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- PDB-5tss: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1: ORTHORHOMBIC P222(1) CRYSTAL FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tss
タイトルTOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1: ORTHORHOMBIC P222(1) CRYSTAL FORM
要素TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
キーワードTOXIN / SUPERANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxic shock syndrome toxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Prasad, G.S. / Radhakrishnan, R. / Mitchell, D.T. / Earhart, C.A. / Dinges, M.M. / Cook, W.J. / Schlivert, P.M. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Refined structures of three crystal forms of toxic shock syndrome toxin-1 and of a tetramutant with reduced activity.
著者: Prasad, G.S. / Radhakrishnan, R. / Mitchell, D.T. / Earhart, C.A. / Dinges, M.M. / Cook, W.J. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Structure of Toxic Shock Syndrome Toxin 1
著者: Prasad, G.S. / Earhart, C.A. / Murray, D.L. / Novick, R.P. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H.
履歴
登録1996年12月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
B: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2082
ポリマ－44,2082
非ポリマー00
水48627
1
A: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1041
ポリマ－22,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1041
ポリマ－22,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.100, 75.100, 115.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99889, -0.02139, 0.04192), (0.0392, -0.8711, 0.48953), (0.02604, 0.49063, 0.87098)
ベクター: 76.295, 66.865, -25.578)

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要素

#1: タンパク質 TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 / TSST-1


分子量: 22103.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
細胞内の位置: SECRETED / 株: MN 8 / 参照: UniProt: P06886
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TSST-1 IS PRODUCED AS A PRO-PEPTIDE WITH 40 AMINO ACIDS AT ITS AMINO-TERMINUS. THE NUMBERING SCHEME ...TSST-1 IS PRODUCED AS A PRO-PEPTIDE WITH 40 AMINO ACIDS AT ITS AMINO-TERMINUS. THE NUMBERING SCHEME HERE BEGINS WITH THE FIRST RESIDUE OF THE MATURE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 50 MM TRIS-MALATE BUFFER, PH 5.8-6.6, 24% PEG 4000, 0.5-1 M LICL, pH 6.5
PH範囲: 5.8-6.6
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-maleate1reservoir
324 %PEG40001reservoir
40.5-1 M1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年7月1日
放射モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 185649 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 18.6 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 87
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 % / Rmerge(I) obs: 0.376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→5 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 1
詳細: THE OCCUPANCY FOR SER A 11 THROUGH PRO A 117 IS SET TO ZERO BECAUSE OF THE ABSENCE OF 2FO-FC DENSITY. THIS SEGMENT PARTICIPATES IN A CLOSE CONTACT WITH A TWO-FOLD RELATED MOLECULE. THE ...詳細: THE OCCUPANCY FOR SER A 11 THROUGH PRO A 117 IS SET TO ZERO BECAUSE OF THE ABSENCE OF 2FO-FC DENSITY. THIS SEGMENT PARTICIPATES IN A CLOSE CONTACT WITH A TWO-FOLD RELATED MOLECULE. THE CONFORMATION PRESENTED IS SIMILAR TO THAT SEEN IN OTHER CRYSTAL FORMS OF TSST-1.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.148 --
obs0.148 7280 92.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 0 405 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.121.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.842
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.852
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.892.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.204 689 -
obs--57.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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