PDB-5thy: Crystal structure of SeMet-Substituted CurJ carbon methyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5thy

タイトル

Crystal structure of SeMet-Substituted CurJ carbon methyltransferase

要素

CurJ

キーワード

TRANSFERASE / LYASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorea producens 3L (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.087 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA108874	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008353	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Domain Organization and Active Site Architecture of a Polyketide Synthase C-methyltransferase.
著者: Skiba, M.A. / Sikkema, A.P. / Fiers, W.D. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.

履歴

登録	2016年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.5	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.6	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5thy.cif.gz	316.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5thy.ent.gz	253.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5thy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5thzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5thz-1 3le2-d 3lx6-2 5a2c-d 4zl4-1 6wnu-d 3hym-6 5a2a-d 2efw-2 6w15-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CurJ

B: CurJ

ヘテロ分子

92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CurJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CurJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.350, 130.390, 62.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer as determined by gel filtration

#1: タンパク質	CurJ / Polyketide synthase module 分子量: 45459.348 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1269-1649 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア) 遺伝子: LYNGBM3L_74460 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F4Y426
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン分子量: 612.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₆O₁₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.37 M NaCitrate, 1 mM GSH/GSSG, 5% Acetone

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.087→44.84 Å / Num. obs: 84469 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.69 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 8.25

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.14		1.5	1.66	0.409	1	99.6
2.14-2.2		1.268	2.3	0.529	1	99.4
2.2-2.26		1.094	2.67	0.605	1	100
2.26-2.33		0.981	3.04	0.659	1	99.3
2.33-2.41		0.857	3.61	0.761	1	99.7
2.41-2.49		0.732	4.24	0.831	1	100
2.49-2.59		0.654	4.63	0.854	1	99.3
2.59-2.69		0.531	5.31	0.893	1	99.7
2.69-2.81		0.437	6.4	0.918	1	100
2.81-2.95		0.348	7.6	0.956	1	99.4
2.95-3.11		0.28	9.22	0.967	1	99.8
3.11-3.3		0.199	11.7	0.983	1	100
3.3-3.53		0.161	13.51	0.985	1	99.7
3.53-3.81		0.14	15.83	0.991	1	99.7
3.81-4.17		0.103	18.79	0.994	1	99.7
4.17-4.67		0.082	20.26	0.994	1	99.5
4.67-5.39		0.076	19.69	0.994	1	99.1
5.39-6.6		0.082	19.42	0.995	1	99.9
6.6-9.33		0.061	22.78	0.997	1	98.7
	9.33	0.053	25.74	0.995	1	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.087→44.836 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2155	4476	5.3 %
R_work	0.1685	-	-
obs	0.171	84408	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.91 Å² / B_iso mean: 46.3138 Å² / B_iso min: 21.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.087→44.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5988	0	92	266	6346
B_iso mean	-	-	69.86	46.81	-
残基数	-	-	-	-	763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.598	8462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.673	3740

