PDB-5t8z: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia mult...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8z

タイトル

Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia multivorans in complex with actinonin

要素

Peptide deformylase

キーワード

hydrolase/antibiotic / SSGCID / peptide deformylase / actinonin / Burkholderia multivorans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / HYDROLASE / hydrolase-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia multivorans in complex with actinonin
著者: Irwin, R.M. / Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8z.cif.gz	85.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8z.ent.gz	61.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5t8z_validation.pdf.gz	718.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t8z_full_validation.pdf.gz	719.4 KB	表示
XML形式データ	5t8z_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	5t8z_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hgwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jfc-2 6jfa-1 5cx0-d 6jfa-2 6jfd-1 6jfc-1 6jfn-2 6jfd-4 5i2b-d 6jf9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptide deformylase

ヘテロ分子

21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.120, 70.540, 140.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH
2	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase 分子量: 20914.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: def, BMULJ_01994 / プラスミド: BumuA.00078.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KPJ9, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン分子量: 385.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₃O₅ / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MCSG1 F4 (272591f4): 40% (v/v) PEG 400, 200 mM Magnesium chloride, 100 mM Sodium citrate:citric acid pH 5.5, 3 mM actinonin; direct cryo; puck kur4-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→39.019 Å / Num. obs: 17066 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 22.71 / Num. measured all: 123609

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9		0.485	3.88	8947	1220	1219	0.951	0.522	99.9
1.9-1.95		0.342	5.34	9056	1229	1229	0.979	0.368	100
1.95-2.01		0.243	7.42	8603	1167	1167	0.986	0.261	100
2.01-2.07		0.204	8.79	8435	1149	1148	0.989	0.219	99.9
2.07-2.14		0.149	11.67	8169	1113	1112	0.994	0.16	99.9
2.14-2.21		0.124	13.74	7824	1066	1066	0.996	0.134	100
2.21-2.29		0.105	15.93	7768	1055	1055	0.996	0.113	100
2.29-2.39		0.087	19.16	7334	998	998	0.996	0.094	100
2.39-2.49		0.08	20.83	6941	950	950	0.997	0.086	100
2.49-2.62		0.067	24.48	6933	949	949	0.998	0.072	100
2.62-2.76		0.056	28.62	6285	857	857	0.999	0.061	100
2.76-2.93		0.05	32.1	6147	851	851	0.998	0.054	100
2.93-3.13		0.044	36.51	5631	780	779	0.998	0.047	99.9
3.13-3.38		0.039	42.36	5379	748	748	0.999	0.042	100
3.38-3.7		0.037	45.67	4797	676	676	0.999	0.04	100
3.7-4.14		0.034	47.44	4320	620	619	0.998	0.037	99.8
4.14-4.78		0.032	49.15	3945	560	558	0.999	0.034	99.6
4.78-5.85		0.031	48.73	3297	482	482	0.999	0.033	100
5.85-8.27		0.032	46.7	2500	379	378	0.999	0.034	99.7
	8.27	0.029	45.21	1298	234	225	0.999	0.032	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5hgw

5hgw

解像度: 1.85→39.019 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	1681	9.86 %
R_work	0.1651	15376	-
obs	0.1689	17057	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.11 Å² / B_iso mean: 40.4415 Å² / B_iso min: 19.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→39.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1249	0	28	116	1393
B_iso mean	-	-	50.63	44.89	-
残基数	-	-	-	-	161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	1788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.245	790

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.9044	0.3067	130	0.2348	1241	1371	100
1.9044-1.9659	0.252	151	0.1982	1272	1423	100
1.9659-2.0361	0.224	138	0.1752	1238	1376	100
2.0361-2.1177	0.2446	139	0.1702	1267	1406	100
2.1177-2.214	0.2191	117	0.174	1282	1399	100
2.214-2.3307	0.2274	131	0.1707	1283	1414	100
2.3307-2.4767	0.2036	130	0.1758	1272	1402	100
2.4767-2.6679	0.246	139	0.1813	1280	1419	100
2.6679-2.9363	0.2534	135	0.1919	1289	1424	100
2.9363-3.361	0.2205	160	0.1855	1284	1444	100
3.361-4.2337	0.2002	139	0.1419	1312	1451	100
4.2337-39.0276	0.1456	172	0.1408	1356	1528	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5497	0.8792	-1.0342	1.6651	-1.9247	2.2373	-0.6578	0.2175	-0.4685	-0.1998	0.358	0.0363	1.1187	-0.456	0.2451	0.6176	-0.0418	0.1696	0.2688	0.0395	0.4218	-9.1948	9.0419	10.9803
2	2.7903	0.6265	-0.8056	3.4056	-2.8683	7.3706	0.1547	-0.0573	-0.0472	0.3254	0.3541	0.2932	-0.0803	-1.1397	-0.4214	0.2309	-0.0056	0.0174	0.3372	0.079	0.2997	-16.2615	18.8595	21.644
3	4.411	-1.6542	-0.7126	6.0814	2.6305	3.1701	-0.3956	-0.4875	-0.7718	-0.4048	0.0089	-0.9027	1.6051	0.3869	0.3275	0.7205	0.0847	0.143	0.3924	0.1858	0.4884	-7.6134	7.5375	23.6376
4	5.109	0.4683	-0.5569	3.0161	0.5578	2.1206	-0.0264	-0.4886	-0.44	-0.2712	-0.0621	-0.7117	0.5406	0.3763	0.1149	0.3167	0.0433	0.1009	0.3981	0.1228	0.443	-3.6278	15.0153	21.4535
5	9.5509	6.7727	-6.133	4.8978	-4.6562	5.0647	0.212	-0.229	0.1409	0.3669	-0.017	0.3811	-0.1432	0.1177	-0.2154	0.2112	0.016	0.0145	0.3065	0.0214	0.2141	-4.9793	25.2903	25.3685
6	1.6732	1.2107	1.8241	3.8522	4.569	5.6401	-0.0372	0.0143	-0.2708	-0.1027	0.2444	-0.4702	0.274	0.3144	-0.2095	0.3496	0.0206	0.1038	0.2651	0.0184	0.2815	5.7015	23.3677	11.6153
7	5.5662	5.2135	-3.8194	5.0607	-2.3565	6.157	0.6117	-0.9678	-0.1614	0.6632	-0.6098	0.1371	0.0993	0.3421	0.0186	0.2719	0.021	0.0268	0.3926	0.1042	0.2342	-3.6803	23.3383	29.9831
8	3.9123	2.4377	-0.3609	3.594	-0.4198	5.6844	-0.1629	-0.4628	-0.4285	0.0678	-0.0359	-0.2943	0.0153	0.1604	0.1187	0.2298	0.0781	0.0433	0.2661	0.0787	0.2708	0.4505	23.3866	21.9095
9	9.5996	-4.8927	-7.5855	7.4948	5.5731	8.7275	-0.0585	-0.1638	-0.18	-0.0548	0.2604	-0.2783	-0.0604	0.4886	-0.2517	0.3951	-0.011	0.0237	0.333	-0.0126	0.229	4.9756	19.9485	3.6502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 10 )	A	0 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 25 )	A	11 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 42 )	A	26 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 77 )	A	43 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 87 )	A	78 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 88 through 112 )	A	88 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 125 )	A	113 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 147 )	A	126 - 147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 148 through 169 )	A	148 - 169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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