PDB-5tmf: Re-refinement of thermus thermophilus RNA polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tmf

タイトル

Re-refinement of thermus thermophilus RNA polymerase

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor SigA

キーワード

TRANSFERASE / Symmetry Downshifting / Validation of Space Group

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : ...
類似検索 - 分子機能

Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega ...Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: The RNA polymerase "switch region" is a target for inhibitors.
著者: Mukhopadhyay, J. / Das, K. / Ismail, S. / Koppstein, D. / Jang, M. / Hudson, B. / Sarafianos, S. / Tuske, S. / Patel, J. / Jansen, R. / Irschik, H. / Arnold, E. / Ebright, R.H.

履歴

登録	2016年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 0

THIS ENTRY 5TMF REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R3DXJSF ORIGINAL DATA ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tmf.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tmf.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/5tmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/5tmf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tmcC 3dxj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tjg-d 3dxj-2 4g7z-1 4g7h-1 6kqn-d 5e18-d 5d4c-2 5tmc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (32) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (9)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor SigA

ヘテロ分子

427 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	235.090, 235.090, 250.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 11521.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: Q72ID6, UniProt: Q8RQE7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor SigA 分子量: 48598.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72L95, UniProt: Q5SKW1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-NE6 / methyl [(1E,5R)-5-{(3S)-3-[(2E,4E)-2,5-dimethylocta-2,4-dienoyl]-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyran-6-yl}hexylidene]carbamate 分子量: 417.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₁NO₆
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.78 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3DXJ.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: MES, MAGNESIUM FORMATE, PEG 8000,SPERMINE, PH 5.85

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.956
1	1	-H-K, K, -L	2	0.044

