PDB-5t9f: Prephenate Dehydrogenase N222D mutant from Soybean

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t9f

タイトル

Prephenate Dehydrogenase N222D mutant from Soybean

要素

Prephenate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / tyrosine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydrogenase (NADP+) / arogenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / L-tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.994 Å

データ登録者

Holland, C.K. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of the evolution of alternative tyrosine biosynthetic routes in plants.
著者: Schenck, C.A. / Holland, C.K. / Schneider, M.R. / Men, Y. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Maeda, H.A.

履歴

登録	2016年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.5	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t9f.cif.gz	227.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t9f.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t9f_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t9f_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5t9f_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	5t9f_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t95C 5t9eC 5whxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1571 4tmw-d 6vnj-d 6vnb-d 4tmt-d 4tmx-d 6vnh-d 6vnc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prephenate dehydrogenase 1

B: Prephenate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Prephenate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

B: Prephenate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.445, 55.046, 68.387
Angle α, β, γ (deg.)	107.82, 99.56, 102.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Prephenate dehydrogenase 1 / Uncharacterized protein 分子量: 30683.205 Da / 分子数: 2 / 変異: N222D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: PDH1, GLYMA_18G023100 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): Rosetta 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1MYY4, prephenate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2 mM of an oxometalates solution containing 0.005 M sodium chromate tetrahydrate, 0.005 M sodium molybdate dihydrate, 0.005M sodium tungstate dihydrate, and 0.005 M sodium orthovanadate, 0.1 ...詳細: 2 mM of an oxometalates solution containing 0.005 M sodium chromate tetrahydrate, 0.005 M sodium molybdate dihydrate, 0.005M sodium tungstate dihydrate, and 0.005 M sodium orthovanadate, 0.1 M of MOPSO and Bis-Tris, pH 6.5, and 50% v/v of a precipitant mixture of 20% w/v PEG 8000 and 40% v/v 1,5-pentanediol

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 mM of an oxometalates solution containing 0.005 M sodium chromate tetrahydrate, 0.005 M sodium molybdate dihydrate, 0.005M sodium tungstate dihydrate, and 0.005 M sodium orthovanadate, 0.1 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.994→33.85 Å / Num. obs: 36694 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 1.7 % / Net I/σ(I): 10.19
反射シェル	解像度: 1.994→2.048 Å / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.994→33.846 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	1832	4.99 %
R_work	0.1579	-	-
obs	0.1602	36686	88.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.994→33.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3988	0	122	435	4545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	5783
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.333	2535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9943-2.0482	0.2645	124	0.1955	2420	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0482-2.1084	0.2477	140	0.1803	2632	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1084-2.1765	0.2225	130	0.1856	2558	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1765-2.2542	0.2432	141	0.1887	2565	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2542-2.3445	0.2444	129	0.1855	2493	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3445-2.4512	0.2547	141	0.1705	2775	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4512-2.5803	0.2028	153	0.1699	2758	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5803-2.7419	0.2062	131	0.1667	2801	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7419-2.9535	0.2115	146	0.1622	2703	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9535-3.2505	0.2137	151	0.1615	2751	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2505-3.7204	0.204	151	0.1504	2832	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7204-4.6853	0.171	141	0.129	2743	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6853-33.8505	0.185	154	0.1484	2823	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0193	0.2821	0.8249	0.8992	0.5962	2.1351	0.0016	0.1208	-0.0473	-0.0857	0.0201	-0.0503	-0.0496	0.0813	-0.0239	0.1891	0.0016	0.0193	0.1844	0.0042	0.2057	1.6191	-44.4711	-32.7838
2	0.1915	0.5342	-0.4727	3.2992	-1.9912	2.62	-0.0272	0.0224	0.0294	0.1331	-0.0429	-0.1352	-0.0336	0.1471	0.0794	0.1399	0.0134	0.0002	0.1791	-0.0148	0.1838	-16.9193	-55.8393	-14.5677
3	2.7377	-1.2163	-0.5006	3.7682	0.4283	2.7994	0.0348	-0.109	-0.0428	-0.0047	-0.0107	-0.202	0.1091	0.0499	-0.0019	0.1868	-0.0065	0.0228	0.1664	-0.0026	0.235	15.7009	-40.2653	-5.9646
4	1.9809	-0.1034	-0.77	4.9683	0.8605	2.1359	-0.0391	0.0152	-0.2536	0.3487	-0.1072	0.2136	0.2596	-0.2181	0.101	0.2456	-0.0304	0.0264	0.2491	0.0104	0.2904	7.3209	-39.0543	0.6434
5	3.0327	0.9911	0.0226	2.8571	-0.428	3.5762	-0.0478	-0.1984	-0.2317	0.5256	0.0604	0.3296	0.2834	-0.3554	0.002	0.3551	-0.0115	0.0753	0.2691	-0.0128	0.2224	8.577	-31.8349	8.2085
6	2.1089	-0.3077	0.6303	4.0134	0.3667	1.5062	-0.0101	-0.0585	-0.0536	0.3672	-0.0038	-0.4763	0.0153	0.1142	0.0149	0.2083	-0.0006	-0.04	0.1946	-0.0074	0.2233	21.2485	-27.2415	4.1938
7	4.1097	0.656	-0.2354	2.7759	-0.6936	3.1096	-0.047	0.5432	-0.145	-0.3147	-0.0215	0.0303	0.3019	0.0664	0.1342	0.2524	-0.0003	0.0205	0.2417	-0.0378	0.2717	15.2379	-10.8176	-18.833
8	1.6083	1.8761	-2.7934	3.3517	-4.5448	6.3291	-0.4414	0.0614	-0.549	-0.4433	0.0972	-0.7538	0.6443	0.3095	0.3642	0.3415	0.0506	0.0115	0.2265	-0.0344	0.3105	19.5124	-15.0534	-19.3099
9	1.7385	-0.0543	-0.0928	3.4848	2.0014	4.6179	0.1123	-0.0917	-0.1572	0.0339	-0.1253	0.4079	0.1101	-0.2696	-0.038	0.164	0.0246	0.0006	0.1805	0.0251	0.2546	7.2953	-17.4036	-3.797
10	3.0903	0.6173	-0.7558	3.224	-4.8923	7.8062	0.113	0.0746	0.1875	0.4716	0.0369	0.2158	-0.5648	-0.0699	-0.2544	0.2282	0.0537	-0.0176	0.1946	-0.0563	0.2391	11.8783	4.3617	-9.747
11	1.9999	2.0002	2.0001	1.9998	1.9997	2.0004	0.3302	0.1287	-0.6834	-0.5576	0.0272	0.9912	0.5925	0.1507	-0.3285	0.6767	0.0153	0.183	0.6461	0.1711	0.7675	-4.3078	-53.1663	-22.5092
12	2.1383	1.7695	1.684	2.558	1.7801	2.569	0.0429	-0.3601	0.2084	0.0852	0.0197	-0.0898	0.1186	1.0539	-0.0974	0.778	0.2335	0.0236	0.5209	0.009	0.7396	17.519	-22.7315	-8.456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:183 )	A	9 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 184:257 )	A	184 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 8:50 )	B	8 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 51:83 )	B	51 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 84:113 )	B	84 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 114:183 )	B	114 - 183
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 184:206 )	B	184 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 207:221 )	B	207 - 221
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 222:236 )	B	222 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 237:260 )	B	237 - 260
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 302:302 )	A	302
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 302:302 )	B	302

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)