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- PDB-5tpr: Desmethyl-4-deoxygadusol synthase from Anabaena variabilis (Ava_3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpr
タイトルDesmethyl-4-deoxygadusol synthase from Anabaena variabilis (Ava_3858) with NAD+ and Zn2+ bound
要素3-dehydroquinate synthase
キーワードLYASE / sugar phosphate cyclase / sedoheptulose 7-phosphate cyclase / natural products / Rossmann fold / secondary metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


demethyl-4-deoxygadusol synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / antibiotic biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-epi-5-epi-valiolone synthase-like / : / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...2-epi-5-epi-valiolone synthase-like / : / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Demethyl-4-deoxygadusol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena variabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kean, K.M. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Evolution and Distribution of C7-Cyclitol Synthases in Prokaryotes and Eukaryotes.
著者: Osborn, A.R. / Kean, K.M. / Alseud, K.M. / Almabruk, K.H. / Asamizu, S. / Lee, J.A. / Karplus, P.A. / Mahmud, T.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,69916
ポリマ－100,2692
非ポリマー2,43014
水23,3111294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12160 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.500, 120.261, 133.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-dehydroquinate synthase


分子量: 50134.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena variabilis (strain ATCC 29413 / PCC 7937) (バクテリア)
株: ATCC 29413 / PCC 7937 / 遺伝子: Ava_3858 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3M6C3, 3-dehydroquinate synthase

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非ポリマー , 6種, 1308分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→66.63 Å / Num. obs: 118029 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.5 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2386: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P53

4p53


解像度: 1.7→66.63 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 5828 4.94 %
Rwork0.1561 --
obs0.1574 117877 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→66.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6363 0 146 1294 7803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.959303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3094153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.71940.38021600.3573623X-RAY DIFFRACTION98
1.7194-1.73960.34121830.33263729X-RAY DIFFRACTION100
1.7396-1.76080.30322090.31733654X-RAY DIFFRACTION100
1.7608-1.78310.28952050.30063652X-RAY DIFFRACTION100
1.7831-1.80660.29732000.27453745X-RAY DIFFRACTION100
1.8066-1.83130.2611950.25733662X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.85750.27651990.24433692X-RAY DIFFRACTION100
1.8575-1.88520.27281710.23223734X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.91470.26341780.21083688X-RAY DIFFRACTION100
1.9147-1.9460.21322020.20273714X-RAY DIFFRACTION100
1.946-1.97960.23051970.19633702X-RAY DIFFRACTION100
1.9796-2.01560.23232060.18593740X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.05440.19232000.18793667X-RAY DIFFRACTION100
2.0544-2.09630.22992090.17783699X-RAY DIFFRACTION100
2.0963-2.14190.19222320.17273686X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.19170.18261670.14973728X-RAY DIFFRACTION100
2.1917-2.24650.17931780.14553734X-RAY DIFFRACTION100
2.2465-2.30730.17891850.14193756X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.37520.16821880.13473742X-RAY DIFFRACTION100
2.3752-2.45180.18491740.12863747X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.53950.15972120.12683675X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.64120.14421720.12483782X-RAY DIFFRACTION100
2.6412-2.76140.16081870.12353761X-RAY DIFFRACTION100
2.7614-2.9070.17831960.12643743X-RAY DIFFRACTION100
2.907-3.08910.14961910.12663780X-RAY DIFFRACTION100
3.0891-3.32760.14672020.12073777X-RAY DIFFRACTION100
3.3276-3.66240.14192160.11963761X-RAY DIFFRACTION100
3.6624-4.19230.13481970.10983813X-RAY DIFFRACTION100
4.1923-5.28160.13052060.11093847X-RAY DIFFRACTION100
5.2816-66.68110.20912110.19034016X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17640.0157-0.08460.14390.11290.52250.01330.02050.02230.00790.0073-0.00110.00110.03830.00050.09610.00280.00260.0883-0.00640.115516.846340.988817.9637
20.32740.0124-0.17760.1436-0.08280.480.0054-0.01310.02210.01850.01250.00530.0066-0.02160.0010.11450.00180.00770.0835-0.01680.11542.63141.12252.9824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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