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- PDB-5trx: Room temperature structure of an extradiol ring-cleaving dioxygen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5trx
タイトルRoom temperature structure of an extradiol ring-cleaving dioxygenase from B.fuscum determined using serial femtosecond crystallography
要素Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / double-flow focusing injector
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain ...homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium fuscum (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Kovaleva, E.G. / Oberthuer, D. / Tolstikova, A. / Mariani, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
SLAC LDRD program 米国
引用ジャーナル: Sci. Rep. / 年: 2017
タイトル: Double-flow focused liquid injector for efficient serial femtosecond crystallography
著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / ...著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / Adriano, L. / Awel, S. / Barthelmess, M. / Dorner, K. / Xavier, P.L. / Yefanov, O. / James, D.R. / Nelson, G. / Wang, D. / Calvey, G. / Chen, Y. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Frielingsdorf, S. / Lenz, O. / Snell, E. / Robinson, P.J. / Sarler, B. / Belsak, G. / Macek, M. / Wilde, F. / Aquila, A. / Boutet, S. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Scheerer, P. / Lipscomb, J.D. / Weierstall, U. / Kornberg, R.D. / Spence, J.C.H. / Pollack, L. / Chapman, H.N. / Bajt, S.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
B: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
C: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
D: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,42713
ポリマ－167,0214
非ポリマー4059
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16130 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area45820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.570, 154.860, 101.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-599-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase


分子量: 41755.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア)
プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm109 / 参照: UniProt: Q45135
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 % / 解説: needles
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.8
詳細: Precipitant added to enzyme solution at 1:1 ratio: 12-14% PEG6000, 0.1-0.14 M calcium chloride, and 0.1 M MES pH 5.8. Crystallization carried out in a tube to produce saturated slurry of micro crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→34.5 Å / Num. obs: 71326 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.5 % / CC1/2: 0.81 / Net I/σ(I): 2.43
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique obs: 6975 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystFEL0.6.2-984ba3a8データスケーリング
CrystFEL0.6.2-984ba3a8データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3OJT

3ojt


解像度: 2.38→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 21.747 / SU ML: 0.251 / SU R Cruickshank DPI: 0.3536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.238
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 3568 5 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1869 67578 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.33 Å2 / Biso mean: 43.583 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11596 0 9 439 12044
Biso mean--40.44 40.52 -
残基数----1434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.93916203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816324978
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5113.1055747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5113.1045746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2594.6497182
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.441 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 254 -
Rwork0.331 4806 -
all-5060 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80410.0029-0.07470.7437-0.07240.50590.00010.02450.2304-0.0208-0.0056-0.042-0.08980.00210.00550.0182-0.0041-0.00620.0362-0.00290.183211.815154.27156.924
20.7901-0.0523-0.08260.49830.06140.6327-0.01340.1468-0.0299-0.08710.0222-0.0050.0247-0.0152-0.00880.0186-0.0111-0.00760.0531-0.00240.119411.527523.0927-8.009
30.58520.1269-0.04670.7232-0.05860.6060.0362-0.17040.08010.2506-0.03780.1047-0.0733-0.04190.00160.0929-0.01240.02540.1257-0.02310.1576-2.605730.987539.0072
40.6525-0.00480.07530.70470.03750.7043-0.0077-0.1414-0.07490.1584-0.0107-0.15980.09770.10980.01850.04980.0056-0.03880.10530.02590.16525.384412.627530.3744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 361
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 361
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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