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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tu7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus epidermidis Aap G511-spacer-G513 (consensus G5-spacer-consensus G5) | |||||||||
![]() | Accumulation-associated protein Aap G511-spacer-G513 (consensus G5-spacer-consensus G5) | |||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / biofilm intercellular adhesion Staphylococcus Aap | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shelton, C.L. / Conrady, D.G. / Herr, A.B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional consequences of B-repeat sequence variation in the staphylococcal biofilm protein Aap: deciphering the assembly code. 著者: Shelton, C.L. / Conrady, D.G. / Herr, A.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22299.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0 0.25 M calcium chloride 24% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.34→52.812 Å / Num. obs: 6930 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 74.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.34→3.46 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Both BUSTER and PHENIX were used for refinement of this structure
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.34→52.812 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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