[日本語] English
万見
- PDB-5thm: Esterase-6 from Drosophila melanogaster -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thm
タイトルEsterase-6 from Drosophila melanogaster
要素Esterase-6
キーワードHYDROLASE / Carboxylesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase I - Functionalization of compounds / Physiological factors / LDL clearance / regulation of female receptivity, post-mating / regulation of egg-laying behavior / Neurotransmitter clearance / Synthesis of PC / Aspirin ADME / sperm storage / short-chain carboxylesterase activity ...Phase I - Functionalization of compounds / Physiological factors / LDL clearance / regulation of female receptivity, post-mating / regulation of egg-laying behavior / Neurotransmitter clearance / Synthesis of PC / Aspirin ADME / sperm storage / short-chain carboxylesterase activity / mating / ovulation / pheromone biosynthetic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / courtship behavior / response to odorant / carboxylesterase / sexual reproduction / carboxylesterase activity / serine hydrolase activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-dimethylboranamine / Esterase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Fraser, N.J. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for the behavioral effects of the odorant degrading enzyme Esterase 6 in Drosophila.
著者: Younus, F. / Fraser, N.J. / Coppin, C.W. / Liu, J.W. / Correy, G.J. / Chertemps, T. / Pandey, G. / Maibeche, M. / Jackson, C.J. / Oakeshott, J.G.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Esterase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9712
ポリマ－60,9141
非ポリマー571
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.713, 80.645, 107.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Esterase-6 / Est-6 / Carboxylic-ester hydrolase 6 / Carboxylesterase-6


分子量: 60913.773 Da / 分子数: 1
変異: K15V, V145L, R208K, G229E, N237S, T247A, D290G, I292F, I335V, E383G, S400G, A416V, F450S, F456S, N485D, I511T
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Est-6, EST6, CG6917 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08171, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-7BZ / N,N-dimethylboranamine / ジメチルアミノボラン


分子量: 56.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H8BN
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25 % w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.322 Å / Num. obs: 31402 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FNG

4fng


解像度: 2.15→40.322 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 1588 5.06 %RANDOM
Rwork0.1554 ---
obs0.1582 31400 96.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4187 0 4 322 4513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9155926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6132548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.21940.23181240.16961982X-RAY DIFFRACTION72
2.2194-2.29870.30171270.16682496X-RAY DIFFRACTION90
2.2987-2.39080.21621470.15422760X-RAY DIFFRACTION99
2.3908-2.49960.2141390.15842767X-RAY DIFFRACTION100
2.4996-2.63130.25671390.16772776X-RAY DIFFRACTION99
2.6313-2.79610.23141390.1712773X-RAY DIFFRACTION100
2.7961-3.0120.23551480.17162795X-RAY DIFFRACTION100
3.012-3.31490.23881530.17592793X-RAY DIFFRACTION100
3.3149-3.79430.22071510.15512833X-RAY DIFFRACTION100
3.7943-4.77920.15611550.12742862X-RAY DIFFRACTION100
4.7792-40.32960.16041660.13972975X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る