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- PDB-5tn9: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S,L5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tn9
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S,L536S) in Complex with the OBHS-BSC, 4-bromophenyl (1R,2R,4S)-5-(4-hydroxyphenyl)-6-(4-(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)phenyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonate
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / transcription factor / ligand binding / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / prostate epithelial cord elongation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / prostate epithelial cord elongation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / vagina development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / 14-3-3 protein binding / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / TBP-class protein binding / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / regulation of inflammatory response / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7EC / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Sharma, N. / Carlson, K.E. / Srinivasan, S. / Sharma, A. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Exploring the Structural Compliancy versus Specificity of the Estrogen Receptor Using Isomeric Three-Dimensional Ligands.
著者: Sharma, N. / Carlson, K.E. / Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Sharma, A. / Nettles, K.W. / Katzenellenbogen, J.A.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8008
ポリマ－117,2944
非ポリマー2,5064
水5,657314
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9004
ポリマ－58,6472
非ポリマー1,2532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9004
ポリマ－58,6472
非ポリマー1,2532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.430, 58.560, 93.770
Angle α, β, γ (deg.)80.27, 75.04, 62.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29323.469 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand-binding domain / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-7EC / 4-bromophenyl (1S,2R,4S)-5-(4-hydroxyphenyl)-6-{4-[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonate


分子量: 626.558 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H32BrNO6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 % / Mosaicity: 0.419 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月14日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube i-beam single crystal asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.253→50 Å / Num. obs: 42008 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/av σ(I): 15.086 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.26-2.33.70.352193.1
2.3-2.343.70.317193.4
2.34-2.393.70.303193
2.39-2.433.70.251191.9
2.43-2.493.80.237192.3
2.49-2.553.70.216192.4
2.55-2.613.80.191191.5
2.61-2.683.80.169190.2
2.68-2.763.80.16187.3
2.76-2.853.80.129178
2.85-2.953.80.111194.4
2.95-3.073.80.097195.5
3.07-3.213.80.085194.3
3.21-3.383.80.075193.7
3.38-3.593.90.065192.7
3.59-3.863.80.061189
3.86-4.253.70.053182.3
4.25-4.873.90.049196
4.87-6.133.90.052193.6
6.13-503.90.038189.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.253→46.292 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 23.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1867 4.76 %
Rwork0.2068 --
obs0.2083 39190 85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.253→46.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6762 0 135 314 7211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5649588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6432586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2529-2.31380.2522940.24131759X-RAY DIFFRACTION52
2.3138-2.38180.28371260.24452673X-RAY DIFFRACTION80
2.3818-2.45870.30711450.23592901X-RAY DIFFRACTION86
2.4587-2.54660.28131610.23072974X-RAY DIFFRACTION87
2.5466-2.64850.26061510.22452907X-RAY DIFFRACTION86
2.6485-2.76910.241450.22642800X-RAY DIFFRACTION84
2.7691-2.9150.23021370.21732824X-RAY DIFFRACTION83
2.915-3.09760.2891540.21143154X-RAY DIFFRACTION94
3.0976-3.33680.24041460.21173156X-RAY DIFFRACTION93
3.3368-3.67240.19551610.19613081X-RAY DIFFRACTION91
3.6724-4.20350.18861420.17412828X-RAY DIFFRACTION84
4.2035-5.29480.24421640.18263233X-RAY DIFFRACTION95
5.2948-46.30190.22361410.21313033X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09640.5082-0.17432.99240.55842.0793-0.0757-0.02960.21440.0112-0.00540.11-0.0936-0.10410.12460.16970.0856-0.01170.15140.02210.14598.341922.478742.2951
25.1260.0901-0.14322.93140.15814.1279-0.1620.09780.1577-0.22240.0173-0.21390.08510.14990.07070.11620.0591-0.00060.06130.00860.215412.154713.597235.5723
31.93630.4207-0.74373.6496-0.01482.55440.1033-0.1332-0.00170.3993-0.04640.00350.1708-0.27720.00480.09770.08750.00540.04280.02190.18316.06828.718340.3053
43.2038-0.5861.67092.4423-0.43585.8799-0.10340.3258-0.0869-0.4627-0.0167-0.52150.23520.4358-0.00230.40660.06190.07130.2013-0.0690.224621.7394-14.42533.3752
53.0982-1.37620.52283.6721-0.43811.8958-0.1218-0.03260.17280.10660.0425-0.3250.17570.080.07030.17870.020.0480.1017-0.0010.132918.4377-5.874740.1082
61.3436-0.4847-0.91311.7815-0.52721.7805-0.3164-0.33530.74030.1572-0.7065-0.5041-0.12650.43710.09630.08720.09350.10390.91880.0610.977635.62580.188441.2785
71.7587-0.33960.04564.17170.60052.4597-0.0312-0.044-0.15170.1180.0334-0.00790.1423-0.07340.0030.125-0.0666-0.00280.14520.02490.19039.74095.24586.056
84.2142-1.27393.97160.6716-1.30093.75830.8116-0.3662-0.0513-0.8253-0.08260.16240.6310.2642-0.79961.0638-0.2350.04460.6331-0.12610.60416.015824.922872.0354
91.5999-0.30080.50544.34691.19992.60620.07240.24510.201-0.3265-0.03370.1565-0.1285-0.2158-0.02560.1503-0.0669-0.01270.17960.05750.21666.947516.894685.6854
103.50060.1247-0.16763.5561-0.74131.4037-0.1880.21630.0228-0.17770.171-0.3301-0.30060.3758-0.00330.2161-0.129-0.01580.1407-0.01030.125524.739335.224584.4287
111.49050.618-1.32272.11950.78762.0412-0.03980.0052-0.1378-0.16350.04040.2907-0.1483-0.01730.01510.176-0.0595-0.02250.1707-0.01380.120616.423329.1788.1978
122.98951.15550.76183.3706-0.75053.6399-0.1244-0.1363-0.20110.08860.0192-0.0663-0.3060.1864-0.02170.0834-0.0418-0.00950.0852-0.01090.128917.26527.617391.0447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 306:411)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 412:461)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 468:546)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 305:342)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 343:522)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 523:546)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 307:458)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 459:467)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 468:546)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 305:425)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 426:469)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 470:546)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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