PDB-5tup: X-ray Crystal Structure of the Aspergillus fumigatus Sliding Clamp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tup

タイトル

X-ray Crystal Structure of the Aspergillus fumigatus Sliding Clamp

要素

Proliferating cell nuclear antigen

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / sliding clamp

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin binding / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / membrane => GO:0016020 / DNA replication / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus Z5 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.602 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Marshall, A.C. / Kroker, A.J. / Wegener, K.L. / Rajapaksha, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structure of the sliding clamp from the fungal pathogen Aspergillus fumigatus (AfumPCNA) and interactions with Human p21.
著者: Marshall, A.C. / Kroker, A.J. / Murray, L.A. / Gronthos, K. / Rajapaksha, H. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B.

履歴

登録	2016年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tup.cif.gz	304.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tup.ent.gz	246.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tup_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tup_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	5tup_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	5tup_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cs5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3g65-d 6qh1-d 2zvv-1 5mlw-1 6fcn-d 6wac-1 1w60-2 1w60-1 3ja9-d 2zvw-3 2zvw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Proliferating cell nuclear antigen

B: Proliferating cell nuclear antigen

C: Proliferating cell nuclear antigen

85.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.950, 103.370, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	chain A	A	A	1 - 254	2 - 255
2	MET	MET	chain B	B	B	1 - 254	2 - 255
3	GLY	GLY	chain C	C	C	0 - 254	1 - 255

詳細

Trimer as determined by gel filtration

#1: タンパク質	Proliferating cell nuclear antigen 分子量: 28407.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Z5 (カビ) / 遺伝子: Y699_06803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J5SJF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M KCl, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月8日 / 詳細: Si ans Rh coatings

放射

モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→78.68 Å / Num. obs: 27932 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 55.34 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 197392 / Scaling rejects: 93

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.72	6.6	2.018	4554	0.33	1	96.7
9.01-78.68	6.5	0.065		0.995	1	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.85 Å	43.94 Å
Translation	2.85 Å	43.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CS5

4cs5

解像度: 2.602→44.024 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2576	1375	4.94 %	Random
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.199	27806	99.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 220.32 Å² / B_iso mean: 73.7281 Å² / B_iso min: 28.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.602→44.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5613	0	0	183	5796
B_iso mean	-	-	-	61.08	-
残基数	-	-	-	-	763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	7728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	954
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.101	2032

