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- PDB-5ti1: Crystal Structure of Fumarylacetoacetate hydrolase from Burkholde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ti1
タイトルCrystal Structure of Fumarylacetoacetate hydrolase from Burkholderia xenovorans LB400
要素Fumarylacetoacetate hydrolase
キーワードHYDROLASE / fumarylacetoacetate hydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


homogentisate catabolic process / fumarylacetoacetase / fumarylacetoacetase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal ...Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PHOSPHATE ION / fumarylacetoacetase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Fumarylacetoacetate hydrolase from Burkholderia xenovorans LB400
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fumarylacetoacetate hydrolase
B: Fumarylacetoacetate hydrolase
C: Fumarylacetoacetate hydrolase
D: Fumarylacetoacetate hydrolase
E: Fumarylacetoacetate hydrolase
F: Fumarylacetoacetate hydrolase
G: Fumarylacetoacetate hydrolase
H: Fumarylacetoacetate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,05432
ポリマ－388,1468
非ポリマー90724
水47,6322644
1
A: Fumarylacetoacetate hydrolase
B: Fumarylacetoacetate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1316
ポリマ－97,0372
非ポリマー954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
2
C: Fumarylacetoacetate hydrolase
D: Fumarylacetoacetate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3179
ポリマ－97,0372
非ポリマー2817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29780 Å2
手法PISA
3
E: Fumarylacetoacetate hydrolase
F: Fumarylacetoacetate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3509
ポリマ－97,0372
非ポリマー3147
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
4
G: Fumarylacetoacetate hydrolase
H: Fumarylacetoacetate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2558
ポリマ－97,0372
非ポリマー2196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.900, 83.100, 186.290
Angle α, β, γ (deg.)101.63, 91.17, 113.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Fumarylacetoacetate hydrolase


分子量: 48518.301 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A3899 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q144Z1, fumarylacetoacetase

-
非ポリマー , 5種, 2668分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: tray272143 Morpheus C1: 10%Peg 20K, 20%Peg MME 550, 0.03 M NPS, 0.1M MES/imidazole, pH 6.5; cryo: direct; BuxeA.00077.d.B1.PS37875 at 22.1 mg/ml, puck jua8-10

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 227227 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 12.81
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2499: ???)精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qku

