PDB-5tuj: Ancestral Cationic Amino Acid Solute Binding Protein (AncCDT-1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tuj

タイトル

Ancestral Cationic Amino Acid Solute Binding Protein (AncCDT-1)

要素

Ancestral protein CDT-Anc1

キーワード

Solute Binding Protein / periplasmic solute binding protein

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.352 Å

データ登録者

Kaczmarski, J.A. / Clifton, B.E. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolution of cyclohexadienyl dehydratase from an ancestral solute-binding protein.
著者: Clifton, B.E. / Kaczmarski, J.A. / Carr, P.D. / Gerth, M.L. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2016年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tuj.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tuj.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tuj_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tuj_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	5tuj_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5tuj_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wjpC 6bqeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f4p-1 4uxa-10 4qko-1 6wup-d 4bv2-1 3ahu-d 1oi1-d 5a38-2 4uxa-9 5a37-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Ancestral protein CDT-Anc1

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.641, 71.641, 124.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Ancestral protein CDT-Anc1 分子量: 26292.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M Tris 22.5 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→35.82 Å / Num. obs: 5646 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 3.35→3.62 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.001 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC_1/2: 0.744 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.352→27.743 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3375	294	5.25 %
R_work	0.3049	-	-
obs	0.3066	5601	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.352→27.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1738	0	0	0	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.584	2417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.675	624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3516-4.2203	0.4165	132	0.3543	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2203-27.7437	0.3106	162	0.2816	2694	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.425	-2.6021	-0.5268	5.3524	-2.3364	4.5488	0.0162	1.2117	0.3401	-0.7525	0.3472	0.4291	0.0777	-1.3437	0.7011	0.6771	0.0348	-0.0343	0.977	0.0166	0.9173	-40.115	21.3844	36.3684
2	8.0827	-0.4715	1.1124	3.3691	-2.958	6.1705	-0.5393	0.2479	1.1515	0.027	0.4499	0.6998	-0.9788	-0.5347	0.1608	0.4995	-0.0707	0.0652	0.6494	0.0424	0.8817	-33.8962	24.2176	41.04
3	6.4268	2.436	1.9791	3.6722	-2.4357	4.2988	-0.2994	0.6188	0.5369	0.064	-0.7543	-0.6967	-1.1053	1.2599	-0.2251	0.5497	-0.2023	0.0725	1.1299	0.145	0.9425	-12.5659	24.9829	21.7071
4	7.573	-3.4495	1.8328	3.3483	-0.2511	3.8341	0.8646	-0.2593	0.2693	-0.1881	-0.9884	-0.1174	-0.3449	0.558	-0.176	0.4332	-0.2661	-0.0089	1.0107	-0.0471	0.6986	-19.885	23.6969	18.0082
5	5.5246	1.6785	-1.0292	5.4465	-3.8159	3.5747	-0.1633	0.1578	-0.003	-0.5073	0.1043	-0.3825	0.1798	-0.501	-0.1767	0.6892	-0.0455	0.0456	0.3848	0.0035	0.8551	-27.873	14.8394	41.776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 14 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 48 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 107 through 151 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 152 through 201 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 202 through 246 )

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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