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万見
- PDB-5tqj: Crystal structure of response regulator receiver protein from Bur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tqj
タイトルCrystal structure of response regulator receiver protein from Burkholderia phymatum
要素Response regulator receiver protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Burkholderia phymatum / regulator / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator receiver protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of response regulator receiver protein from Burkholderia phymatum
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator receiver protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7715
ポリマ－14,6031
非ポリマー1684
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.600, 82.600, 31.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Response regulator receiver protein


分子量: 14602.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2JEF9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BuphA.00051.a.B1.PS38011 at 14 mg/mL against MCSG1 screen condition C9, 0.8M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 32% PEG 4000 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo protectant, crystal tracking ...詳細: BuphA.00051.a.B1.PS38011 at 14 mg/mL against MCSG1 screen condition C9, 0.8M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 32% PEG 4000 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo protectant, crystal tracking ID 284229c9, unique puck LBQ7-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 26700 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 9.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 25.89
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.3-1.330.4166.30.955191.7
1.33-1.370.357.50.968195.5
1.37-1.410.3058.530.976193.1
1.41-1.450.25510.080.983194.1
1.45-1.50.20512.530.989195.3
1.5-1.550.1615.520.991195
1.55-1.610.1417.550.994195.7
1.61-1.680.11920.240.996194.7
1.68-1.750.09724.240.997196.6
1.75-1.840.08227.470.998197.1
1.84-1.940.06932.610.998196.9
1.94-2.060.05937.390.998196.7
2.06-2.20.05141.910.999197.1
2.2-2.370.04745.350.999197.6
2.37-2.60.04448.120.999198.1
2.6-2.910.04350.720.999197.2
2.91-3.360.04154.090.999199.1
3.36-4.110.0455.790.997198.5
4.11-5.810.03955.390.999198.9
5.81-500.0450.870.999196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.11rc3_2553精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NHZ

3nhz


解像度: 1.3→36.94 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1715 2012 7.55 %
Rwork0.1384 --
obs0.1409 26662 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.95 Å2 / Biso mean: 14.208 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→36.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数919 0 7 168 1094
Biso mean--32.05 26.3 -
残基数----124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8451373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.926378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.33260.19861240.15771675179992
1.3326-1.36860.23141210.15111721184296
1.3686-1.40890.20981330.14821690182393
1.4089-1.45430.20121610.14061703186494
1.4543-1.50630.15711610.13341666182795
1.5063-1.56660.18241450.13051705185095
1.5666-1.63790.17181400.12881757189796
1.6379-1.72430.18411310.13211749188096
1.7243-1.83230.16161300.1261783191396
1.8323-1.97380.13451160.12751812192896
1.9738-2.17240.1461670.1251758192597
2.1724-2.48670.15471610.13781810197198
2.4867-3.13270.18761550.1471851200699
3.1327-36.95470.1741670.14531970213799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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