PDB-5tls: 2.4 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tls

タイトル

2.4 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with DZ2002 and NAD

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.4 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with DZ2002 and NAD
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tls.cif.gz	807.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tls.ent.gz	669.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tls_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tls_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5tls_validation.xml.gz	79.3 KB	表示
CIF形式データ	5tls_validation.cif.gz	112.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/5tls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/5tls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hm8S 5jpi 5jxw 5t8k S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vti-d 6g60-d 6g5z-d 6ssa-d 2wp5-d 2ols-2 2wp6-d 2wpf-d 4iom-1 4jim-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95479

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.520, 133.027, 174.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 56200.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase

分子量: 56200.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 1064分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZD2 / (2S)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-hydroxybutanoic acid 分子量: 237.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₁N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 9.3 mg/ml, 0.1M Tris HCl (pH 8.3), 1mM ZD2002, 1mM NAD; Screen: JCSG+ (A11), 0.2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris-HCL (pH 8.5), 50% (v/v) MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 109137 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC_1/2: 0.892 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HM8

5hm8

解像度: 2.4→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 11.727 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1871	5445	5 %	RANDOM
R_work	0.14993	-	-	-
obs	0.15178	102888	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.872 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15619	0	342	1036	16997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.997	22173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	36515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.569	5	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.355	25.194	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.587	15	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.892	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	18133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.534	3.37	7997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.534	3.37	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.623	5.049	10019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.623	5.049	10020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.705	3.648	8391
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.646	3.62	8323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.759	5.329	12053
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.523	40.369	19024
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.433	39.96	18782
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	389	-
R_work	0.233	7515	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7252	-0.2621	0.3138	0.9144	0.1308	0.9923	0.0038	-0.0492	0.0751	0.138	0.0057	-0.1331	-0.1066	0.0749	-0.0095	0.1351	-0.0377	0.0018	0.0197	-0.0307	0.1629	-2.3287	9.6513	53.1406
2	0.23	0.1217	0.2096	0.5386	0.3109	0.7853	0.0136	0.0339	-0.0098	0.0665	0.0361	-0.1435	0.0052	0.1363	-0.0497	0.0188	-0.0051	0.0002	0.0257	-0.0109	0.1324	0.3907	-6.5074	41.5037
3	1.3199	0.6407	1.2003	0.9017	0.2875	1.5984	0.1579	-0.2288	0.0538	0.2358	-0.1647	0.1832	-0.0928	-0.2038	0.0068	0.1522	-0.0111	0.0782	0.1219	-0.0344	0.1763	-27.429	-5.8507	48.6809
4	2.4364	-0.4209	0.2213	1.1355	-0.2283	1.4659	0.0828	-0.1168	-0.3371	0.0045	0.0311	0.3316	0.3921	-0.3037	-0.1139	0.1656	-0.1008	0.0123	0.0804	0.0531	0.267	-37.2813	-41.4913	38.6938
5	0.5553	-0.092	0.0241	0.8383	-0.2379	1.0561	0.0029	-0.0899	-0.0397	0.0221	0.0229	0.1908	0.0955	-0.2181	-0.0258	0.0152	-0.0239	0.0195	0.063	0.0084	0.1416	-37.4823	-21.6929	31.9717
6	1.9612	0.7103	-0.4414	0.6325	-0.474	0.47	0.0342	-0.3029	-0.052	0.0957	-0.0487	-0.1264	0.0847	0.0593	0.0145	0.3573	0.0258	-0.0454	0.2403	0.0096	0.3073	-14.3826	-28.5608	48.4916
7	1.1976	-0.6473	-0.1866	1.638	0.2485	1.3183	0.0492	0.0943	-0.1034	-0.195	0.0123	0.1098	0.1302	-0.092	-0.0615	0.0848	-0.0121	-0.0545	0.0166	0.0019	0.1104	-33.4646	-29.0047	-11.1581
8	0.4452	-0.0878	0.2756	0.3817	0.0377	0.9135	0.0512	0.0426	-0.0413	-0.059	0.0063	-0.0015	0.1198	0.071	-0.0575	0.0989	0.0161	0	0.0081	0.0014	0.1196	-17.5637	-28.5956	0.637
9	0.466	-0.2063	0.044	1.4989	1.2993	1.42	-0.0709	0.0711	0.1819	-0.2788	0.035	0.0176	-0.2848	-0.0516	0.0359	0.2114	-0.0134	-0.0174	0.0976	0.0795	0.159	-23.1666	-1.4795	-6.8784
10	0.9373	-0.4864	0.0989	1.9083	0.4661	1.2714	-0.0632	-0.046	0.1685	-0.0896	0.1778	-0.3926	-0.2324	0.5461	-0.1146	0.2019	-0.1759	0.0909	0.3066	-0.0328	0.3219	12.9869	9.6986	8.2464
11	0.7507	-0.0658	-0.0641	0.9122	0.3897	1.47	0.0208	0.1913	0.264	-0.3909	0.0504	-0.1303	-0.5658	0.2753	-0.0711	0.4096	-0.1513	0.0841	0.1298	0.0714	0.2513	0.0902	18.0169	-2.4139
12	0.6642	-0.0539	-0.0491	0.6171	0.3505	1.014	0.0154	0.0659	0.1398	-0.1389	0.0038	-0.0348	-0.2531	0.1098	-0.0192	0.1512	-0.0482	0.0363	0.0338	0.0302	0.1534	-9.4519	4.007	8.6963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	437 - 495
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 429
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	430 - 495
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	176 - 436
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	437 - 495
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 119
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	120 - 265
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	266 - 495

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)