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- PDB-5tr9: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tr9
タイトルCrystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound FAD
要素Ferredoxin-NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / ferredoxin NADP+ reductase / FAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel ...Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae MIA_2011_03-10 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound FAD
著者: Mayclin, S.J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-NADP reductase
B: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,69243
ポリマ－60,5622
非ポリマー3,13141
水11,980665
1
A: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,90623
ポリマ－30,2811
非ポリマー1,62522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,78620
ポリマ－30,2811
非ポリマー1,50519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.010, 163.010, 163.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21A-732-

HOH

31A-745-

HOH

41A-748-

HOH

51B-699-

HOH

61B-712-

HOH

71B-713-

HOH

81B-715-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferredoxin-NADP reductase


分子量: 30280.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NegoA.00101.b.B1
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae MIA_2011_03-10 (淋菌)
遺伝子: M736_10480 / プラスミド: NegoA.00101.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3GZJ1

-
非ポリマー , 6種, 706分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MCSG1 A4 (274714a4): 200mM MgCl2, 100mM Tris-HCl pH7.0, 2500mM NaCl, protein conc. 18.5mg/mL, cryo 20% v/v ethylene glycol, puck lhk6-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月8日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.057 Å / Num. obs: 86081 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.690.5415.340.943199.8
1.69-1.740.4426.460.9581100
1.74-1.790.3617.750.973199.9
1.79-1.840.2889.580.9821100
1.84-1.910.22811.840.9881100
1.91-1.970.19313.770.9911100
1.97-2.050.16116.180.993199.8
2.05-2.130.13818.570.9951100
2.13-2.220.12320.260.995199.9
2.22-2.330.11122.410.9961100
2.33-2.460.10523.830.9961100
2.46-2.610.09725.460.9961100
2.61-2.790.09127.320.997199.8
2.79-3.010.08529.210.9971100
3.01-3.30.0831.630.9971100
3.3-3.690.07733.890.997199.9
3.69-4.260.07534.720.9971100
4.26-5.220.07435.270.9971100
5.22-7.380.07634.230.997199.8
7.380.07634.220.997199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3crz

3crz


解像度: 1.65→47.057 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 1995 2.32 %
Rwork0.1483 --
obs0.1486 86072 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.28 Å2 / Biso mean: 22.5225 Å2 / Biso min: 8.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→47.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 173 681 4746
Biso mean--21.68 35.73 -
残基数----492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.885917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2042599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.65-1.69130.19941470.17159666113
1.6913-1.7370.16771270.164359456072
1.737-1.78810.1961510.169159846135
1.7881-1.84580.19571370.16159256062
1.8458-1.91180.14681310.153860236154
1.9118-1.98840.16431500.150460146164
1.9884-2.07890.16521410.148759586099
2.0789-2.18850.18551180.155359756093
2.1885-2.32560.18321440.149960256169
2.3256-2.50510.20431470.156859686115
2.5051-2.75720.17751570.16160186175
2.7572-3.15610.16311490.157460106159
3.1561-3.9760.13971800.126860496229
3.976-47.07610.12991160.136862176333
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2552-0.4131-0.52990.95690.36820.9996-0.0993-0.0522-0.11970.06110.0105-0.0420.16990.09690.08570.085-0.00030.01380.08970.01080.1163-17.7685-41.229139.7675
21.16580.4474-0.95471.5576-1.00092.50690.00150.1760.09910.01720.02850.1384-0.0579-0.2572-0.03060.06350.0043-0.01270.1383-0.0070.1208-29.182-22.152936.6441
31.9006-0.1355-0.6352.26970.14922.3720.004-0.1270.02950.1618-0.07910.0103-0.1289-0.0140.05780.0943-0.0318-0.01970.1018-0.0080.0914-24.4502-19.360250.5468
48.89642.29372.71166.35510.98944.6379-0.09570.13510.3934-0.0325-0.01360.0895-0.33530.19530.12460.12830.0230.06010.12590.00830.0146-5.52845.431922.759
51.61040.45110.11722.51770.291.40940.1889-0.34860.02950.1638-0.2451-0.1376-0.12240.24550.02660.1089-0.0110.01410.18440.05620.0961-1.0173-0.047523.944
61.29341.197-1.18834.1691-1.75973.2110.15390.11570.0022-0.2471-0.20820.03180.00340.12460.02410.09860.04890.02450.1370.04680.1105-3.4301-1.876215.1249
70.9005-0.08370.07573.0964-1.00422.16850.0271-0.1239-0.18760.1778-0.0550.1288-0.1286-0.02040.03460.1230.00230.02490.14540.02840.1082-7.8046-0.291430.036
80.7455-0.1384-0.44572.91870.42431.13530.02180.10780.0101-0.1534-0.0234-0.16880.09360.2601-0.0140.11420.05650.02850.21260.06740.15815.1662-11.98811.4684
92.68081.4481-1.01852.0711-0.96081.48930.01450.16810.0197-0.2513-0.0490.01050.11590.25340.01030.1230.05680.0110.19420.04560.1111-3.0031-15.35378.9746
103.83631.0564-0.9673.2383-0.84365.1637-0.04510.3555-0.1898-0.3594-0.0439-0.08530.2151-0.28510.04970.15720.03020.00090.1566-0.0270.1287-7.5862-25.063810.8541
112.4358-0.6965-0.58261.4627-0.11731.1260.09640.1386-0.2032-0.0882-0.1389-0.05380.0702-0.00290.0460.12630.04540.02050.15530.05870.17229.219-22.674414.7225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 121 )A14 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 218 )A122 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 267 )A219 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 14 through 27 )B14 - 27
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 67 )B28 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 68 through 82 )B68 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 83 through 105 )B83 - 105
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 106 through 140 )B106 - 140
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 141 through 165 )B141 - 165
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 166 through 218 )B166 - 218
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 219 through 267 )B219 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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