PDB-2f4p: Crystal structure of a cupin-like protein (tm1010) from thermotog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f4p

タイトル

Crystal structure of a cupin-like protein (tm1010) from thermotoga maritima msb8 at 1.90 A resolution

要素

hypothetical protein TM1010

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (tm1010) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f4p.cif.gz	133.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f4p.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hdi-1 3zsf-8 5tuj-d 1dgv-d 6wup-d 5ub6-1 4twj-d 2vlq-d 3ege-d 4uxa-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282877

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein TM1010

B: hypothetical protein TM1010

C: hypothetical protein TM1010

D: hypothetical protein TM1010

ヘテロ分子

67.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein TM1010

B: hypothetical protein TM1010

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: hypothetical protein TM1010

D: hypothetical protein TM1010

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.746, 71.746, 188.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	hypothetical protein TM1010 分子量: 16675.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: tm1010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4981537, UniProt: Q9X0A3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4 詳細: 1.0M LiCl, 20.0% PEG-6000, 0.1M Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.000, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月29日 / 詳細: Collimating mirror, DCM, toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9797	1

反射

解像度: 1.9→21.54 Å / Num. obs: 43148 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	100	6.1	0.549	1.4	3182	0.549	99.9
1.95-2	100	6.6	0.437	1.7	3102	0.437
2-2.06	100	6.7	0.313	2.4	3027	0.313
2.06-2.12	100	6.7	0.269	2.7	2935	0.269
2.12-2.19	100	6.7	0.208	3.5	2855	0.208
2.19-2.27	100	6.7	0.192	3.9	2741	0.192
2.27-2.36	100	6.7	0.171	4.3	2641	0.171
2.36-2.45	100	6.7	0.142	5.1	2555	0.142
2.45-2.56	100	6.7	0.127	5.7	2476	0.127
2.56-2.69	100	6.7	0.109	6.4	2323	0.109
2.69-2.83	100	6.7	0.088	7.7	2242	0.088
2.83-3	100	6.7	0.076	8.8	2116	0.076
3-3.21	100	6.7	0.067	9.4	1970	0.067
3.21-3.47	100	6.6	0.057	10.9	1852	0.057
3.47-3.8	100	6.6	0.055	10.9	1716	0.055
3.8-4.25	100	6.6	0.051	11.2	1537	0.051
4.25-4.91	100	6.6	0.049	10.5	1351	0.049
4.91-6.01	100	6.5	0.053	10.7	1159	0.053
6.01-8.5	100	6.5	0.056	10.3	896	0.056
8.5-21.54	93.6	6	0.058	9	472	0.058

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→21.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.393 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.143
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2172	5 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
all	0.163	-	-	-
obs	0.164	40900	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4103	0	77	502	4682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.923	6086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.857	3	9060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.759	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.922	23.515	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.435	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.503	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.3	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.3	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.5	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.5	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.5	693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.104	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.3	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.044	3	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.546	3	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.744	5	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.95	8	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.762	11	1700

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	168	-
R_work	0.177	2976	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4447	0.3979	0.6049	2.3138	1.2767	2.389	0.0114	0.0249	-0.1298	-0.0138	0.0662	-0.1478	-0.0359	-0.0237	-0.0776	-0.2774	-0.006	-0.0171	-0.254	-0.0211	-0.1898	37.129	41.256	27.457
2	22.4572	10.9491	2.181	21.4115	-5.7641	9.1969	0.5372	0.2935	-1.4109	0.5755	-0.277	-0.4918	0.2552	0.4305	-0.2602	-0.1588	0.0418	-0.0863	-0.2251	-0.0795	-0.009	40.241	28.393	26.612
3	4.2404	-1.0532	-0.3033	0.9727	-0.3536	0.2803	0.088	-0.1085	0.154	0.0862	-0.1262	0.1247	-0.0489	-0.2422	0.0382	-0.1209	0.0817	-0.0732	-0.1917	-0.0287	-0.201	31.102	52.238	28.24
4	2.4624	0.3482	-0.4078	3.8435	-0.4508	0.9176	0.0694	0.1094	0.0158	0.0448	0.0785	0.0447	0.0973	-0.1037	-0.1479	-0.1556	0.0805	-0.089	-0.1408	0.0074	-0.1643	19.441	57.981	20.749
5	3.1492	-2.2531	-0.3009	3.6075	-0.5281	0.3057	0.0279	0.1049	-0.0278	-0.382	-0.089	0.0183	-0.1539	-0.1387	0.0611	-0.2336	0.0011	0.0294	-0.0773	-0.0849	-0.1993	44.464	68.816	1.552
6	3.247	0.989	-0.284	3.0561	-0.7949	0.6214	-0.0062	0.0584	-0.0371	0.0394	0.1286	0.0298	-0.1239	0.0061	-0.1224	-0.2136	0.0442	0.049	-0.0777	-0.0745	-0.1643	31.554	77.829	11.418
7	1.817	0.5121	0.6419	2.1051	0.9859	2.2685	0.0368	0.0194	-0.0783	0.03	0.0227	-0.1806	0.0174	-0.0864	-0.0595	-0.2533	-0.0001	-0.0104	-0.273	-0.0279	-0.1961	54.119	70.597	4.775
8	9.2927	5.084	-0.1181	8.9893	0.199	2.8271	0.0809	-0.1875	0.149	0.1508	0.0865	0.0133	0.2747	-0.1273	-0.1675	-0.2176	-0.0002	-0.0422	-0.2416	-0.0451	-0.2604	54.706	68.893	8.976

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 123	14 - 135
2	2	A	A	124 - 135	136 - 147
3	3	B	B	4 - 42	16 - 54
4	4	B	B	43 - 135	55 - 147
5	5	C	C	3 - 48	15 - 60
6	6	C	C	49 - 135	61 - 147
7	7	D	D	3 - 112	15 - 124
8	8	D	D	113 - 135	125 - 147

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関連情報:EMDBヘッダ

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