4qku


解像度: 2→40.311 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 2001 0.88 %
Rwork0.1543 --
obs0.1547 227167 95.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26062 0 49 2644 28755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00627084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82136985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.48316128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.04990.27311310.239615927X-RAY DIFFRACTION95
2.0499-2.10530.27691420.22615967X-RAY DIFFRACTION95
2.1053-2.16730.28761540.209216001X-RAY DIFFRACTION95
2.1673-2.23720.25851510.192716037X-RAY DIFFRACTION95
2.2372-2.31720.24141230.177816001X-RAY DIFFRACTION95
2.3172-2.40990.20371240.169616021X-RAY DIFFRACTION95
2.4099-2.51960.20071520.164816143X-RAY DIFFRACTION95
2.5196-2.65240.22741690.165216072X-RAY DIFFRACTION96
2.6524-2.81860.20671420.164316049X-RAY DIFFRACTION96
2.8186-3.03610.20421510.161616161X-RAY DIFFRACTION96
3.0361-3.34150.20481460.157316130X-RAY DIFFRACTION96
3.3415-3.82470.18291450.136916216X-RAY DIFFRACTION96
3.8247-4.81750.14451440.109816335X-RAY DIFFRACTION97
4.8175-40.31910.15091270.126816106X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71950.13470.13751.7174-0.82042.53580.1416-0.27510.08210.7032-0.2711-0.2929-0.96590.756-0.04230.6397-0.2166-0.06560.4383-0.01120.21522.238438.0252.6685
20.36690.2393-0.42061.1207-1.06592.37670.07440.01360.1310.27770.24120.2938-0.3085-0.6256-0.16690.29640.09130.07920.34480.05580.2267-1.980327.3222-0.2583
31.2022-0.1994-0.51170.7869-0.66321.80570.26370.09820.20260.26850.23440.2744-0.6905-0.9531-0.13570.44650.19870.16540.41860.13750.3145-2.77437.8036-12.1739
40.76420.05840.15321.0603-0.94342.3832-0.12760.139-0.0217-0.3584-0.1529-0.24121.02040.4058-0.00160.82380.18680.16060.28480.00020.191721.1771-6.8557-3.3323
50.35940.2277-0.04450.952-0.80931.8199-0.07290.069-0.0326-0.25890.19650.11170.7937-0.4918-0.04490.5729-0.1519-0.0240.33360.01430.1797-0.9121-0.39610.2114
61.23660.31760.06371.56580.19581.8472-0.0531-0.11630.32540.2053-0.11560.4137-0.8501-0.26170.15180.80770.10030.01010.2391-0.04570.31473.698830.724548.6905
70.4845-0.0363-0.02120.7915-0.52981.7355-0.024-0.04830.1620.2479-0.1205-0.1338-0.65160.41840.11670.537-0.1407-0.03590.26070.00930.237823.628118.960750.4012
81.73520.46690.15750.9745-0.42241.34740.0231-0.0298-0.1208-0.16660.08110.17080.4184-0.3124-0.0880.4959-0.1115-0.02750.2630.01440.1671-2.9111-12.987939.3406
90.45150.0237-0.02570.6909-0.44491.8796-0.00140.0269-0.0487-0.1265-0.0773-0.11490.42670.28420.08060.39760.04660.03140.20580.01530.177419.7435-7.645838.1719
101.68040.67960.00181.4364-0.31781.7927-0.07470.03230.08070.01110.0002-0.2438-0.52120.23150.04570.2987-0.0611-0.01350.1568-0.0150.191724.53688.017391.467
110.51310.0766-0.01091.0885-0.40571.3203-0.039-0.01520.0841-0.04060.08170.1393-0.3996-0.3191-0.01920.20620.07450.00650.1903-0.01680.17432.55160.775787.2787
122.2494-0.526-0.01551.7303-0.09281.1947-0.00190.079-0.2428-0.2403-0.0104-0.33610.29290.1395-0.01990.25610.01270.05370.1493-0.02410.231424.2343-36.413885.7858
130.35860.03870.22081.1522-0.08411.3674-0.01230.0283-0.0665-0.18830.05170.15990.2369-0.2737-0.00640.1563-0.0449-0.010.1844-0.01510.18842.5501-26.699887.2324
142.2365-0.4546-0.84161.70140.33381.57710.0547-0.0398-0.2147-0.011-0.06520.20370.4722-0.39860.05410.2173-0.0937-0.02240.21510.02390.21061.3906-37.269998.984
151.7577-0.14340.19071.59790.30250.9767-0.0656-0.09350.2265-0.1868-0.06440.4877-0.3771-0.19890.04410.32850.1006-0.05410.1814-0.05230.2979-4.325215.1113138.5441
160.44220.1049-0.04890.92280.00371.2222-0.0177-0.09680.12030.10430.007-0.0755-0.36990.15480.00870.2289-0.0046-0.01570.1648-0.04210.190216.57056.3037143.7381
172.23270.90840.72111.36520.15081.84980.0255-0.0595-0.17740.03510.03260.22020.2557-0.292-0.05210.1518-0.00180.0180.1714-0.00290.1941-3.9456-29.7281131.2335
180.26990.1618-0.00960.9414-0.16341.2615-0.0283-0.0565-0.02410.03790.0454-0.147-0.01450.23230.00530.10180.03220.00280.1579-0.03160.171617.6258-15.8326133.186
190.2996-0.01950.03090.70.12511.7686-0.002-0.0046-0.1409-0.01530.0325-0.08980.3110.2632-0.01260.14660.0609-0.02280.1645-0.02280.210618.2303-26.4556131.6265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:149 )A4 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 150:374 )A150 - 374
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 375:436 )A375 - 436
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 4:160 )B4 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 161:436 )B161 - 436
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 5:160 )C5 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 161:436 )C161 - 436
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 4:160 )D4 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 161:436 )D161 - 436
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 3:160 )E3 - 160
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 161:436 )E161 - 436
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 4:160 )F4 - 160
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN F AND RESID 161:374 )F161 - 374
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN F AND RESID 375:436 )F375 - 436
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN G AND RESID 3:160 )G3 - 160
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN G AND RESID 161:436 )G161 - 436
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN H AND RESID 3:160 )H3 - 160
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 161:291 )H161 - 291
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN H AND RESID 292:436 )H292 - 436

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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