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- PDB-5til: Murine class I major histocompatibility complex H-2 Db in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5til
タイトルMurine class I major histocompatibility complex H-2 Db in complex with LCMV-derived GP33 altered peptide V3P and T-cell receptor P14
要素
  • Alpha chain of murine P14 T cell receptor
  • Beta chain of murine T cell receptor P14
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • alpha chain of P14 T cell receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / LCMV / MHC class I / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Allerbring, E.B.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ternary complexes of TCR P14 give insights into the mechanisms behind reestablishment of CTL responses against a viral escape mutant
著者: Allerbring, E. / Duru, A.D. / Sun, R. / Han, X. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Popov, A. / Markoba, N. / Talyzina, A. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
G: alpha chain of P14 T cell receptor
H: Beta chain of murine T cell receptor P14
K: Alpha chain of murine P14 T cell receptor
L: Beta chain of murine T cell receptor P14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,12910
ポリマ－184,12910
非ポリマー00
水72140
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
G: alpha chain of P14 T cell receptor
H: Beta chain of murine T cell receptor P14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5565
ポリマ－94,5565
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
K: Alpha chain of murine P14 T cell receptor
L: Beta chain of murine T cell receptor P14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5735
ポリマ－89,5735
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.224, 66.698, 523.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13B
23E
14G
24K
15H
25L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A3 - 175
2112D3 - 175
1122A176 - 276
2122D176 - 276
1132B1 - 99
2132E1 - 99
1145G8 - 120
2145K8 - 120
1155H13 - 130
2155L13 - 130

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.065579, -0.978502, -0.195535), (-0.977334, -0.102514, 0.185225), (-0.201288, 0.178956, -0.963046)-44.37258, -22.15164, -129.46732

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要素

-
タンパク質 , 5種, 8分子 ADBEGHLK

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 alpha chain of P14 T cell receptor


分子量: 23072.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#5: タンパク質 Beta chain of murine T cell receptor P14


分子量: 26647.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 Alpha chain of murine P14 T cell receptor


分子量: 18090.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 42分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 1043.215 Da / 分子数: 2 / Fragment: gp33 peptide, UNP residues 33-41 / Mutation: Val35Pro, Cys41Met / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9QDK7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, Tris HCL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→52.49 Å / Num. obs: 51497 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 79.7 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.83→2.98 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.83→52.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 16.934 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.825 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27526 2615 5.1 %RANDOM
Rwork0.21938 ---
obs0.22224 48845 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å2-0 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→52.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11811 0 0 40 11851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01912154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.93216494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.932325389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.13751448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46223.727609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.178151968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7971580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5297.3175834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5217.3175833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.23110.967268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.23210.9627269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3697.7026320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3687.76318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.10411.4079226
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.59657.20512797
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.59657.21312798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1737medium positional0.030.5
2A992medium positional0.020.5
3B994medium positional0.430.5
4G651medium positional0.210.5
5H687medium positional0.330.5
4G1059loose positional0.465
5H1075loose positional0.575
1A1018tight thermal5.870.5
2A591tight thermal6.210.5
3B576tight thermal5.670.5
1A1737medium thermal6.782
2A992medium thermal7.612
3B994medium thermal5.862
4G651medium thermal4.212
5H687medium thermal4.382
4G1059loose thermal5.6210
5H1075loose thermal5.7910
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.904 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 165 -
Rwork0.339 3039 -
obs--82.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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