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- PDB-5tjb: I-II linker of TRPML1 channel at pH 4.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tjb
タイトルI-II linker of TRPML1 channel at pH 4.5
要素Mucolipin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / endolysosomal lumen / tetramer / calcium and pH regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lysosome organization / calcium ion export / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / ligand-gated calcium channel activity / cellular response to pH / Transferrin endocytosis and recycling / iron ion transmembrane transport ...positive regulation of lysosome organization / calcium ion export / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / ligand-gated calcium channel activity / cellular response to pH / Transferrin endocytosis and recycling / iron ion transmembrane transport / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / monoatomic cation transport / autophagosome maturation / potassium channel activity / phagocytic cup / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / transferrin transport / cell projection / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein homotetramerization / adaptive immune response / endosome membrane / lysosome / receptor complex / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, M. / Zhang, W.K. / Benvin, N.M. / Zhou, X. / Su, D. / Li, H. / Wang, S. / Michailidis, I.E. / Tong, L. / Li, X. / Yang, J.
資金援助 米国, 中国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM085234 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)RO1NS053494 米国
National Basic Research Program of China (973 Program)2014CB910301 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370821 中国
Top Talents Program of Yunnan Province2011HA012 中国
High-level Overseas Talents of Yunnan Province 中国
China Youth 1000-Talent Program of the State Council of China 中国
Beijing Advanced Innovation Center for Structural Biology 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis of dual Ca/pH regulation of the endolysosomal TRPML1 channel.
著者: Minghui Li / Wei K Zhang / Nicole M Benvin / Xiaoyuan Zhou / Deyuan Su / Huan Li / Shu Wang / Ioannis E Michailidis / Liang Tong / Xueming Li / Jian Yang /
要旨: The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH ...The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH regulation of TRPML1, a Ca-release channel crucial for endolysosomal function. TRPML1 mutations cause mucolipidosis type IV (MLIV), a severe lysosomal storage disorder characterized by neurodegeneration, mental retardation and blindness. We obtained crystal structures of the 213-residue luminal domain of human TRPML1 containing three missense MLIV-causing mutations. This domain forms a tetramer with a highly electronegative central pore formed by a novel luminal pore loop. Cysteine cross-linking and cryo-EM analyses confirmed that this architecture occurs in the full-length channel. Structure-function studies demonstrated that Ca and H interact with the luminal pore and exert physiologically important regulation. The MLIV-causing mutations disrupt the luminal-domain structure and cause TRPML1 mislocalization. Our study reveals the structural underpinnings of TRPML1's regulation, assembly and pathogenesis.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucolipin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1951
ポリマ－25,1951
非ポリマー00
水1,874104
1
A: Mucolipin-1

A: Mucolipin-1

A: Mucolipin-1

A: Mucolipin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7804
ポリマ－100,7804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.353, 94.353, 50.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Mucolipin-1 / MG-2 / Mucolipidin


分子量: 25195.057 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues (84-296) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN1, ML4, MSTP080 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: Q9GZU1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 200 mM magnesium sulfate, 5.3% PEG 3350, and 100 mM acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 9374 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TJA

5tja


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 927 9.9 %Random selection
Rwork0.2117 ---
obs-8777 93.5 %-
溶媒の処理Bsol: 53.9992 Å2
原子変位パラメータBiso max: 93.02 Å2 / Biso mean: 42.0072 Å2 / Biso min: 24.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.591 Å20 Å20 Å2
2---8.591 Å20 Å2
3---17.182 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 104 0 1372
Biso mean--45.73 --
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.491
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0822
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1292.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.490.3639780.308471479286.3
2.49-2.580.3313770.295371178887.7
2.58-2.70.368830.263176684990.6
2.7-2.840.2962830.253577385693.4
2.84-3.020.30471010.237976386493.6
3.02-3.250.2602910.217680990096.5
3.25-3.580.2364920.218979588795.6
3.58-4.090.22631110.186580891996.7
4.09-5.140.22091030.169684294597.9
5.14-200.22781080.201986997795.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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