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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tu8 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus epidermidis Aap G58-spacer-G513* (variant G5-spacer-variant G5) | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Aap G58-spacer-G513*![]() PROTEIN BINDING / biofilm intercellular adhesion Staphylococcus Aap | 機能・相同性 | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Shelton, C.L. / Conrady, D.G. / Herr, A.B. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Functional consequences of B-repeat sequence variation in the staphylococcal biofilm protein Aap: deciphering the assembly code. 著者: Shelton, C.L. / Conrady, D.G. / Herr, A.B. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22582.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM sodium acetate pH 5 175 mM calcium chloride 22% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→92.25 Å / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.413 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4FUP 解像度: 2.33→92.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9146 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8903 / SU R Cruickshank DPI: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Blow DPI: 0.206 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.197
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原子変位パラメータ | Biso mean: 50.38 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.281 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.33→92.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.46 Å / Total num. of bins used: 10
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