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- PDB-5td3: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5td3
タイトルCrystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia vietnamiensis
要素Catechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / catechol 1 / 2-dioxygenase / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia vietnamiensis
著者: Conrady, D.G. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 1,2-dioxygenase
B: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,73711
ポリマ－68,9192
非ポリマー1,8189
水12,214678
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.410, 55.860, 85.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...
21(chain B and ((resid 11 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEALAALA(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA11 - 2611 - 26
12ALAALAASNASN(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA29 - 3029 - 30
13SERSERGLYGLY(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA35 - 7735 - 77
14ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA79 - 13079 - 130
15ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA132 - 149132 - 149
16VALVALVALVAL(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA151 - 193151 - 193
17THRTHRVALVAL(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA195 - 240195 - 240
18SERSERTHRTHR(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA242 - 250242 - 250
19PHEPHELYSLYS(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA252 - 279252 - 279
110THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA280280
111ILEILEHOHHOH(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA - L11 - 50111
112ILEILEHOHHOH(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA - L11 - 50111
113ILEILEHOHHOH(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA - L11 - 50111
114ILEILEHOHHOH(chain A and (resid 11:26 or resid 29:30 or resid...AA - L11 - 50111
21ILEILEILEILE(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB1111
22ILEILEPTYPTY(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB - J11 - 40111
23ILEILEPTYPTY(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB - J11 - 40111
24ILEILEPTYPTY(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB - J11 - 40111
25ILEILEPTYPTY(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB - J11 - 40111

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catechol 1,2-dioxygenase


分子量: 34459.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_5824 / プラスミド: BuviA.00117.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JR51, catechol 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 687分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Rigaku Reagents Screen JCSG+ well D6: 0.2 M Magnesium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1 M Tris pH 8.5; 0.4 uL screen : 0.4 uL BuviA.00117.a.B1.PS02511 at 21.4 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40.513 Å / Num. obs: 72445 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.15 % / Biso Wilson estimate: 22.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.72
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.80.5772.480.759199.8
1.8-1.840.4653.080.828199.8
1.84-1.90.3564.030.897199.7
1.9-1.960.2665.360.939199.8
1.96-2.020.2016.970.96199.9
2.02-2.090.1539.210.976199.6
2.09-2.170.13110.540.982199.6
2.17-2.260.1112.630.988199.6
2.26-2.360.08915.410.99199.5
2.36-2.470.07817.370.993199.5
2.47-2.610.06519.940.995199.4
2.61-2.770.05323.610.996199.6
2.77-2.960.04527.530.997199.3
2.96-3.20.03830.980.998199.5
3.2-3.50.03235.860.998199.4
3.5-3.910.03139.090.998199.2
3.91-4.520.02741.350.999199.3
4.52-5.530.02542.150.999199.3
5.53-7.830.025420.999198.6
7.830.02242.610.999193.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DMH