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3306	X-RAY DIFFRACTION	14.158	TORSIONAL
1	2	B	3306	X-RAY DIFFRACTION	14.158	TORSIONAL
1	3	C	3306	X-RAY DIFFRACTION	14.158	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.602-2.695	0.3498	147	0.3078	2489	2636	94
2.695-2.8029	0.3439	144	0.2838	2571	2715	98
2.8029-2.9304	0.3578	137	0.2705	2636	2773	99
2.9304-3.0849	0.3032	136	0.243	2659	2795	100
3.0849-3.2781	0.2872	125	0.2282	2686	2811	100
3.2781-3.5311	0.2547	123	0.1882	2673	2796	100
3.5311-3.8863	0.273	131	0.1889	2645	2776	100
3.8863-4.4481	0.2285	138	0.173	2685	2823	100
4.4481-5.6024	0.215	154	0.1563	2669	2823	100
5.6024-44.0308	0.236	140	0.1824	2718	2858	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1563	-0.8966	-1.3383	3.3801	1.6345	7.6196	-0.0359	0.4448	-0.0769	-0.0579	0.0819	-0.1978	-0.0784	1.0663	-0.0572	0.5403	-0.1314	0.051	0.5188	-0.0919	0.4192	24.9126	25.6196	27.9051
2	7.0416	-2.1867	-0.3498	6.2984	-0.4395	6.1049	0.4703	0.8989	-0.2331	-1.4434	-0.2192	-0.0326	-0.5133	1.5027	-0.2725	1.0176	-0.1537	0.0177	0.9816	-0.2063	0.3864	25.1913	23.7965	14.2897
3	0.2407	1.2294	-0.9737	6.4671	-5.9677	5.5189	-0.4446	0.0737	0.7077	0.8431	-0.7519	-1.2568	-1.4082	1.5228	1.0873	1.0411	-0.2637	0.0046	0.7429	-0.2642	0.899	26.6714	31.6974	39.3969
4	7.3611	-0.8506	-1.2661	4.8567	-0.0786	5.6636	-0.4216	-0.1053	-0.2682	0.5336	0.2142	0.0542	0.2935	0.3871	0.2045	0.5316	0.0264	0.0236	0.2747	-0.0069	0.4016	13.2924	8.4989	49.0996
5	5.9844	0.3026	0.4139	6.1372	-1.7749	6.148	-0.0312	-0.0482	0.0613	0.3511	0.1586	-0.1602	0.3974	0.8426	-0.1423	0.4551	0.0072	0.0382	0.3396	-0.0652	0.3174	20.6082	15.94	45.1346
6	4.2688	2.4635	-0.9613	4.3806	-1.2808	7.2162	-0.1257	0.2681	0.0734	0.2859	0.1841	0.1496	0.2491	-0.1368	-0.0115	0.5367	0.0732	0.026	0.5066	-0.0044	0.3567	-11.0722	3.9381	0.0157
7	5.5491	1.2927	-2.2691	2.0001	1.0145	2.3484	0.3299	0.7097	0.5191	0.3898	0.1092	0.5475	-0.2005	0.4455	-0.2155	0.6436	0.0267	-0.0404	0.9822	0.0546	0.3697	-11.3346	5.6738	-0.2906
8	6.5921	2.7747	2.6098	2.4408	3.6973	8.3118	0.0238	0.4985	-0.0282	0.4913	0.4145	-0.7522	-0.1613	0.7039	-0.2478	0.8709	-0.052	-0.0271	0.5967	0.0023	0.4652	14.3687	21.9713	4.1734
9	8.9045	3.165	1.3964	2.5057	0.3051	2.4298	0.5724	1.3291	-1.4117	-1.2642	-0.3649	-1.9921	0.3873	1.3024	-0.6678	0.7711	0.0206	0.0891	0.9264	-0.2024	1.0646	20.8219	11.7527	-5.4854
10	7.6501	2.5331	1.7583	2.0811	3.0539	7.7343	-0.0998	0.6212	0.2507	0.021	0.0061	0.1007	-0.0755	0.163	-0.0516	0.5731	-0.0735	-0.0189	0.4269	0.0817	0.3428	4.6402	17.3909	-2.148
11	6.6433	0.9086	4.0338	1.369	-1.6251	6.9511	-0.1783	-0.1281	-0.2105	0.118	0.0278	0.1219	-0.0932	-0.6295	0.1855	0.8513	0.1023	0.04	0.3852	-0.1223	0.4272	-11.5542	-2.3863	46.3444
12	7.4549	0.9842	3.4368	2.5039	1.0197	3.4411	0.2291	-0.1282	-0.114	0.0799	-0.0951	-0.2539	0.2894	0.1991	-0.1184	0.659	0.0455	0.0507	0.3221	-0.0642	0.3572	-3.7436	-2.1357	51.4205
13	6.8304	7.5959	4.6135	8.5427	5.4405	3.5909	0.0986	-1.3062	1.3276	0.2479	-1.03	1.6171	-0.1581	-0.8467	1.0768	0.7978	0.1072	0.2625	0.6189	-0.0669	0.7669	-24.2833	-4.5967	47.001
14	4.478	0.0609	0.5652	6.3199	-1.673	7.199	0.1453	0.4602	-0.0501	-0.0959	0.0722	0.0102	-0.0809	0.1739	-0.1883	0.4438	0.0996	0.0473	0.3711	-0.0131	0.2463	-19.5731	-8.3239	25.9386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 81 )	A	1 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 117 )	A	82 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 134 )	A	118 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 190 )	A	135 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 254 )	A	191 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 104 )	B	1 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 134 )	B	105 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 135 through 182 )	B	135 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 183 through 202 )	B	183 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 203 through 254 )	B	203 - 254
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 0 through 45 )	C	0 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 46 through 117 )	C	46 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 118 through 134 )	C	118 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 135 through 254 )	C	135 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)