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- PDB-5tcs: Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tcs
タイトルCrystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer
要素(Kinetochore protein ...) x 4
キーワードREPLICATION / RWD / CH / coiled-coil / tetramer / Ndc80 / Kinetochore
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore ...centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ncd80 complex, Ncd80 subunit / Chromosome segregation protein Spc25 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / : ...Ncd80 complex, Ncd80 subunit / Chromosome segregation protein Spc25 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / : / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1 / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NUF2 / Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore protein NDC80 / Kinetochore protein SPC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8313 Å
データ登録者Valverde, R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Conserved Tetramer Junction in the Kinetochore Ndc80 Complex.
著者: Valverde, R. / Ingram, J. / Harrison, S.C.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 2.02019年11月20日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80
B: Kinetochore protein NUF2
C: Kinetochore protein SPC24
D: Kinetochore protein SPC25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7015
ポリマ－83,6774
非ポリマー241
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14680 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area39910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)169.381, 186.593, 122.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-703-

HOH

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要素

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Kinetochore protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 / 80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with ...80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with DMC1 protein 3


分子量: 33276.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質 Kinetochore protein NUF2


分子量: 25415.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUF2, YOL069W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33895
#3: タンパク質 Kinetochore protein SPC24


分子量: 11975.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04477
#4: タンパク質 Kinetochore protein SPC25


分子量: 13010.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC25, YER018C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40014

