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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tcz | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of engineered Protoxin-II analog | ||||||
要素 | Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a | ||||||
キーワード | TOXIN / venom peptide analog / inhibitor / cystine knot | ||||||
機能・相同性 | calcium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thrixopelma pruriens (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Gibbs, A.C. / Wickenden, A.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Insensitivity to pain induced by a potent selective closed-state Nav1.7 inhibitor. 著者: Flinspach, M. / Xu, Q. / Piekarz, A.D. / Fellows, R. / Hagan, R. / Gibbs, A. / Liu, Y. / Neff, R.A. / Freedman, J. / Eckert, W.A. / Zhou, M. / Bonesteel, R. / Pennington, M.W. / Eddinger, K.A. ...著者: Flinspach, M. / Xu, Q. / Piekarz, A.D. / Fellows, R. / Hagan, R. / Gibbs, A. / Liu, Y. / Neff, R.A. / Freedman, J. / Eckert, W.A. / Zhou, M. / Bonesteel, R. / Pennington, M.W. / Eddinger, K.A. / Yaksh, T.L. / Hunter, M. / Swanson, R.V. / Wickenden, A.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tcz.cif.gz | 207.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tcz.ent.gz | 179.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tcz_validation.pdf.gz | 406.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tcz_full_validation.pdf.gz | 519 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tcz_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tcz_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tcz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3862.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thrixopelma pruriens (クモ) / 参照: UniProt: P83476*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 1.51 mM JNJ63955918, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.51 mM / 構成要素: JNJ63955918 / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 305.56 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 950 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |