PDB-5tbq: The Solution Structure of the Magnesium-bound Conantokin-R1B Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tbq

タイトル

The Solution Structure of the Magnesium-bound Conantokin-R1B Mutant

要素

Conantokin

キーワード

TOXIN / TRANSPORT PROTEIN INHIBITOR

機能・相同性

Conantokin, conserved site / Conantokin family signature. / host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding / Conantokin Rl-B

機能・相同性情報

生物種

Conus rolani (ヨロイイモ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Castellino, F.J. / Yuan, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Discerning the Role of the Hydroxyproline Residue in the Structure of Conantokin Rl-B and Its Role in GluN2B Subunit-Selective Antagonistic Activity toward N-Methyl-d-Aspartate Receptors.
著者: Yuan, Y. / Balsara, R.D. / Zajicek, J. / Kunda, S. / Castellino, F.J.

履歴

登録	2016年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tbq.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tbq.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tbq_validation.pdf.gz	406.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tbq_full_validation.pdf.gz	506.6 KB	表示
XML形式データ	5tbq_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5tbq_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/5tbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/5tbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tbgC 5tbrC 2myz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jrh-d 5kx2-d 1u6v-d 6cot-d 2n9r-d 2lx4-d 3n93-5 5v65-14 5v65-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30178The Solution Structure of the Magnesium-bound Conantokin-R1B Mutant

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conantokin

2.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	Conantokin 分子量: 2289.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus rolani (ヨロイイモ) / 参照: UniProt: P0DKZ0*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 20 mM [U-2H] HEPES, 20 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
20 mM	HEPES	[U-2H]	1
20 mM	MgCl2	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.5	Bruker Biospin	collection
TopSpin	3.5	Bruker Biospin	解析
TopSpin	3.5	Bruker Biospin	chemical shift assignment
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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