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万見
- PDB-5tc8: Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tc8
タイトルCrystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with methylthio-DADMe-Immucillin-A
要素S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / phosphorylase / inhibitor / complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Chem-TDI / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cameron, S.A. / Firestone, R.S. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)6-RO1-CA135405-08 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: TBA
著者: Firestone, R.S. / Cameron, S.A. / Karp, J.M. / Arcus, V.L. / Schramm, V.L.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2189
ポリマ－33,1191
非ポリマー1,0998
水3,333185
1
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,65527
ポリマ－99,3573
非ポリマー3,29724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.065, 123.065, 44.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

21A-305-

CL

31A-554-

HOH

41A-577-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTAPase


分子量: 33119.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTAP, MSAP / プラスミド: pJexpress414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

-
非ポリマー , 7種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-TDI / (3R,4S)-1-[(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)METHYL]-4-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDIN-3-OL / (3R,4S)-1-[9-DEAZAADENIN-9-YL)METHYL]-3-HYDROXY-4-(METHYLTHIOMETHYL)PYRROLIDINE / 1-[(4-アミノ-5H-ピロロ[3,2-d]ピリミジン-7-イル)メチル]-4β-[(メチルチオ)メチル]ピロリジン(以下略)


分子量: 293.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N5OS
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % / 解説: block
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate:citric acid (pH 5.5) and 40% (v/v) PEG 400)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 36094 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.601 / Net I/av σ(I): 25.179 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 231978
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.834.40.5632.61194
1.83-1.865.40.551199.5
1.86-1.96.30.4511100
1.9-1.946.30.3951100
1.94-1.986.30.3361100
1.98-2.036.40.2991100
2.03-2.086.40.2631100
2.08-2.136.50.227199.9
2.13-2.26.50.1971100
2.2-2.276.40.1811100
2.27-2.356.50.156199.9
2.35-2.446.60.14199.9
2.44-2.556.70.1131100
2.55-2.696.70.0991100
2.69-2.866.80.0811100
2.86-3.086.90.0661100
3.08-3.396.90.0521100
3.39-3.886.90.039199.6
3.88-4.886.90.03199.7
4.88-506.60.029197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Coot0.8.1モデル構築
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K27

1k27


解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.128 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.0913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0873
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1804 1832 5.1 %RANDOM
Rwork0.1602 ---
obs0.1612 34254 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.75 Å2 / Biso mean: 19.439 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 70 185 2364
Biso mean--31.97 26.55 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9853017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9263.0015055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7915278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60724.13887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43115392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1371513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1031.7181097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0861.7151096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7662.5681371
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 135 -
Rwork0.268 2396 -
all-2531 -
obs--95.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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