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.087-2.1107	0.3365	148	0.3322	2658	2806	97
2.1107-2.1356	0.2841	142	0.2681	2596	2738	100
2.1356-2.1616	0.302	161	0.2464	2678	2839	100
2.1616-2.189	0.2933	139	0.2457	2681	2820	100
2.189-2.2178	0.3017	156	0.2478	2652	2808	100
2.2178-2.2482	0.2985	145	0.236	2664	2809	100
2.2482-2.2803	0.2789	164	0.2278	2668	2832	100
2.2803-2.3143	0.2998	142	0.2221	2678	2820	100
2.3143-2.3505	0.3088	152	0.2238	2646	2798	100
2.3505-2.389	0.3039	152	0.2264	2645	2797	100
2.389-2.4302	0.2485	148	0.2196	2731	2879	100
2.4302-2.4744	0.261	152	0.2106	2581	2733	100
2.4744-2.522	0.253	149	0.2097	2743	2892	100
2.522-2.5734	0.2868	155	0.2065	2625	2780	100
2.5734-2.6294	0.2523	146	0.2062	2690	2836	100
2.6294-2.6906	0.2419	152	0.1938	2648	2800	100
2.6906-2.7578	0.2571	154	0.1908	2651	2805	100
2.7578-2.8324	0.3141	156	0.1958	2695	2851	100
2.8324-2.9157	0.2759	133	0.2	2647	2780	100
2.9157-3.0098	0.255	159	0.1947	2726	2885	100
3.0098-3.1174	0.2348	146	0.181	2620	2766	100
3.1174-3.2421	0.2137	135	0.1632	2681	2816	100
3.2421-3.3896	0.2092	149	0.1497	2655	2804	100
3.3896-3.5683	0.2	138	0.1463	2672	2810	100
3.5683-3.7917	0.17	148	0.135	2678	2826	100
3.7917-4.0843	0.1799	155	0.1243	2687	2842	100
4.0843-4.495	0.15	144	0.1145	2682	2826	100
4.495-5.1446	0.172	157	0.1281	2644	2801	100
5.1446-6.4786	0.2265	149	0.1639	2667	2816	100
6.4786-44.8463	0.1394	150	0.1443	2643	2793	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5795	-0.1967	-0.0123	3.3886	-3.7914	4.3115	-0.0101	0.1929	0.2549	0.155	0.1005	0.173	-0.3922	-0.3516	-0.2678	0.3257	0.0515	0.0855	0.4005	0.0049	0.3901	-25.2928	88.1884	22.7074
2	1.216	-0.0312	0.5509	0.9106	-0.2165	3.0278	0.0744	-0.1463	-0.0048	0.0903	-0.0238	0.0321	-0.0348	0.0225	-0.0473	0.2214	0.0077	0.0369	0.2597	-0.0143	0.2754	-15.2182	80.9792	29.4805
3	1.3672	-0.2129	-0.3208	1.4479	0.1289	3.6647	0.0078	0.0574	-0.0686	-0.1541	-0.0016	0.0921	0.0761	-0.1132	-0.0093	0.2397	0.012	-0.0039	0.2129	0.0035	0.3042	-8.3034	81.0249	3.7952
4	3.6999	-1.2045	0.8342	3.9773	-1.93	6.28	0.0368	-0.2502	0.4029	0.1222	0.0517	0.18	-0.5897	-0.3435	-0.0653	0.2858	0.0206	0.0283	0.2183	-0.0442	0.3425	-10.0299	94.7221	10.2619
5	5.0516	-6.3806	-5.3398	8.0607	6.7442	5.642	-0.113	-0.1536	-0.2779	0.0874	0.0699	-0.1795	0.5417	0.3699	-0.0313	0.3231	0.0504	-0.0663	0.4128	-0.006	0.3613	22.2966	55.4986	30.6247
6	1.2808	-0.1295	-0.6535	1.4413	0.3107	3.2945	0.0184	-0.1511	-0.0653	0.0823	0.0151	-0.0744	0.11	0.0399	-0.0159	0.2067	0.0003	-0.0403	0.2272	0.0244	0.3052	14.2986	58.9308	26.4533
7	1.6393	-0.2816	0.0677	1.1718	-0.1519	3.1914	0.0473	0.1008	-0.0174	-0.0687	0.005	-0.0033	-0.1101	0.0127	-0.0602	0.2094	0.0186	-0.0089	0.1655	-0.0255	0.2688	7.4283	59.8292	5.2836
8	4.03	-1.3179	-2.4077	3.6423	3.3045	7.6076	-0.1419	-0.259	-0.4089	0.334	0.0747	-0.0291	0.6725	0.2949	0.06	0.3995	0.0158	-0.035	0.2069	0.0536	0.3871	9.5455	45.5198	10.5448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 52 )	A	19 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 186 )	A	53 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 331 )	A	187 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 332 through 381 )	A	332 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 52 )	B	30 - 52
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 53 through 196 )	B	53 - 196
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 197 through 331 )	B	197 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 332 through 381 )	B	332 - 381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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