55,3612
非ポリマー3202
水3,315184
1
A: 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8412
ポリマ－27,6801
非ポリマー1601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8412
ポリマ－27,6801
非ポリマー1601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.486, 103.194, 113.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 6-carboxyhexanoate--CoA ligase / Pimeloyl-CoA synthase / BioW


分子量: 27680.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: bioW, aq_1659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67575, 6-carboxyhexanoate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PML / PIMELIC ACID / ピメリン酸


分子量: 160.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H12O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 30059 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル最高解像度: 2.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.456→49.829 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 2507 5.08 %
Rwork0.1896 --
obs0.1917 27317 86.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.456→49.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 22 184 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2725246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8412434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4564-2.50370.3104570.27921223X-RAY DIFFRACTION40
2.5037-2.55480.3475850.26351525X-RAY DIFFRACTION51
2.5548-2.61030.2729900.23841775X-RAY DIFFRACTION59
2.6103-2.6710.25111290.23152020X-RAY DIFFRACTION68
2.671-2.73780.32191260.24082272X-RAY DIFFRACTION76
2.7378-2.81180.28561080.23812526X-RAY DIFFRACTION84
2.8118-2.89460.2521720.2392705X-RAY DIFFRACTION91
2.8946-2.9880.29081710.24062841X-RAY DIFFRACTION96
2.988-3.09480.28821420.24592962X-RAY DIFFRACTION98
3.0948-3.21870.25481150.21843031X-RAY DIFFRACTION100
3.2187-3.36510.23111480.20353037X-RAY DIFFRACTION100
3.3651-3.54250.23791810.19962961X-RAY DIFFRACTION100
3.5425-3.76440.25141200.17943013X-RAY DIFFRACTION100
3.7644-4.05490.20851890.16432983X-RAY DIFFRACTION100
4.0549-4.46270.19511850.14362974X-RAY DIFFRACTION100
4.4627-5.10790.18151680.13833004X-RAY DIFFRACTION100
5.1079-6.43330.23911780.18292966X-RAY DIFFRACTION100
6.4333-49.83930.17891430.16973004X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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