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- PDB-5tbp: Crystal Structure of RXR-alpha ligand binding domain complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tbp
タイトルCrystal Structure of RXR-alpha ligand binding domain complexed with synthetic modulator K8003
要素Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / Sulindac / AKT activation / Complex / tetramer / RXR / LBD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / TGFBR3 expression / retinoic acid binding ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / TGFBR3 expression / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7A4 / ACETATE ION / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Aleshin, A.E. / Liddington, R.C. / Su, Y. / Zhang, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM089927 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA140980 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Modulation of nongenomic activation of PI3K signalling by tetramerization of N-terminally-cleaved RXR alpha.
著者: Chen, L. / Aleshin, A.E. / Alitongbieke, G. / Zhou, Y. / Zhang, X. / Ye, X. / Hu, M. / Ren, G. / Chen, Z. / Ma, Y. / Zhang, D. / Liu, S. / Gao, W. / Cai, L. / Wu, L. / Zeng, Z. / Jiang, F. / ...著者: Chen, L. / Aleshin, A.E. / Alitongbieke, G. / Zhou, Y. / Zhang, X. / Ye, X. / Hu, M. / Ren, G. / Chen, Z. / Ma, Y. / Zhang, D. / Liu, S. / Gao, W. / Cai, L. / Wu, L. / Zeng, Z. / Jiang, F. / Liu, J. / Zhou, H. / Cadwell, G. / Liddington, R.C. / Su, Y. / Zhang, X.K.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,77220
ポリマ－109,0784
非ポリマー2,69416
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area33460 Å2
2
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,95511
ポリマ－54,5392
非ポリマー1,4169
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
3
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8179
ポリマ－54,5392
非ポリマー1,2787
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.640, 99.380, 109.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 27269.514 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 223-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19793

-
非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物
ChemComp-7A4 / [(1Z)-5-fluoro-2-methyl-1-{[4-(propan-2-yl)phenyl]methylidene}-1H-inden-3-yl]acetic acid


分子量: 336.399 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21FO2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2 ul of 0.35 mM protein and 0.6 mM ligand in 100 mM NaCl, 20 mM Tris-Cl were mixed with 0.2 ul of the well solution (20% PEG3330 and 0.2M Na Acetate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2013年4月7日 / 詳細: VariMax optic
放射モノクロメーター: VariMax optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→36.15 Å / Num. obs: 30187 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2645: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N8R

4n8r


解像度: 2.6→36.15 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1501 4.97 %Random selection
Rwork0.196 ---
obs0.198 30181 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6493 0 194 134 6821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6059451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0424226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.68390.34321230.30852317X-RAY DIFFRACTION88
2.6839-2.77980.3071290.27662603X-RAY DIFFRACTION100
2.7798-2.89110.32521440.24392632X-RAY DIFFRACTION100
2.8911-3.02260.26491400.2432600X-RAY DIFFRACTION100
3.0226-3.18190.30641400.25232633X-RAY DIFFRACTION100
3.1819-3.38110.28251420.21942616X-RAY DIFFRACTION100
3.3811-3.64190.25941350.19732648X-RAY DIFFRACTION100
3.6419-4.0080.21481320.1782647X-RAY DIFFRACTION100
4.008-4.5870.21681370.16552648X-RAY DIFFRACTION100
4.587-5.77530.22911400.1782658X-RAY DIFFRACTION100
5.7753-36.15750.19871390.17412678X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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