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万見
- PDB-5tuk: Crystal structure of tetracycline destructase Tet(51) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tuk
タイトルCrystal structure of tetracycline destructase Tet(51)
要素Tetracycline destructase Tet(51)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-binding / tetracycline-inactivating / oxidoreductase activity
機能・相同性: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tetracycline destructase Tet(51)
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Park, J. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI123394-01 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Plasticity, dynamics, and inhibition of emerging tetracycline resistance enzymes.
著者: Park, J. / Gasparrini, A.J. / Reck, M.R. / Symister, C.T. / Elliott, J.L. / Vogel, J.P. / Wencewicz, T.A. / Dantas, G. / Tolia, N.H.
履歴
登録2016年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline destructase Tet(51)
B: Tetracycline destructase Tet(51)
C: Tetracycline destructase Tet(51)
D: Tetracycline destructase Tet(51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,92812
ポリマ－185,4184
非ポリマー3,5118
水16,970942
1
A: Tetracycline destructase Tet(51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2323
ポリマ－46,3541
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tetracycline destructase Tet(51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2323
ポリマ－46,3541
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tetracycline destructase Tet(51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2323
ポリマ－46,3541
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tetracycline destructase Tet(51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2323
ポリマ－46,3541
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.490, 81.690, 127.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tetracycline destructase Tet(51)


分子量: 46354.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Isolated from functional metagenomic selections from agricultural and grassland soils.
由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H4TFU4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 942 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 10% PEG6000 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000028 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年5月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000028 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 144467 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.77 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.93
反射 シェル最高解像度: 1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1616精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→19.904 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1997 1.38 %
Rwork0.1667 --
obs0.1672 144460 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11791 0 236 942 12969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22416585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5054551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89620.28581400.25210113X-RAY DIFFRACTION99
1.8962-1.94750.261420.230310131X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00470.27571410.21510077X-RAY DIFFRACTION100
2.0047-2.06940.22981430.20310161X-RAY DIFFRACTION100
2.0694-2.14320.23661420.189710151X-RAY DIFFRACTION100
2.1432-2.22890.23161420.170910130X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.33020.19021430.164310178X-RAY DIFFRACTION100
2.3302-2.45290.19121420.161110134X-RAY DIFFRACTION100
2.4529-2.60620.21951430.162110177X-RAY DIFFRACTION100
2.6062-2.8070.20371430.159510168X-RAY DIFFRACTION100
2.807-3.08850.21551430.1710225X-RAY DIFFRACTION100
3.0885-3.53330.19471430.160510188X-RAY DIFFRACTION100
3.5333-4.44340.15351440.138210248X-RAY DIFFRACTION100
4.4434-19.9050.1791460.155110382X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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