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- PDB-5tsb: Crystal structure of the Zrt-/Irt-like protein from Bordetella br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tsb
タイトルCrystal structure of the Zrt-/Irt-like protein from Bordetella bronchiseptica with bound Cd2+
要素Membrane protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ZIP / transporter / zinc / cadmium / lipidic cubic phase / binuclear metal center / membrane protein
機能・相同性Zinc/iron permease / ZIP Zinc transporter / zinc ion transmembrane transporter activity / plasma membrane / : / Zinc transporter ZIPB
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, T. / Fellner, M. / Sui, D. / Liu, J. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115373 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of a ZIP zinc transporter reveal a binuclear metal center in the transport pathway.
著者: Zhang, T. / Liu, J. / Fellner, M. / Zhang, C. / Sui, D. / Hu, J.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0695
ポリマ－31,6191
非ポリマー4504
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.076, 61.596, 54.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein


分子量: 31618.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (strain ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50) (気管支敗血症菌)
株: ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50 / 遺伝子: BB2405 / プラスミド: pLW01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0A0H3LM39
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % / Mosaicity: 0.529 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: protein concentration: 15 mg/mL; buffer: 10 mM Hepes pH 7.3, 300 mM NaCl, 5% Glycerol, 0.02% DDM; crystallization condition: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Cadmium chloride hemi, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 33% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→26.494 Å / Num. obs: 7889 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 53.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.132 / Net I/av σ(I): 17.4 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 79447
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.84.20.4820.896183.3
2.8-2.915.50.4520.904191.1
2.91-3.046.90.4320.953196.5
3.04-3.290.4090.961196.8
3.2-3.410.80.3540.976196.2
3.4-3.6611.30.2680.985185.9
3.66-4.0312.90.1940.994196.8
4.03-4.6212.70.1460.994198
4.62-5.8113.50.1310.996195.5
5.81-5012.70.10.998191.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→26.494 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 395 5.03 %
Rwork0.2265 --
obs0.2286 7857 91.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.17 Å2 / Biso mean: 48.1683 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→26.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 3 6 1508
Biso mean--81.72 38.69 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2092070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.864495
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6958-2.90370.29791360.2582510264681
2.9037-3.19550.23081480.22672989313795
3.1955-3.65680.27811620.21522809297191
3.6568-4.60330.26431570.20773022317997
4.6033-26.4950.26881480.2422863301191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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