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- PDB-5tkl: Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, condens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tkl
タイトルCrystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, condensation intermediate
要素Fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE (リアーゼ) / TIM BARREL (TIMバレル) / ALDOLASE / GLYCOLYSIS (解糖系) / SUBSTRATE / INTERMEDIATE / ENAMINE (エナミン) / COVALENT (共有結合) / SCHIFF BASE (シッフ塩基)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / グリセルアルデヒド-3-リン酸 / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Heron, P.W. / Sygusch, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Isomer activation controls stereospecificity of class I fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Heron, P.W. / Sygusch, J.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8274
ポリマ－39,1471
非ポリマー6803
水5,945330
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,30816
ポリマ－156,5874
非ポリマー2,72112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area14760 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area46580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.621, 109.621, 54.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21A-782-

HOH

31A-798-

HOH

41A-803-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase /


分子量: 39146.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: ald-1 / プラスミド: pE-SUMO-AMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star (DE3) / 参照: UniProt: Q8I8I2, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-P6F / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / D-フルクト-ス1,6-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
#3: 化合物 ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 化合物 ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸 / グリセルアルデヒド-3-リン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.2M Lithium Sulfate, 3.5% PEG 8000, 10% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 34234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 37.521 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 427202
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.75-1.787.216830.6110.4040.89899.6
1.78-1.818.716480.7520.3020.95899.20.8450.899
1.81-1.8510.516800.8790.2030.9899.90.6340.666
1.85-1.8911.217000.9150.1731.0041000.5620.589
1.89-1.9311.316610.950.1321.03999.80.430.451
1.93-1.9711.516950.9670.1061.0781000.350.366
1.97-2.0211.616820.9770.0861.01999.90.2860.3
2.02-2.0711.816940.9860.0651.01199.90.2170.226
2.07-2.1412.116810.9920.0511.0091000.1720.179
2.14-2.212.517040.9950.0420.95399.90.1450.151
2.2-2.2813.217000.9970.0340.931000.120.125
2.28-2.3813.816950.9980.0280.9221000.1010.105
2.38-2.4814.117070.9990.0230.9621000.0830.087
2.48-2.6114.317140.9990.021.0251000.0750.078
2.61-2.7814.517130.9990.0171.0831000.0620.064
2.78-2.9914.517200.9990.0151.2121000.0540.056
2.99-3.2914.417360.9990.0141.1061000.0510.053
3.29-3.7714.417440.9990.0130.9311000.0470.049
3.77-4.7514.217760.9990.011.1271000.0350.037
4.75-5013.319010.9990.0091.21899.90.0330.034

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.751→49.129 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1769 2000 5.85 %
Rwork0.1485 32189 -
obs0.1502 34189 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.27 Å2 / Biso mean: 32.9261 Å2 / Biso min: 12.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.751→49.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 57 330 3044
Biso mean--52.99 42.72 -
残基数----350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8043795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1571706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7514-1.79520.28641370.27992205234298
1.7952-1.84370.27471390.236222512390100
1.8437-1.8980.24761430.232222742417100
1.898-1.95920.25211400.205522752415100
1.9592-2.02930.22361410.179322582399100
2.0293-2.11050.21431410.159822862427100
2.1105-2.20660.16961420.14922682410100
2.2066-2.32290.1721410.137722742415100
2.3229-2.46840.18051420.134222882430100
2.4684-2.6590.16521440.133723082452100
2.659-2.92660.16421440.136623232467100
2.9266-3.34990.14471440.137923172461100
3.3499-4.22020.1661480.122323782526100
4.2202-49.14880.16171540.148824842638100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23640.6142-0.23572.24010.38220.7469-0.13360.10520.1651-0.30350.18820.4469-0.2329-0.04590.01010.2035-0.0382-0.00740.17530.05090.2507-33.81663.1993-4.7781
20.97810.1933-0.00161.2743-0.06870.4751-0.01130.09780.0809-0.10790.0590.1596-0.005-0.04060.01260.14340.0005-0.01610.17060.02260.1284-20.63240.4742-7.0153
30.82830.471-0.24510.98560.55761.19920.00730.18470.0227-0.445-0.01180.4561-0.0295-0.0934-0.03980.2643-0.0353-0.11980.21430.0390.2674-34.8577-8.7054-15.3991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 83 )A1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 277 )A84 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 278 through 363 )A278 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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