PDB-5ts3: Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] Reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ts3

タイトル

Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] Reductase with bound NAD from Brucella melitensis

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Brucella melitensis / NAD / 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biotype 2

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] Reductase with bound NAD from Brucella melitensis
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ts3.cif.gz	225.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ts3.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ts3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ts3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ts3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5ts3_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	5ts3_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5ts3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5ts3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nbrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vl8-2 3lqf-d 6xnb-1 1zk1-1 2wsb-d 6ci9-2 4rf2-1 7do5-2 6le3-d 5h5x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrmeB.00010.f

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.070, 105.620, 126.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-561- HOH
2	1	A-616- HOH
3	1	B-575- HOH
4	1	B-586- HOH
5	1	B-612- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 29110.240 Da / 分子数: 2 / 断片: BrmeB.00010.f.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 2 (strain ATCC 23457) (マルタ熱菌) 株: ATCC 23457 / 遺伝子: BMEA_B0375 / プラスミド: BrmeB.00010.f.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0RKU3
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: BrmeB.00010.f.B1.PS01889 at 17.41 mg/ml, incubated with 4mM NAD, mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(a1): 20% (w/v) PEG-8000, 0.1 M HEPES/NaOH, pH=7.5, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→35 Å / Num. obs: 79835 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 12.72 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 14.53 / Num. measured all: 393292

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.59	4.5	0.524	2.93	0.829	1	98.1
1.59-1.63		0.473	3.52	0.868	1	98.9
1.63-1.68		0.387	4.26	0.917	1	98.9
1.68-1.73		0.307	5.27	0.94	1	99.3
1.73-1.79		0.264	6.18	0.958	1	99.4
1.79-1.85		0.21	7.64	0.973	1	99.4
1.85-1.92		0.161	9.83	0.983	1	99.5
1.92-2		0.131	11.72	0.989	1	99.4
2-2.09		0.103	14.15	0.992	1	99.5
2.09-2.19		0.084	16.67	0.995	1	99.6
2.19-2.31		0.073	18.81	0.996	1	99.5
2.31-2.45		0.064	20.71	0.997	1	99.7
2.45-2.62		0.059	22.65	0.997	1	99.6
2.62-2.83		0.051	24.91	0.997	1	99.6
2.83-3.1		0.045	28.15	0.997	1	99.6
3.1-3.47		0.042	30.99	0.998	1	99.7
3.47-4		0.039	33.7	0.998	1	99.7
4-4.9		0.036	34.74	0.998	1	99.7
4.9-6.93		0.037	33.65	0.998	1	99.9
6.93-35		0.037	34.58	0.998	1	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NBR

4nbr

解像度: 1.55→34.68 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1695	1906	2.39 %
R_work	0.1461	-	-
obs	0.1466	79815	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.81 Å² / B_iso mean: 17.6239 Å² / B_iso min: 5.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→34.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3860	0	163	570	4593
B_iso mean	-	-	23.67	30.5	-
残基数	-	-	-	-	527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.814	5703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	769
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.426	2534