1dmh


解像度: 1.75→40.513 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 1995 2.75 %
Rwork0.177 70446 -
obs0.1779 72441 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.58 Å2 / Biso mean: 32.0597 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→40.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4577 0 113 686 5376
Biso mean--52.5 35.98 -
残基数----611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8186591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4172910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2643X-RAY DIFFRACTION4.292TORSIONAL
12B2643X-RAY DIFFRACTION4.292TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79370.26461340.246249835117100
1.7937-1.84220.26151460.244950085154100
1.8422-1.89650.30431510.237650155166100
1.8965-1.95770.23811350.223950165151100
1.9577-2.02760.26341430.212350045147100
2.0276-2.10880.23781460.195649915137100
2.1088-2.20480.22911370.194350365173100
2.2048-2.3210.23541340.18550455179100
2.321-2.46640.24131510.184850095160100
2.4664-2.65680.19651410.184750385179100
2.6568-2.92410.2371480.178950335181100
2.9241-3.34710.21221450.174150345179100
3.3471-4.21620.18981390.14545077521699
4.2162-40.52410.14811450.14945157530299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4550.4952-1.64414.7627-1.98135.8151-0.2945-0.80060.23790.85290.08370.32430.0131-0.0250.18510.36030.1350.04770.3431-0.0850.202144.7431-16.36267.2808
21.3183-0.7176-0.15440.8314-0.30681.5388-0.0642-0.01560.0980.09870.07940.14370.0606-0.1366-0.01880.1311-0.044-0.01080.1012-0.01790.181841.1077-12.790947.5113
30.6746-0.2188-0.36491.7130.21920.53240.31440.37070.4049-0.2525-0.133-0.1346-0.2115-0.1989-0.11940.19780.07160.04720.25710.12310.340745.53873.062422.9097
40.9149-1.15480.32545.96320.19471.04830.34530.21620.6221-0.189-0.0111-0.6042-0.293-0.0417-0.21450.23110.04870.12260.20650.11570.422351.28663.257822.4048
51.252-0.4564-0.59211.1751-0.35771.79160.09330.30880.1981-0.1616-0.0046-0.05120.1138-0.2311-0.0880.143-0.003-0.03840.23240.02740.200343.2882-9.973827.5036
61.7537-1.2596-0.62271.3225-0.19712.19170.12710.37580.1903-0.2575-0.01650.22050.046-0.3493-0.08550.1331-0.0115-0.03530.29280.06930.269735.22-3.36428.8815
71.3982-0.4788-1.38130.6201-0.42833.22850.42310.56170.5618-0.4412-0.04560.0159-0.3969-0.4113-0.2640.28430.1310.00280.48130.18790.405937.21725.145217.9836
87.3026-3.5336-1.02976.37061.07455.99990.0957-0.22610.79940.07740.1534-0.2408-0.31550.2167-0.28370.146-0.0482-0.02880.09070.03920.343646.92653.457539.9438
95.1864-3.6871-0.99875.42860.73282.3569-0.14180.3069-0.1527-0.06740.04450.41050.2451-0.26490.1020.1676-0.12790.00580.23890.00490.260429.9256-16.428741.7281
101.9893-0.643-0.00320.7936-0.26140.7007-0.1349-0.03130.11590.13470.08530.06450.0994-0.07610.04490.1588-0.0297-0.01250.1068-0.02210.132244.5855-14.123649.5114
112.95390.50710.84152.9591-1.43072.1002-0.2668-0.731-0.67870.20970.08040.35730.50470.0150.13960.42910.06950.17250.28480.07550.305446.7288-33.756466.1334
121.4985-0.58420.0970.7860.04850.3721-0.4063-0.7016-0.61080.12710.1999-0.05790.25230.08860.2070.39320.1130.1270.31530.14720.315368.5495-36.459963.0973
131.26781.81480.17898.9043-2.59791.3959-0.3601-0.2761-0.6478-0.31940.1679-0.19290.35610.1330.21170.36590.09540.13240.20970.08140.375971.7281-36.649158.3655
142.8439-0.6852-0.15021.6564-0.50820.8801-0.3536-0.462-0.03450.1920.1951-0.0840.13680.21320.16490.29460.0706-0.00170.2588-0.00650.135563.4941-23.113263.1286
152.281-0.25560.70074.17010.74331.4091-0.3687-0.9035-0.29590.53330.11640.35830.21070.02250.15060.43350.13690.13260.46410.09110.212459.2256-31.573469.0478
160.3328-0.26960.19840.342-0.17890.1304-0.5459-0.9067-0.26430.48280.109-0.09370.28160.3958-0.08790.54680.32820.12250.83820.30670.236768.2902-33.812773.948
173.56583.17730.46647.7159-4.86315.7812-0.39880.0749-0.6343-0.07930.38580.260.724-0.35380.03360.44050.03470.13370.11050.00060.328553.1817-38.791655.8831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 38 )A11 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 115 )A39 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 178 )A116 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 179 through 199 )A179 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 200 through 241 )A200 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 242 through 272 )A242 - 272
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 273 through 307 )A273 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 308 through 320 )A308 - 320
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 11 through 38 )B11 - 38
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 39 through 90 )B39 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 115 )B91 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 116 through 178 )B116 - 178
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 179 through 199 )B179 - 199
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 200 through 241 )B200 - 241
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 242 through 263 )B242 - 263
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 264 through 301 )B264 - 301
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 302 through 320 )B302 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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