PDB-5tuc: Crystal Structure of the Sus TBC1D15 GAP Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tuc

タイトル

Crystal Structure of the Sus TBC1D15 GAP Domain

要素

Sus TBC1D15 GAP Domain

キーワード

HYDROLASE ACTIVATOR / Sus (Sus scrofa) / TBC1D15 / GAP (GTPase-activating Protein) / GTPase / PROTEIN BINDING

機能・相同性

Small G protein signalling modulator 1/2, Rab-binding domain / Rab-binding domain (RBD) / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / cytoplasm / TBC1 domain family member 15

機能・相同性情報

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, Y.-N. / Wang, W. / Cheng, D. / Ge, Y. / Gu, X. / Zhou, X.E. / Ye, F. / Xu, H.E. / Lv, Z.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of TBC1D15 GTPase-activating protein (GAP) domain and its activity on Rab GTPases.
著者: Chen, Y.N. / Gu, X. / Zhou, X.E. / Wang, W. / Cheng, D. / Ge, Y. / Ye, F. / Xu, H.E. / Lv, Z.

履歴

登録	2016年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tuc.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tuc.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tubC 2qfzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tub-1 5tub-2 5tub-4 2ewg-3 5qpu-d 3tfg-d 2ewg-4 1a76-d 5qpq-d 4ohv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sus TBC1D15 GAP Domain

B: Sus TBC1D15 GAP Domain

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sus TBC1D15 GAP Domain

登録者が定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sus TBC1D15 GAP Domain

登録者が定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.000, 139.000, 175.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-703- HOH

#1: タンパク質	Sus TBC1D15 GAP Domain 分子量: 41557.730 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 270-617 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TBC1D15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1SH24
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM MES sodium Salt (pH 6.5), 20% (w/v) PEG1000, 100 mM sodium chloride and 200 mM magnesium chloride PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.6 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.61 Å / R_merge(I) obs: 1.254 / Mean I/σ(I) obs: 4.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QFZ

2qfz

解像度: 2.5→87.62 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	2498	7.1 %
R_work	0.2137	-	-
obs	0.2165	35202	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→87.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5405	0	0	154	5559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	7420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.383	2109
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5481	0.3394	134	0.2936	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5481-2.6001	0.291	138	0.2825	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6001-2.6567	0.2992	127	0.271	1793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.7185	0.3238	117	0.2673	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7185-2.7864	0.3309	128	0.2724	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7864-2.8618	0.3098	143	0.2678	1768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.946	0.3412	145	0.2727	1787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.946-3.0411	0.3137	147	0.2635	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0411-3.1498	0.2937	124	0.2479	1796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.2759	0.2698	124	0.2477	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2759-3.425	0.2935	143	0.2225	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.6056	0.2545	130	0.2228	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6056-3.8315	0.2399	141	0.2021	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8315-4.1273	0.212	152	0.1783	1817	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1273-4.5427	0.2322	146	0.1676	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5427-5.1999	0.2169	148	0.1753	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1999-6.551	0.2467	142	0.2016	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
6.551-87.6738	0.1756	169	0.1735	2003	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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