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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tdj | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA decamer duplex with four 2'-5'-linkages | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / 2'-5'-LINKAGE / PLANT PROTEIN | 機能・相同性 | STRONTIUM ION / RNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Luo, Z. / Sheng, J. | ![]() ![]() タイトル: Structural insights into RNA duplexes with multiple 2 -5 -linkages. 著者: Shen, F. / Luo, Z. / Liu, H. / Wang, R. / Zhang, S. / Gan, J. / Sheng, J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED BY SOLID PHASE SYNTHESIS AND PURIFIED BY HPLC 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-SR / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40mM LiCl, 20 mM MgCl2 and 80 mM SrCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 7870 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 88.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MS9 解像度: 1.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 3.67 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.663 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→19.9 Å
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拘束条件 |
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