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- PDB-5tok: Crystal structure of the RSV F glycoprotein in complex with the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tok
タイトルCrystal structure of the RSV F glycoprotein in complex with the neutralizing single-domain antibody F-VHH-L66
要素
  • Fusion glycoprotein F0, Fibritin chimera
  • Single-domain antibody F-VHH-L66
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fusion / nanobody / immunoglobulin fold / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / Kabeche, S.C. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, ベルギー, スペイン, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008704 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
IWT-VlaanderenPh.D. Student Fellowship ベルギー
FWO-VlaanderenPostdoctoral Fellowship ベルギー
Ghent UniversityBOF12/GOA/014 ベルギー
Interuniversity Attraction Poles ProgramIAP7, BELVIR ベルギー
VIB and MinecoSAF2015-67033-R スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Potent single-domain antibodies that arrest respiratory syncytial virus fusion protein in its prefusion state.
著者: Rossey, I. / Gilman, M.S. / Kabeche, S.C. / Sedeyn, K. / Wrapp, D. / Kanekiyo, M. / Chen, M. / Mas, V. / Spitaels, J. / Melero, J.A. / Graham, B.S. / Schepens, B. / McLellan, J.S. / Saelens, X.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Experimental preparation
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0, Fibritin chimera
B: Fusion glycoprotein F0, Fibritin chimera
C: Fusion glycoprotein F0, Fibritin chimera
D: Single-domain antibody F-VHH-L66
E: Single-domain antibody F-VHH-L66
F: Single-domain antibody F-VHH-L66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,96410
ポリマ－226,2066
非ポリマー7594
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area71630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.890, 138.890, 221.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
12chain D
22chain E
32chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA27 - 800
211chain BB27 - 800
311chain CC27 - 800
112chain DD1 - 111
212chain EE2 - 115
312chain FF1 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0, Fibritin chimera / Protein F


分子量: 61045.008 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: 抗体 Single-domain antibody F-VHH-L66


分子量: 14356.897 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 4.79 mg/mL EndoH-digested DS-Cav1 + F-VHH-L66, 0.05 M potassium phosphate, 20% w/v PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50.38 Å / Num. obs: 25035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 95.53 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.332 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 133629 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.8-4.065.51.2462458144570.5490.5811.3781.5100
10.75-50.384.80.054572412050.9970.0270.0618.698.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLM7.2.0データ削減
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Prefusion F (PDB entry 4MMS) and unbound F-VHH-4 structure

4mms


解像度: 3.8→50.376 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 1205 4.82 %
Rwork0.2475 23776 -
obs0.2494 24981 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 324.3 Å2 / Biso mean: 124.023 Å2 / Biso min: 39.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→50.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13952 0 47 0 13999
Biso mean--121.16 --
残基数----1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12719294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5095190
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6698X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
12B6698X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
13C6698X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
21D1677X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
22E1677X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
23F1677X-RAY DIFFRACTION6.846TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8-3.95210.42531270.333225992726100
3.9521-4.13190.34481430.295225832726100
4.1319-4.34960.28151460.272326092755100
4.3496-4.6220.24721090.253226242733100
4.622-4.97860.31291330.249926082741100
4.9786-5.4790.29491250.250126622787100
5.479-6.27060.33681240.257326422766100
6.2706-7.89540.29041400.245726822822100
7.8954-50.38020.2141580.19032767292599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11590.6058-0.73541.5520.20851.2656-0.00381.15090.3846-0.35480.16270.1377-0.1003-1.2012-0.2780.6640.2241-0.00891.96420.29290.7589-11.131635.7315-27.5052
23.00640.51662.38380.92171.52328.99950.017-0.02780.5998-0.0862-0.13210.1666-0.627-0.41170.05980.95710.02290.20610.53640.07590.7577-6.39937.759434.1308
33.0849-0.915-0.4632.5020.05891.8170.27121.13880.6323-0.29290.02970.4548-0.7612-1.0466-0.05210.97210.43940.19821.59740.57671.0608-9.908157.083-26.1217
40.50790.434-1.1634-0.09060.29646.20150.3980.00120.1538-0.1013-0.03970.185-0.37360.3304-0.43920.97630.07550.17640.73140.02110.88184.187741.092532.1924
51.7610.379-0.51913.04130.49861.71290.11741.17490.4839-0.48540.23760.3419-0.3447-1.3123-0.30560.79770.3390.0942.38110.63651.1831-28.498646.7598-23.383
63.8408-2.673.45541.3755-3.62835.86630.53330.31930.5261-0.1063-0.34640.0559-0.1909-0.0104-0.17131.2970.06220.32680.8343-0.051.2014-6.186349.631831.3372
73.8691.6662-0.62526.0091-0.33483.55030.33640.60461.4219-0.2178-0.4980.4376-0.19190.41230.16091.42290.41870.17781.24450.36791.7487-5.351689.6448-21.9817
86.9546-2.9801-1.6586.22212.5396.35-0.38230.0759-0.3093-0.05360.28760.00030.5155-0.91750.09090.6638-0.16780.11540.80910.04380.548615.001616.7598-33.0061
93.66560.33571.26041.6175-0.31540.9263-0.39780.4191-0.68870.01320.30760.7766-0.6981-0.61560.04780.61730.02330.06743.48230.24981.5051-57.137533.2225-15.4404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 27:472)A27 - 472
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 473:547)A473 - 547
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 27:472)B27 - 472
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 473:549)B473 - 549
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 27:466)C27 - 466
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 467:545)C467 - 545
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 1:114)D1 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resid 1:111)E1 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F and resid 1:113)F1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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