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5888	0.2193	139	0.1926	5444	5583	98
1.5888-1.6318	0.2382	135	0.1879	5499	5634	99
1.6318-1.6798	0.2274	127	0.18	5526	5653	99
1.6798-1.734	0.2231	128	0.1656	5481	5609	99
1.734-1.796	0.1667	125	0.1614	5520	5645	99
1.796-1.8679	0.1991	138	0.1585	5568	5706	100
1.8679-1.9529	0.1779	141	0.1502	5500	5641	99
1.9529-2.0558	0.172	149	0.1484	5549	5698	100
2.0558-2.1846	0.1531	122	0.1357	5586	5708	100
2.1846-2.3532	0.1482	134	0.1379	5555	5689	99
2.3532-2.59	0.1579	138	0.1387	5629	5767	100
2.59-2.9646	0.1515	135	0.1415	5602	5737	100
2.9646-3.7344	0.1746	163	0.1364	5651	5814	100
3.7344-34.6889	0.1487	132	0.137	5799	5931	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4109	-0.5462	0.0682	1.0318	-0.148	4.8184	0.1477	0.2674	-0.101	-0.1618	-0.1114	-0.1369	0.074	0.8292	-0.1302	0.1306	0.0259	0.0012	0.1917	0.0209	0.1831	-16.5539	-6.729	-1.6012
2	0.9746	-0.1537	0.1766	1.2559	-0.3177	1.7987	0.0048	-0.0489	-0.2379	0.0066	-0.0109	-0.1146	0.1712	0.1677	-0.0031	0.079	0.0272	-0.0112	0.1005	0.0119	0.1328	-20.5903	-17.8863	10.4073
3	5.454	1.3186	-2.7829	1.2971	-0.8495	3.1389	0.1184	-0.3324	-0.2404	0.1702	-0.1477	-0.2445	0.0972	0.3142	0.0281	0.0948	0.0307	-0.025	0.112	0.022	0.128	-23.0164	-17.8755	17.3534
4	1.4961	0.5529	0.3316	0.9148	0.1787	0.7485	0.0079	-0.0214	-0.1437	0.0319	0.0083	-0.0151	0.1083	0.0428	-0.0357	0.0925	0.0135	-0.0002	0.0651	0.0078	0.0701	-37.3122	-16.4518	15.7991
5	3.4748	1.6684	1.5358	2.2862	1.3779	2.5764	-0.0742	0.1554	0.0037	-0.0407	0.0443	0.0402	-0.0134	0.0886	-0.0144	0.0734	0.0042	0.0156	0.0582	0.0049	0.0518	-37.5577	-9.3558	5.4541
6	1.3182	1.4211	0.6433	2.8856	1.1988	1.0601	-0.019	0.0117	-0.0113	-0.0197	0.0178	0.0192	-0.0149	-0.0021	-0.0066	0.0851	0.0012	0.0069	0.0863	0.0083	0.0683	-40.6156	-5.2376	11.94
7	1.1741	-0.2891	-0.4796	0.5456	-0.5136	1.0406	0.1632	0.0497	-0.3053	-0.0755	-0.1255	-0.1049	0.2411	-0.2109	0.0107	0.0987	0.0008	-0.0346	0.0806	-0.0047	0.1213	-33.3397	-12.9132	1.7292
8	0.674	-0.3011	0.2473	1.0723	0.5967	2.1156	0.0397	0.0471	-0.1822	-0.0304	-0.0402	0.073	0.2143	0.0338	0.0033	0.1143	0.0123	0.002	0.0822	-0.0047	0.1214	-31.4264	-13.1161	-6.2683
9	0.7136	-0.1208	0.2563	1.4249	0.8451	2.1241	0.0031	-0.0131	0.0177	0.0314	-0.0878	0.0901	0.0341	-0.0785	0.0845	0.0749	-0.0022	0.0084	0.0614	0.0045	0.0736	-33.4611	-1.8168	0.6129
10	1.4876	-0.1699	-0.108	1.9583	-0.7752	1.4045	0.0065	-0.1682	0.0984	0.2222	0.1335	0.351	-0.1124	-0.2893	-0.0571	0.1141	-0.0012	0.0494	0.2145	-0.0056	0.2051	-73.4093	-4.4491	14.8427
11	0.4758	0.0457	0.3256	0.5651	0.1616	0.7794	0.0103	-0.0654	-0.0731	0.0563	0.0004	0.0895	0.088	-0.1104	-0.0047	0.0855	-0.016	0.0126	0.0853	0.0038	0.0892	-56.3571	-12.1223	14.5817
12	0.9177	0.412	0.2589	2.2767	0.4319	0.9201	0.0382	-0.0788	0.0351	0.2024	-0.029	0.0643	-0.0191	-0.0716	0.0013	0.0806	0.0045	0.0052	0.0916	-0.0041	0.076	-61.1053	2.0586	8.1216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 66 )	A	21 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 80 )	A	67 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 148 )	A	81 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 149 through 169 )	A	149 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 170 through 193 )	A	170 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 194 through 214 )	A	194 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 215 through 244 )	A	215 - 244
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 245 through 265 )	A	245 - 265
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -2 through 66 )	B	-2 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 193 )	B	67 - 193
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 194 through 265 )	B	194 - 265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)