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万見
- PDB-5ttt: Sparse-restraint solution NMR structure of micelle-solubilized cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ttt
タイトルSparse-restraint solution NMR structure of micelle-solubilized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel MEC-4 refined by restrained Rosetta
要素Degenerin mec-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of turning behavior involved in mating / Sensory perception of salty taste / Stimuli-sensing channels / positive regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / positive regulation of mechanosensory behavior / neuron projection membrane / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / mechanosensory behavior / ligand-gated sodium channel activity / response to mechanical stimulus ...negative regulation of turning behavior involved in mating / Sensory perception of salty taste / Stimuli-sensing channels / positive regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / positive regulation of mechanosensory behavior / neuron projection membrane / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / mechanosensory behavior / ligand-gated sodium channel activity / response to mechanical stimulus / sodium ion transmembrane transport / potassium ion transport / axon / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Degenerin / : / Mechanosensory ion channel subunit mec-4/10 cytosolic domain / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Everett, J.K. / Liu, G. / Mao, B. / Driscoll, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sparse-restraint solution NMR structure of micelle-solubilized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel MEC-4 refined by restrained Rosetta
著者: Everett, J.K. / Liu, G. / Mao, B. / Driscoll, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Degenerin mec-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2971
ポリマ－13,2971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250target function
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer as determined by light scatering

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要素

#1: タンパク質 Degenerin mec-4 / Mechanosensory abnormality protein 4


分子量: 13296.793 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mec-4, mec-13, T01C8.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24612

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic12D 1H-1H NOESY
171isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] micelle-solubilized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel MEC-4, 95% H2O/5% D2O
詳細: 1.5 MM [U-100% 13C; U-100% 15N; 100% 2H; ILV METHYL 1H; FY RING 1H] MEC4, 25 MM SODIUM; PHOSPHATE, 5 MM ZWITTERGENT 3-12, 25 MM SODIUM CHLORIDE, 5MM TCEP, 95% H2O/5% D2O
Label: CND / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.5 mM
構成要素: micelle-solubilized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel MEC-4
Isotopic labeling: [U-13C; U-15N; U-2H]
試料状態詳細: 1.5 MM [U-100% 13C; U-100% 15N; 100% 2H; ILV METHYL 1H; FY RING 1H] MEC4, 25 MM SODIUM; PHOSPHATE, 5 MM ZWITTERGENT 3-12, 25 MM SODIUM CHLORIDE, 5MM TCEP, 95% H2O/5% D2O
イオン強度: 0.025 M / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Restrained RosettaMao, Baker, Montelione精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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