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 3→46.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. L-test and other twinning statistical tests have shown that the 3DXJ data were partially twinned, but not perfectly twinned. Given the ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23389	1206	0.8 %	RANDOM
R_work	0.20282	-	-	-
obs	0.20306	149560	95.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 129.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.65 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→46.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27985	0	44	49	28078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	28533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.99	38574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.571	5	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.861	23.438	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.462	15	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.038	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	21545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.316	6	17619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.823	8	28492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.97	8	10914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.881	12	10082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.995→3.073 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	81	-
R_work	0.416	8213	-
obs	-	-	72.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1897	0.0925	0.2509	4.6451	-0.2558	3.5511	0.1247	0.5095	-0.5167	-0.0756	-0.053	-0.139	0.6601	0.276	-0.0716	0.493	0.0423	0.0056	0.1847	-0.1521	0.1465	-6.941	134.703	-31.042
2	3.6606	-2.2355	0.4481	4.0879	-0.3181	3.8482	0.0369	0.3606	-0.1235	-0.6683	-0.1155	0.1075	-0.2457	0.0874	0.0785	0.5301	-0.191	-0.0656	0.1594	-0.0177	0.0373	-30.108	158.43	-43.166
3	3.5834	1.0557	0.3203	3.4924	0.7029	3.2689	-0.1232	0.5268	0.1819	-0.289	0.1862	-0.3053	0.1967	0.9102	-0.0631	0.1702	0.0631	0.0548	0.4023	-0.0665	0.1517	4.345	144.797	-26.297
4	7.9628	-1.1718	2.9547	3.8879	-2.9477	12.1718	0.3	0.1386	-0.9731	-0.4924	-0.3602	-0.4167	2.3908	2.3448	0.0601	1.181	1.1259	-0.0383	1.1442	-0.2315	0.8783	24.17	122.727	-7.263
5	1.2242	-0.3425	0.0802	1.1347	-0.2247	1.892	-0.0491	0.1287	-0.0894	-0.0782	0.057	0.0728	0.3789	-0.0844	-0.0079	0.3798	-0.0939	-0.0007	0.0417	-0.0259	0.1929	-23.55	146.096	-11.879
6	1.5636	1.0697	-0.2924	3.7213	-1.2126	2.4607	-0.0445	-0.241	0.0536	0.135	0.0851	0.1522	-0.1642	-0.444	-0.0407	0.0853	-0.006	0.0176	0.2126	0.033	0.1982	-48.659	161.599	8.104
7	1.3165	0.462	-0.5663	3.1221	-0.0189	2.5896	0.0672	0.2787	0.3896	0.22	0.1548	0.7171	-1.138	-1.0603	-0.2221	0.6472	0.5447	0.0353	0.5103	0.1192	0.4486	-60.225	190.752	-4.825
8	5.3893	-5.151	-0.3002	15.5302	-0.207	4.603	-0.2609	0.0146	0.0796	2.8072	-0.6645	2.1933	-1.8433	-0.811	0.9254	1.6934	0.1937	0.3464	0.3698	-0.3363	0.8216	-59.711	188.622	28.903
9	2.377	-1.0328	1.7798	1.2584	-0.8181	5.6979	0.097	0.0544	-0.2117	-0.1456	-0.0011	0.2535	-0.0658	-0.8206	-0.0958	0.2087	-0.0824	-0.0909	0.2397	-0.0011	0.2094	-45.712	160.754	-18.97
10	5.7128	2.9119	-0.4184	4.8136	-1.9031	2.634	-0.2166	0.2566	0.5858	-0.7166	0.0808	0.2376	-0.2031	-0.2006	0.1358	0.6703	-0.0803	-0.1918	0.0952	0.085	0.2194	-26.792	194.011	-32.94
11	0.9479	0.2115	-0.1	2.347	0.6844	1.4024	-0.2199	0.1384	0.1933	-0.331	-0.0657	-0.0644	-0.4867	0.4047	0.2856	0.6118	-0.2593	-0.3008	0.2118	0.1905	0.3504	-5.976	198.223	-5.19
12	0.8554	-0.064	-0.0432	1.4927	-0.7407	1.9122	-0.1489	-0.1585	0.2127	0.3326	0.0082	-0.0206	-0.4062	0.2467	0.1406	0.4217	-0.0836	-0.2092	0.1015	-0.0172	0.2224	-3.086	181.41	28.108
13	1.5831	-0.9335	-0.1926	1.92	0.1878	2.4104	0.0862	0.0528	0.1068	0.1283	0.0689	-0.0885	0.1002	-0.1474	-0.1551	0.6024	-0.1955	-0.1848	0.1163	0.15	0.3012	-22.429	217.615	-2.251
14	7.4419	-2.2818	1.3017	3.5967	-0.2998	2.6347	-0.0858	-1.0332	0.2586	0.9675	0.3137	-0.5552	-0.0142	-0.4594	-0.2278	1.0965	-0.158	-0.2846	0.2212	0.0274	0.1387	-20.277	223.83	30.229
15	7.7138	-5.111	2.8851	7.053	-2.7602	2.3552	-0.3989	-0.5881	0.179	1.3568	0.3518	0.9302	-0.0113	-0.9266	0.0471	0.8486	0.0572	0.5696	0.7733	-0.0055	0.465	-57.066	257.015	26.652
16	1.4945	-1.7712	2.0769	2.1153	-2.5001	2.9823	-0.1227	-0.2997	0.0229	0.2085	0.3868	0.0882	-0.3385	-0.4751	-0.2641	0.8307	0.2642	0.4858	0.9841	-0.0899	0.993	-77.94	289.348	33.332
17	12.0491	0.648	2.822	14.0597	6.9112	17.2009	-0.4359	-0.0727	-0.1624	1.0305	0.2652	-0.4047	-0.3445	0.6183	0.1706	0.7235	0.0354	0.0838	0.1333	-0.0788	0.1439	-34.445	256.834	29.389
18	1.6035	0.1147	1.1388	2.7773	0.3819	2.7252	-0.3013	0.277	0.0904	-0.4044	0.1098	-0.1994	-0.3459	0.3658	0.1914	0.3442	-0.1497	-0.0776	0.118	0.0902	0.1734	-4.204	177.203	-13.249
19	2.8192	-0.0672	-0.1155	4.6764	0.4386	1.7123	0.0491	0.0318	-0.4556	0.2717	0.079	-0.2262	0.5517	0.5915	-0.1281	0.4671	0.2039	-0.1103	0.2313	0.0031	0.2486	4.501	140.964	2.887
20	2.9281	-0.6427	-1.7426	0.7551	0.5552	3.4829	-0.1242	-0.2171	-0.1095	0.0204	0.0572	-0.0338	0.3472	-0.0894	0.0669	0.3077	-0.0801	-0.0118	0.0729	0.0642	0.1491	-28.318	148.878	18.395
21	6.7915	1.8786	-2.4246	2.3786	-0.1412	2.1831	-0.2007	0.4936	0.314	-0.1953	0.1356	-0.6554	-0.4198	0.8152	0.065	0.2818	-0.4164	-0.1354	0.8857	0.3503	0.4791	21.457	186.231	-9.815
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23	12.4564	3.0878	3.2809	4.7982	2.5065	4.3602	0.4085	-0.1362	-0.4417	-0.0211	-0.1865	0.5003	0.7219	-0.6865	-0.222	0.5191	-0.246	-0.2927	0.2965	0.2531	0.3932	-48.904	213.332	-18.814
24	9.1077	-3.9459	-5.3818	2.9952	-2.2486	20.0518	0.0669	-0.0672	-0.5359	0.175	-0.0959	0.2009	-0.2048	0.2437	0.029	0.9166	-0.3225	-0.3549	0.1266	0.1507	0.5709	-25.565	198.697	-7.822
25	2.8647	1.3514	0.8601	6.6566	-3.3734	12.3275	0.4495	0.5228	0.4569	-0.5347	0.226	0.1023	-1.0383	-0.2607	-0.6754	0.8642	0.0448	0.3611	0.3869	0.277	0.3379	-1.914	213.203	-40.432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	172 - 231
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	172 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	50 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 8
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	669 - 704
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	829 - 1004
10	X-RAY DIFFRACTION	6	C	9 - 16
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	390 - 540
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	17 - 142
13	X-RAY DIFFRACTION	7	C	324 - 389
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	143 - 323
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	541 - 668
16	X-RAY DIFFRACTION	10	C	705 - 828
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1005 - 1119
18	X-RAY DIFFRACTION	12	D	2 - 11
19	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1089 - 1481
20	X-RAY DIFFRACTION	13	D	12 - 100
21	X-RAY DIFFRACTION	13	D	514 - 617
22	X-RAY DIFFRACTION	14	D	111 - 164
23	X-RAY DIFFRACTION	14	D	449 - 513
24	X-RAY DIFFRACTION	15	D	165 - 216
25	X-RAY DIFFRACTION	15	D	340 - 396
26	X-RAY DIFFRACTION	16	D	217 - 339
27	X-RAY DIFFRACTION	17	D	397 - 448
28	X-RAY DIFFRACTION	18	D	618 - 776
29	X-RAY DIFFRACTION	19	D	777 - 946
30	X-RAY DIFFRACTION	20	D	947 - 1088
31	X-RAY DIFFRACTION	21	E	2 - 96
32	X-RAY DIFFRACTION	21	D	1482 - 1505
33	X-RAY DIFFRACTION	22	F	73 - 256
34	X-RAY DIFFRACTION	23	F	257 - 313
35	X-RAY DIFFRACTION	24	F	314 - 339
36	X-RAY DIFFRACTION	25	F	340 - 423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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