-
非ポリマー , 2種, 40分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0 / PH範囲: 6.0 - 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→49.5 Å / Num. obs: 45973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.83→2.93 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.44 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8313→41.75 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 41.75 / 位相誤差: 27.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 2334 5.08 %
Rwork0.2386 --
obs0.24 45968 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8313→41.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5668 0 1 39 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5747767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0653538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051010
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8313-2.88910.35521160.34012262X-RAY DIFFRACTION89
2.8891-2.95190.34751500.32492541X-RAY DIFFRACTION100
2.9519-3.02050.28821450.29882561X-RAY DIFFRACTION100
3.0205-3.09610.34391360.29952543X-RAY DIFFRACTION100
3.0961-3.17980.34291220.3012564X-RAY DIFFRACTION100
3.1798-3.27330.28851280.28742572X-RAY DIFFRACTION100
3.2733-3.3790.29291540.26952557X-RAY DIFFRACTION100
3.379-3.49970.27661290.25472586X-RAY DIFFRACTION100
3.4997-3.63980.26141370.2512541X-RAY DIFFRACTION100
3.6398-3.80540.29361320.24632597X-RAY DIFFRACTION100
3.8054-4.00590.29881460.23492555X-RAY DIFFRACTION100
4.0059-4.25680.25651480.21512568X-RAY DIFFRACTION100
4.2568-4.58520.23611540.20562582X-RAY DIFFRACTION100
4.5852-5.04620.21531220.19012610X-RAY DIFFRACTION100
5.0462-5.77550.29751430.23282607X-RAY DIFFRACTION100
5.7755-7.27280.28451330.25882644X-RAY DIFFRACTION100
7.2728-49.51520.19881390.20732744X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2376-1.66160.12579.6685-5.60586.49960.06870.4095-0.2557-0.5034-0.3108-0.8642-0.53810.90820.18740.6798-0.27070.10430.6994-0.02540.5603103.9576-62.7145-7.4532
24.54615.15240.14739.49342.39049.9436-0.2074-0.3806-0.68110.0138-0.7262-1.25411.00361.14990.88170.6897-0.30440.61411.1010.06961.1359108.5484-67.3749-13.692
31.74470.6399-0.93742.1799-0.82574.1114-0.2604-00.1693-0.23110.2632-0.1592-0.55620.2188-0.0330.4566-0.0456-0.02830.40550.02460.390685.1032-68.05265.4585
40.4576-0.67140.04090.3765-0.0039-0.3151-0.8416-0.8286-0.00520.88780.9420.29910.5110.7331-0.10310.81760.35150.13340.7861-0.15240.812655.7868-45.351258.1821
56.4271-2.37811.09226.0384-4.17034.91420.28970.58380.4107-0.19610.37080.322-0.5428-0.5066-0.63180.9236-0.0614-0.01820.61220.06460.626663.551-85.1863-12.3375
67.9728-1.9178-0.88616.37511.22935.5055-0.3850.29160.063-0.57030.02260.8047-0.4543-0.60480.28580.3947-0.0584-0.07910.35550.07430.394162.8443-78.74962.453
75.2593-0.6788-3.89375.0774-2.48644.664-0.38191.8590.4656-1.1691-0.47020.1397-0.90631.2082-0.74111.119-0.2533-0.56850.63810.3649-0.299966.1358-70.3498-7.1594
88.39263.5448-0.08697.09360.90485.8755-0.1557-0.28111.2807-0.3138-0.27350.0933-0.6533-0.04020.50120.48440.0783-0.09720.34980.02240.709674.4575-66.58399.109
91.9242-1.4171-1.54831.0921.27331.71220.0233-2.03721.04160.41140.2940.1304-1.64660.42230.06381.3575-0.16860.13171.0753-0.10180.934491.6109-49.93778.124
105.492.8969-1.55286.0581-1.64443.4102-0.34940.3368-0.1799-0.34860.19-0.4299-0.3848-0.01720.09570.31420.0108-0.05390.2210.03750.30975.9686-75.58483.9435
112.0205-4.688-3.81016.52935.09953.07070.2425-0.09620.127-0.87090.04050.0383-0.51840.1142-0.25650.73120.3764-0.09750.9335-0.21360.843454.1263-48.87447.0862
123.3064-2.6296-3.84192.79983.47544.71121.1824-1.2024-1.26430.7476-0.80940.52730.8643-0.1789-0.27411.10420.1033-0.02130.96120.07990.882349.3722-51.169664.5166
138.6457-5.5062-1.91293.97522.28723.5961-0.1718-0.161-1.8691-0.2505-0.50242.8870.51470.10330.78710.79350.30850.07340.8815-0.06441.050840.9679-37.607659.9925
144.3462-2.3336-1.00467.22886.04738.08110.00450.05240.5067-0.770.1008-0.0201-0.89540.4576-0.18570.6310.1529-0.07710.6402-0.17840.73534.3456-5.121370.4603
150.2965-0.28520.31372.9385-0.23820.3337-0.3154-0.44220.96220.1390.0286-2.32310.08340.35770.20331.0721-0.41520.11051.6438-0.45422.065348.47836.356482.3193
162.0714-2.77783.23288.6765-1.6476.4817-0.1470.01370.30180.0063-0.3576-1.0984-0.80910.33130.28642.0201-0.29550.44911.58410.03362.064650.189920.257683.8039
178.10322.1595-0.52334.53390.39772.0011-0.5419-0.64911.22540.45920.3341-0.6125-0.87991.39810.31941.4244-0.0658-0.71671.8507-0.32452.277550.69812.367192.0492
181.8227-1.7380.82943.80080.92221.7156-0.72440.05950.24710.32910.6356-2.1518-0.15971.24320.13751.4567-0.3663-0.40772.1823-0.54491.88743.898411.30594.2396
198.2772-6.9932-4.30687.14533.07292.7514-0.3851-0.75650.5006-0.50930.5919-0.7988-0.07541.1314-0.28280.57590.19520.02651.1193-0.21241.011353.5332-24.423662.6898
200.08090.60450.49414.53583.33274.1245-0.057-0.4554-0.09770.60930.3343-0.9712-0.14470.7502-0.13930.9169-0.0189-0.22760.8336-0.12590.832137.21770.629883.9564
211.25081.0626-2.34560.965-2.18584.97641.0551-0.85333.91410.6221-0.39451.5483-2.5005-1.1301-0.4711.03630.0050.21640.6911-0.13441.233815.966811.210884.6248
227.862-0.41550.19336.15663.75445.75670.1375-0.21010.7022-0.00220.248-0.4966-0.3995-0.0087-0.33451.2841-0.15510.24660.7826-0.23490.77126.082918.107790.5731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 115 through 148 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 149 through 158 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 298 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 299 through 682 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -13 through 5 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 33 through 39 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 40 through 65 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 66 through 81 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 82 through 137 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 138 through 451 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 4 through 10 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 23 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 24 through 167 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 168 through 181 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 182 through 189 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 190 through 199 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 200 through 213 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 2 through 24 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 25 through 151 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 152 through 158 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 159 through 221 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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