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- PDB-5tnu: S. tokodaii XPB II crystal structure at 3.0 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tnu
タイトルS. tokodaii XPB II crystal structure at 3.0 Angstrom resolution
要素DNA-dependent ATPase XPBII
キーワードTRANSCRIPTION / Helicase / NER
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA 3'-5' helicase / helicase activity / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' translocase XPB2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者DuPrez, K.T. / Hilario, E. / Wang, I. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108893 米国
引用ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2018
タイトル: Application of Electrochemical Devices to Characterize the Dynamic Actions of Helicases on DNA.
著者: Kahanda, D. / DuPrez, K.T. / Hilario, E. / McWilliams, M.A. / Wohlgamuth, C.H. / Fan, L. / Slinker, J.D.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: DNA-dependent ATPase XPBII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82028
ポリマ－105,7742
非ポリマー2,04626
水2,324129
1
A: DNA-dependent ATPase XPBII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,29019
ポリマ－52,8871
非ポリマー1,40218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-dependent ATPase XPBII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5319
ポリマ－52,8871
非ポリマー6438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.922, 160.922, 122.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 422 / Label seq-ID: 19 - 442

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 DNA-dependent ATPase XPBII


分子量: 52887.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: xpb2, ST1613, STK_16130 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 pLysS Rosetta / 参照: UniProt: Q970I2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1:1 ratio of protein with 10 mM sodium citrate pH 5.6, 1770 mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→29.88 Å / Num. obs: 31341 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.374 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.382 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 740378 / Scaling rejects: 440
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.05-3.2123.42.90410524445040.6290.6092.9672100
9.64-29.8822.90.0652470310800.9990.0140.06633.896.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.33 Å29.88 Å
Translation8.33 Å29.88 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 31287
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
12.34-10051.80.313504
9.84-12.3446.50.658507
8.45-9.8441.20.708564
7.53-8.4540.80.697645
6.85-7.5339.70.71709
6.33-6.85380.686755
5.91-6.3332.80.721829
5.57-5.91310.737859
5.27-5.5726.50.772910
5.03-5.2723.90.811964
4.81-5.0320.30.852983
4.62-4.8119.40.8641040
4.45-4.6217.70.8551070
4.29-4.4517.90.8761119
4.16-4.2916.60.8871162
4.03-4.1618.90.8521176
3.92-4.0319.90.8321219
3.81-3.9219.90.8381255
3.71-3.8117.70.8571283
3.62-3.7121.10.8451312
3.54-3.6218.40.8511337
3.46-3.5419.30.8471378
3.39-3.4621.40.8261405
3.32-3.3922.20.8141434
3.25-3.3222.40.8051456
3.19-3.2523.10.7821484
3.13-3.1922.60.7791523
3.05-3.1331.30.6682405

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLM7.2.0データ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
直接法6.5.013位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FWR

2fwr


解像度: 3.05→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.1998 / WRfactor Rwork: 0.1745 / FOM work R set: 0.7979 / SU B: 17.044 / SU ML: 0.292 / SU R Cruickshank DPI: 0.8848 / SU Rfree: 0.3317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.885 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1562 5 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.1976 29713 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 328.86 Å2 / Biso mean: 90.199 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----4.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 109 129 6636
Biso mean--97.32 61.5 -
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9928947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.817314031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3555850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61723.699246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.25151081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3181534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.027307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021323
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20024 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.19 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.128 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 111 -
Rwork0.346 2130 -
all-2241 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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