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万見
- PDB-5tm0: Solution NMR structures of two alternative conformations of E. co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tm0
タイトルSolution NMR structures of two alternative conformations of E. coli tryptophan repressor in dynamic equilibrium
要素Trp operon repressor
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Harish, B. / Swapna, G.V.T. / Kornhaber, G.J. / Montelione, G.T. / Carey, J. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Multiple helical conformations of the helix-turn-helix region revealed by NOE-restrained MD simulations of tryptophan aporepressor, TrpR.
著者: Harish, B. / Swapna, G.V. / Kornhaber, G.J. / Montelione, G.T. / Carey, J.
履歴
登録2016年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trp operon repressor
B: Trp operon repressor
C: Trp operon repressor
D: Trp operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4814
ポリマ－49,4814
非ポリマー00
水00
1
A: Trp operon repressor
B: Trp operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7402
ポリマ－24,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
C: Trp operon repressor
D: Trp operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7402
ポリマ－24,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 15all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest violations
詳細The protein is a dimer and the coordinates provided are for two sets of dimers, each representing an alternative protein conformation. Each model has 4 chains A,B,C and D. Chains A and B form one dimer in WT conformation, chains C and D form a second dimer in the distorted conformation

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要素

#1: タンパク質
Trp operon repressor


分子量: 12370.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: trpR, Z5995, ECs5351 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A882

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D HN(CO)CA
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D HN(CA)CB

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tryptohan aporepressor, 10 mM Tris-HCl buffer pH 5.7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
詳細: 10 mM Tris-HCl buffer pH 5.7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT and 0.02 % NaN3
Label: apoTrpR / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTryptohan aporepressor[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTris-HCl buffer pH 5.7natural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: [U-100% 13C; U-100% 15N] / pH: 5.7 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: Equipped with a 5mm cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign2.1.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
TopSpin2.3Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3Goddardpeak picking
GROMACS4.6.5Berendsen H, van der Spoel D, van Drunen R.structure calculation
GROMACS4.6.5Berendsen H, van der Spoel D, van Drunen R.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
詳細: The coordinates provided are for two sets of models, each representing an alternative protein conformation that differ particularly in the segment of the protein sequence corresponding to helix E.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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